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为了解我国类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的流行和遗传变异情况，本研究利用生物信息学软件对本实验室2016-2020年获得的64条类NADC30毒株序列进行分析。Nsp2氨基酸序列比对结果表明，64株毒株均表现出与NADC30毒株一致的131个不连续的氨基酸缺失。其中，9株在Nsp2区域除该缺失特征外，另含有额外的氨基酸缺失。基于全基因组遗传演化分析结果表明，61株分布在Sublineage 1.8(类NADC30),3株分布在Lineage 8(HP-PRRSV)。而基于ORF5序列的遗传演化分析结果则更分散，56株分布在SubLineage 1.8,5株分布在Lineage 8,2株分布在Lineage 5(类VR2332),1株分布在Sublineage 1.5(类NADC34)。经RFP4和Simplot生物学软件进行重组分析结果表明，64株毒株中可能有44株为重组毒株，共表现出5种重组模式，其中以NADC30提供骨架，HP-PRRSV提供重组片段为主要模式。重组热点分布在非结构蛋白区域5′UTR～1 500 nt(Nsp1)、5 374～8 177 nt... 相似文献
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为研究牛粪厌氧发酵沼渣中多重耐药细菌的环境污染风险，选用畜禽养殖中常用的5种抗生素(红霉素、氨苄青霉素、金霉素、链霉素、环丙沙星)对牛粪沼渣中可培养抗生素抗性细菌进行筛选。结果表明：多重耐药细菌的比例高达76.5%,其中，抗5种和4种抗生素的细菌分别有11,21株。所有多重耐药细菌均对氨苄青霉素具有抗性，抗红霉素、金霉素和链霉素的细菌分别占总多重耐药细菌数的92.0%,89.3%,61.3%。通过细菌16S rRNA测序鉴定，32株具有4种以上抗性的细菌分别属于福氏志贺氏菌、摩根氏菌和假中间苍白杆菌，均为重要的临床致病菌。使用全基因组测序对7株典型多重耐药细菌携带的抗性基因进行分析，共检测出28种抗生素抗性基因，对应9种抗生素抗性类型。通过分析抗性基因及插入序列所在位点信息发现，多重耐药细菌普遍携带含有抗性基因和插入序列共存的质粒，表明抗性基因具有高度的可移动性和较强的传播风险。综上所述，牛粪沼渣中含有大量的多重耐药细菌，可视作抗生素抗性基因的储存库，应重视沼渣农业资源化利用过程中的环境风险监测与评估。 相似文献