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[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。 相似文献
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利用潜江市水产局水温资料和潜江市气象站2018年的逐日气温资料,分析了潜江市虾稻共作地虾沟水温变化规律及其与气温的关系,筛选出与水温预报关系密切的气温要素,分季节建立水温预报模型,并对建立的水温预报模型模拟值与实测值做了模型误差评价。结果表明:虾稻共作地虾沟水温的变化主要是随气温的变化而变化,但水温的年变化幅度远低于气温。一年中,除了2月和3月的气温高于水温外,其余月份的水温都高于气温,任何季节的平均水温均高于气温。水温的日变化幅度较小,水温的日较差远小于气温的日较差,水温的小时最高、最低值出现时间均滞后于气温。水温与当日、前1日、前2日的气温相关系数较大,以气温为预报因子,建立的春夏秋季平均水温、最高水温、最低水温预报模型的预报值与实测值相关系数分别达到0.9110~0.9492、0.8643~0.8741、0.9555~0.9638,具有较高的精度,各季节预报模型平均水温、最高水温、最低水温模拟结果与实测值均低于±2℃,模拟效果较好,水温预报模型能为虾稻共作小龙虾养殖气象服务提供较准确的水温预报,从而为小龙虾科学养殖提供参考依据。 相似文献
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绵羊超数排卵过程中,供体的卵泡刺激素(FSH)注射策略会对超数排卵的效果产生显著影响。本研究以澳洲白绵羊为供体,采用随机分组法将555只供体羊随机分为组1、组2和组3。在饲养环境和FSH、孕马血清促性腺激素(PMSG)注射总剂量相同情况下,供体母羊情期11~14 d采用FSH+PMSG注射法,按照不同注射策略设定方案1、方案2和方案3。结果表明:方案1平均获得胚胎数(5.49±2.78)枚,可用胚胎数为(4.76±3.12)枚;方案2平均获得胚胎数(4.22±3.04)枚,平均可用胚胎数为(2.87±3.12)枚,方案3平均获得胚胎数(7.79±3.78)枚,平均可用胚胎数为(6.96±4.40)枚。3种方案的超数排卵效果差异极显著(P0.01),方案1优于方案2(P0.01),方案3优于方案1和方案2(P0.01),研究结果提示,澳洲白绵羊超数排卵的效果与FSH注射策略相关。 相似文献
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蔗糖密度梯度离心纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)和猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)的细胞培养物,分别设计7、17、11对引物,对病毒RNA进行反转录和PCR扩增,回收PCR产物连接pGEM-T载体并转化大肠杆菌TGI,构建35个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段,每种病毒只选择其4对引物克隆的基因片段。将特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒样品PCR扩增产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于3种病毒的检测与区分。 相似文献
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一是监测突出“重点化”。在稳步开展原有监测工作的基础上,重点开展水产品专项检测整治,将水产品苗种检验检疫、养殖水产品药残监测、市场水产品质量检测作为2009年检测重点,大力保障和提高全市水产品质量水平。 相似文献
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为客观评价环渤海13个城市近岸海域水质状况,验证雷达图指数、内梅罗指数和主成分指数在渤海近岸海域水质评价中的作用,基于渤海195个监测站位3、5月两次实测水质数据,选取化学需氧量、无机氮、总氮、活性磷酸盐、总磷和石油类物质作为评价因子,对环渤海主要城市近岸海域水质状况进行了综合评价和等级划分。结果显示,渤海近岸海域主要污染物为无机氮和总磷,其次为石油类物质;葫芦岛、秦皇岛、大连和烟台的近岸海域水质状况较好,而位于辽东湾北岸辽河口附近的盘锦、锦州、营口以及位于莱州湾西侧的滨州的近岸海域水质状况较差;3类水质综合指数对海水中盐度和悬浮物浓度敏感性较强,且相互之间及其与水质优良面积比例存在显著相关性,表明所选择的3类水质指数能够真实反映渤海近岸海域水质状况。本研究将为渤海水质评价与综合治理成效评估提供方法上的借鉴。 相似文献
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