热带植物基因组研究进展     

李丹  陈晓慧  赖钟雄 《热带作物学报》2019,40(10):1875-1888

基于全基因组测序结果,探讨了包括热带水果香蕉（Musa spp.）、龙眼（Dimocarpus longan）、番木瓜（Carica papaya）、菠萝（Ananas comosus）、椰子（Cocos nucifera）、榴莲（Durio zibethinus）,经济作物橡胶（Hevea brasiliensis）、木薯（Manihot esculenta）、枣椰（Phoenix dactylifera）、可可（Theobroma cacao）、油棕（Elaeis guineensis）、咖啡（Coffea canephora）以及药用植物铁皮石斛（Dendrobium officinale）在内的13种热带植物的全基因组测序的发展历程,并对热带植物基因组研究进行了概述。  相似文献   

文心兰miR168分子进化特性及其对软腐病侵染的响应模式     

林争春  赖钟雄  吴秋桢 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2023,51(8):115-130

【目的】探究文心兰miR168的分子进化特性,揭示文心兰miR168a及其候选靶基因响应软腐病菌侵染的表达模式。【方法】以文心兰miRNA文库、转录组数据库及miRbase数据库获取的植物miR168前体和成熟体序列为研究对象,利用生物信息学方法对其进行系统进化树构建、保守性分析、前体二级结构分析及靶基因预测;通过PCR技术克隆文心兰miR168a前体,采用qRT-PCR技术分析miR168a及其候选靶基因在文心兰不同组织（根、叶、假鳞茎）和感染软腐病（0,12,24,36和48 h）不同时间的表达模式。【结果】植物miR168序列保守性较高,来源于miR168前体的5p臂保守性高于3p臂,miR168前体分歧较大,茎序列的保守性高于环序列;从文心兰中克隆得到93 bp miR168a前体序列,包含21 nt miR168a成熟体序列。进化分析表明,物种亲缘关系对其前体和成熟体序列的形成影响较小;二级结构显示,文心兰miR168a前体能形成典型的发卡结构,其成熟体位于前体的5p臂;随着软腐病侵染时间延长,文心兰miR168a与其候选靶标RNA剪切复合体核心蛋白（AGO1）、RPM1互作蛋白（RIN4）、羧酸酯酶（CXE8）的表达趋势基本呈负相关,而与其候选靶标RNA解旋酶（PRH47A）、泛素羧基末端水解酶（UCH）的表达趋势呈正相关,说明可能存在其他miR168家族成员或miRNAs同时调控。【结论】文心兰miR168与其他植物miR168进化上兼具保守性和特异性,miR168a上调表达可能会增强文心兰的抗病性。  相似文献   

西番莲TeMV和CMV双重RT-PCR检测体系的建立及应用     

焦楠  朱宁  程春振  林玉玲  李汉生  陈发兴  赖钟雄 《果树学报》2019,(7)

【目的】建立西番莲夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus, TeMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的双重RT-PCR检测体系。【方法】根据TeMV和CMV的外壳蛋白(coat protein, CP)基因序列,分别设计两对特异性引物,并对引物组合浓度、退火温度和循环次数进行优化。【结果】优化结果显示:TeMV和CMV最佳引物组合浓度分别为2.0 mmol·L~(-1)和8.0 mmol·L~(-1);最佳退火温度为57℃;最佳循环次数为35次。【结论】灵敏度分析结果显示,在样品c DNA原液稀释到10-5时,仍能检测到两种病毒扩增出的目的条带。同时,以健康组培苗作为对照组,应用建立的双重RT-PCR检测技术对采集于福建省不同产地的36份西番莲样品进行了病毒检测,发现有8份样品同时感染两种病毒,8份样品仅感染TeMV,10份样品仅感染CMV。本研究可为西番莲TeMV和CMV的检测提供便利。  相似文献   

橄榄多酚氧化酶基因(PPO)克隆及其试管苗离体保存过程中的表达分析     

荣霞  赖钟雄  林玉玲  刘生财  赖恭梯  陈裕坤  张梓浩 《热带作物学报》2014,35(4):738-745

以来源于橄榄成熟胚的橄榄试管苗为材料,进行PPO基因克隆,比较试管苗不同保存阶段PPO基因转录水平和PPO酶活性的变化。结果表明:克隆获得1个PPO基因全长cDNA序列,命名为PPO2,GenBank登录号为JQ319005,cDNA全长序列为1 934 bp,推测出橄榄PPO开放阅读框(ORF)1 818 bp,编码606个氨基酸。橄榄PPO2属于碱性、亲水、非分泌蛋白,可能定位于线粒体基质空间,具有3个典型的保守结构域,丝氨酸磷酸化占主导地位,并且二级结构以不规则卷曲为主。而三级结构预测表明,橄榄试管苗PPO2蛋白主要由α螺旋和不规则卷曲组成;进化树分析显示橄榄PPO蛋白与胡杨PPO关系最近,而与葡萄和莲的亲缘关系较远;qPCR分析显示,PPO2基因在橄榄试管苗不同保存阶段都有表达,但在橄榄试管苗保存1个月幼叶比较多时PPO2基因的表达量最高;而橄榄试管苗在分别保存1、2、3、4、5个月时PPO活性变化趋势不明显,当保存时间到6、7、8个月时PPO活性急剧增加。因此,PPO基因可能与幼嫩组织的启动分化有关,并在橄榄试管苗生长发育过程中发挥重要作用。  相似文献   

项目教学在中职学校《插花艺术》课程教学中的应用——以惠农业学校教学实践为例     

林秀莲  马骁勇  杨自轩  刘生财  赖钟雄 《杂粮作物》2014,(11)

在分析《插花艺术》课程传统教学中存在问题的基础上,概括了项目教学法的基本情况及其实施过程,展示了惠州农业学校插花课程教学改革后的成果并作了总结,为职业教育中专业课程教学改革提供了指导。  相似文献   

基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质     

苏群  王虹妍  刘俊  李春牛  卜朝阳  林玉玲  卢家仕  赖钟雄 《园艺学报》2023,(10):2128-2138

采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数(I)为0.2036,Nei’s基因多样性指数(H)为0.1168,有效等位基因数(N_e)为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种(种)分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种(种)核心种质,其中Shannon’s信息指数(I)保留率为117%,Nei’基因多样性指数(H)保留率为118%,有效等位基因数(N_e)保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲...  相似文献   

龙眼体胚发生早期miR166初级体的克隆与表达分析     

张清林  苏立遥  厉雪  张舒婷  徐小萍  陈晓慧  王培育  李蓉  张梓浩  陈裕坤  赖钟雄  林玉玲 《园艺学报》2018,45(8):1501-1506

为了解龙眼miR166初级体基因Pri-miR166 S53结构特点及其前体和成熟体在龙眼体胚发生早期的表达模式,采用SMART~(TM) RACE试剂盒和PCR扩增技术克隆龙眼体胚早期miR166基因的初级体(Pri-miR166 S53),确认其转录起始位点,并预测其含有的潜在ORF;利用龙眼基因组数据库提取其启动子序列,预测其含有的顺式作用元件;用实时荧光定量PCR对龙眼体胚发生早期及不同激素处理下的胚性愈伤组织中miR166基因的前体(Pre-miR166 S53)和成熟体(miR166a.2)表达模式进行分析。结果表明:获得长317 bp的Pri-miR166 S53基因初级体序列,对其进行翻译,得到一条长13个氨基酸序列的miPEP(MLCFVDALFLIST)。利用生物信息学软件分析Pri-miR166 S53基因的启动子序列发现,除了具有TATA/CAAT-box外,还含有生长素、脱落酸、乙烯、水杨酸、茉莉酸甲酯及spl、HSE等特异作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,在2,4-D调控的龙眼体胚发生早期过程中,从胚性松散型愈伤组织发育到球形胚的过程中,Pri-miR166 S53基因的前体pre-miR166 S53和成熟体miR166a.2都表现为下调趋势;而在无2,4-D调控的龙眼体胚发生早期中,pre-miR166 S53和miR166a.2表达模式不同。此外,pre-miR166S53随ABA和乙烯处理浓度升高呈下调表达,而对不同浓度2,4-D处理无应答;miR166a.2随2,4-D、ABA处理浓度升高呈下调表达,而在乙烯处理下呈上调表达。上述研究结果提示miR166前体和成熟体在对外源激素应答的模式上并不呈简单线性相关,可能存在多层次、多方位的调控。  相似文献   

荔枝体细胞胚胎发生早期的3种内源激素含量变化   总被引：4，自引：0，他引：4  

车建美赖钟雄  赖呈纯郭志雄刘鸿洲  黄志宏 《热带作物学报》2005,26(2):55-61

采用高效液相色谱法（HPLC）测定了荔枝下番枝品种体细胞胚胎发生早期的内源激素含量的变化.结果表明：内源生长素IAA含量先降低,达到一个最低值,此时是荔枝体胚发生早期原胚Ⅰ阶段,随后就会逐渐上升,直到球形胚阶段时,达到一个最高值;从胚性愈伤组织到胚性愈伤组织II阶段,其内源脱落酸（ABA）含量总的变化趋势先升高,紧接着下降到一个低谷,此时是紧密结构阶段,随后在发育到球形胚阶段的过程中又逐渐升高;内源细胞分裂素（CTK）含量变化趋势呈“M”形.ABA与IAA和ABA与CTK的质量比增大,将有利于荔枝体细胞球形胚的形成.  相似文献   

蓝光对龙眼细胞培养及类黄酮代谢的影响     

李汉生  姚德恒  陈晓慧  刘炜婳  陈裕坤  林玉玲  王云  赖钟雄 《热带作物学报》2018,39(4):694-701

采用搅拌式生物反应器放大培养龙眼悬浮细胞,探讨蓝光对龙眼细胞生长及类黄酮积累的影响。基于已建立并优化的龙眼细胞悬浮培养体系,首先研究龙眼细胞在黑暗和蓝光的培养过程中,细胞生长量、类黄酮含量、细胞活力、培养液的底物消耗量等的变化情况。结果发现:龙眼细胞培养9 d后,蓝光的细胞干重比黑暗增长了0.28 g/L,类黄酮含量增长了0.77 mg/g。细胞培养前期蓝光的培养液蔗糖消耗速度慢于黑暗培养,此后蔗糖含量均稳定在2 g/L。培养过程中,蓝光培养的还原糖含量均高于黑暗培养,蓝光的磷酸盐的消耗量基本大于黑暗培养。其次,通过qPCR技术分析光信号转录因子DlHY5、调控基因DlPAP1及类黄酮途径合成基因DlCHS的表达差异。结果表明蓝光可能通过光信号转录因子DlHY5调控基因DlPAP1的表达,进而调控龙眼类黄酮代谢途径合成基因DlCHS的表达,从而导致类黄酮的积累。  相似文献   

植物miR172家族成员进化与分子特性分析     

刘炜婳  林玉玲  林争春  倪珊珊  赖钟雄 《热带作物学报》2018,39(3):525-533

为了解植物miR172家族成员的进化与分子特性,对mi Rbase数据库中37个物种的161个miR172前体序列和196个miR172成熟体序列进行进化规律分析,并对植物miR172家族的保守基序、二级结构和靶基因进行预测分析。结果表明:miR172家族成员分布的37个物种都是被子植物,被子植物很可能是miR172家族进化来源的祖先。进化分析表明,植物miR172家族成员序列相似性是其聚类的首要影响因素,其次才是物种差异的影响。植物miR172家族成员成熟体序列分析表明,5p臂上形成的成熟体序列特异性较大,3p臂上形成的成熟体序列保守性较高。二级结构分析发现,植物miR172家族成员具有典型的茎环二级结构,且茎序列的保守性较环序列高。植物miR172前体序列包含1个UNCG环。靶基因预测分析发现,同一物种不同miR172成员的靶基因可能不同;不同物种miR172的靶基因也可能不同,AP2或AP2-like出现频率最高,其次还有arginine decarboxylase 1、Pathogenesis-related、MYB84等靶基因,表明其靶基因功能的多样性。  相似文献