排序方式： 共有223条查询结果，搜索用时 109 毫秒
221.
【目的】 筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】 对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】 全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个。使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】 通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。 相似文献
222.
<正>中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis),属节肢动物门甲壳纲十足目方蟹科绒螯蟹属,又名河蟹、大闸蟹[1]。中华绒螯蟹因含有矿物质元素、脂肪酸、氨基酸、核苷酸和胆固醇等多类营养物质而深受长江流域居民喜爱,其肌肉中蛋白质品质高且肌苷酸的含量丰富,雄蟹性腺中更是包含25种脂肪酸[2]。近年来,我国中华绒螯蟹的种业保护措施较薄弱,加上无序引种和苗种盲目放流,导致种质混杂和退化,严重制约了该产业的绿色发展[3-4]。国外水产选育多以种业企业为主体,投入大、效果显著;国内则以科研单位为主,这样会造成产业集中度低、良种化水平和覆盖率均较低、苗种质量不稳定等一系列问题[5]。 相似文献
223.