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为了研究分离自患病瓯江彩鲤的1株气单胞菌(HX201006-2)的分类地位与药敏特性,试验采用细菌的16S rDNA基因的分类鉴定与生化方法对该分离菌进行研究,通过NCBI的Blast搜索同源序列,应用MegAlign软件进行序列比对并构建系统发育树。结果表明:该分离菌的16S rDNA(GenBank登录号为JF713702.1)基因,与简达气单胞菌类聚,初步确定该分离菌株的分类地位,结合分离菌的形态、生理生化特征,鉴定该分离菌为简达气单胞菌;该分离菌对头孢噻吩、丁胺卡那、庆大霉素等12种药物敏感;对新霉素、利福平、红霉素3种药物中度敏感;对头孢拉定、多黏菌素B和O/129等7种药物存在不同程度的耐药性。 相似文献
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为分析LSm1基因的特点,预测其编码蛋白的生物学功能,试验利用巢式PCR方法对Marc145细胞源LSm1基因进行扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学方法对Marc145细胞源LSm1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,经过两轮的PCR扩增,成功获得402 bp的Marc145细胞源LSm1基因,编码133个氨基酸。Marc145细胞源LSm1基因核苷酸序列与人类、灵长类同源性较高,其次是海洋哺乳动物类,最后是陆地野生动物及家畜,同源性为92.8%~99.8%,而其编码的氨基酸虽没有此规律,但氨基酸序列同源性均较高,为97.8%~99.3%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源LSm1基因与人类LSm1基因亲缘关系较近,处在同一分支,其次是灵长类。LSm1蛋白二级结构中α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,分别为45.11%和24.06%。预测此蛋白存在4个B细胞优势抗原表位,具有Sm超家族保守结构域,无跨膜区域,无信号肽区域。结果表明,LSm1蛋白在细胞内转录及表达水平可能较低,细胞cDNA需通过巢式PCR扩增两轮才能出现目的条带,本试验方法为LSm1基因的扩增提供了参考。同时,LSm1生物学功能预测结果为获得LSm1人工表达蛋白与针对LSm1蛋白的特异性抗体制备,以及在细胞水平研究LSm1的功能机制及其在病毒复制中的作用奠定基础。 相似文献