适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定   总被引：9，自引：0，他引：9  

王凤格  赵久然  王璐  易红梅  郭景伦  戴景瑞  原亚萍  卢柏山  杨国航 《农业生物技术学报》2007,15(6):964-969

为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用10个SSR引物对420份已知玉米(Zea mays)杂交种进行DNA指纹分析。综合考虑多态性和杂合率两个指标,确定bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这两个引物进行筛选,412个品种(占98%)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物bnlg439、bnlg125、umc2105、umc1705和bnlg1792为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物。研究了纯度鉴定所用特异引物的选择,将特异引物分为两类:第一类是利用单个引物检测,某品种的基因型仅出现1次,将该引物作为该品种在特定品种范围内的特异引物,在420个品种中,累计29个品种具有第一类特异引物,其中umc1705和bnlg1450作为特异引物的次数最多,均为8个,phi072和phi065没有作为特异引物;第二类是根据引物基因频率表,将预测基因型频率低于2.40E-03(即1/420)的基因型作为特异基因型,除了phi072和bnlg161外,其它8个引物均可能成为具有特定基因型品种的第二类特异引物。利用推荐的7个纯度鉴定用核心引物可进一步筛选每个玉米杂交种的双亲互补型引物,建立了已知玉米杂交种的纯度鉴定DNA指纹图谱。  相似文献   

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定及纯度鉴定图谱绘制   总被引：2，自引：0，他引：2  

王凤格赵久然  王璐易红梅  郭景伦戴景瑞原亚萍  卢柏山 《农业生物技术学报》2007,15(6)

为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心SSR引物，利用10个SSR引物对420份已知玉米杂交种进行DNA指纹分析。综合考虑多态性和杂合率两个指标，确定bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引物，利用这两个引物进行筛选，412个品种（占98%）能够找到具有杂合带型的鉴定引物；确定bnlg439、bnlg125、umc2105、umc1705、bnlg1792这5个引物为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物；phi072、bnlg162和phi065因多态性或杂合率低，不推荐作为玉米纯度鉴定用引物。研究了纯度鉴定用特异引物的选择问题，并确定了部分品种的纯度鉴定用特异引物。基于以上研究结果，进一步筛选玉米杂交种的双亲互补型引物，建立已知玉米杂交种的纯度鉴定DNA指纹图谱。此外，对玉米杂交种纯度鉴定用核心引物及特异引物的选择标准进行了探讨。  相似文献   

玉米品种SSR分子标记与田间小区种植一致性鉴定结果的比较   总被引：6，自引：0，他引：6  

张雪原  赵攀峰  王凤格  孙世贤  王守才 《玉米科学》2009,17(1):40-45

利用国家玉米区域试验品种DNA指纹鉴定所用的20对SSR核心引物,对10个参试玉米品种进行了一致性鉴定,检测SSR标记应用于玉米品种一致性鉴定的可靠性。每个品种选取20个单株,同时对这200个单株进行田间小区种植鉴定。结果显示：田间鉴定结果与SSR分子标记鉴定结果相吻合的植株占总株数的83%。同时表明,分子标记方法比田间小区种植鉴定的精确度高,存在分子标记未能检测到的性状差异,需要筛选与这些性状相关的标记添加到核心引物中。  相似文献   

DNA指纹技术在玉米品种权保护中的应用   总被引：2，自引：0，他引：2  

王凤格  赵久然  易红梅  宋伟 《玉米科学》2009,17(6):136-139

在测试实践和国际交流的基础上,针对现行形态测试系统存在的问题,提出了实现DNA指纹技术在玉米品种权保护中大规模应用的策略,新的分子测试方案的实施将可能从根本上简化品种权保护从申请到授权的整个流程。  相似文献   

甜玉米氮素吸收利用的基因型差异   总被引：10，自引：5，他引：5  

陆大雷  刘小兵  赵久然  刘萍  王凤格  陆卫平  张凯迪 《植物营养与肥料学报》2008,14(2):258-263

以近年来育成的22个甜玉米品种为材料,在同一供氮水平下对其氮素吸收利用的基因型差异进行了研究。结果表明,不同品种产量、氮素积累量和氮素利用效率都存在着显著差异。氮素积累量变幅为126.6～243.8 kg/hm2,鲜果穗和鲜子粒氮素利用效率的变幅分别为43.5～62.0 kg/kg和28.4～46.0 kg/kg。聚类分析结果看出,鲜果穗、鲜子粒均表现为高产、氮素积累量大、氮素利用效率高的品种是金凤5号、穗美9701和金师王,其氮素积累量均值为214.4kg/hm2,鲜果穗和鲜子粒的氮素利用效率分别为50.8kg/kg和38.2kg/kg。通径分析表明,氮素积累量对不同品种产量的作用大于氮素利用效率对产量的作用,说明鲜食甜玉米品种的高产关键在于改良品种的氮素积累量,并在此基础上提高氮素的利用效率。  相似文献   

植物品种SSR指纹分析专用软件SSR Analyser的研发     

王凤格  李欣  杨扬  易红梅  江彬  张宪晨  霍永学  朱丽  葛建镕  王蕊  任洁  王璐  田红丽  赵久然 《中国农业科学》2018,51(12):2248-2262

【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件GeneMarker®的基础上,针对植物品种SSR指纹分析的特殊性,在SSR指纹处理、panel设计、数据库对接等方面进行算法开发或优化,形成植物品种定制化软件SSR Analyser,并在玉米等多种作物上测试其分析效果。【结果】在SSR指纹处理功能上,软件通过先用系统计算的矩阵进行弱消除,再用Pull-up峰匹配算法进行单峰消除的方案实现了对pull-up峰准确自动消除;通过优化N+1峰、连续多峰等特殊峰型读取的算法,解决了特异峰不识别、读不准、误读等问题,对2 bp重复类型SSR标记为主的植物品种指纹采集更加精准;通过完善邻峰过滤、高低峰过滤和二倍体过滤算法,解决了植物品种混合样品的有效峰采集问题。在Panel设计功能上,软件兼顾了Panel设计的灵活性、方便性和统一性,在保证数据采集标准化的前提下,更加适应复杂的试验情况：提高了标记参数设置的灵活性,根据不同参数作用范围,标记参数设置既有针对特定物种、Panel一次性固定设置的参数,也有针对每个引物位点、每块电泳板单独设定或微调的参数;实现了从已有标记中快速重新组合形成新panel的功能;保证了panel的统一调用和同步更新。通过将软件与指纹库管理系统的无缝对接,实现了样品准备到指纹采集全流程的自动化、标准化,形成的指纹库具有直观可追溯的优势。将SSR Analyser在玉米大规模建库中试用,表明该软件的指纹分析更加简单高效,比原软件分析效率提高了10倍以上;将SSR Analyser扩大到水稻、大豆、黄瓜、西瓜、大白菜等多种二倍体作物和小麦、棉花等多倍体作物中试用,表明在二倍体作物上使用效果较好;在多倍体作物上,对其中的二倍体化的标记使用效果较好,但对非二倍体化的标记仍需进一步完善过滤算法。【结论】开发的SSR Analyser软件具有数据分析程序简单高效、对特殊峰型的SSR标记指纹采集精准、适合基于混合样品的植物品种SSR指纹采集、与指纹库管理系统无缝对接的优点,大大改善了SSR标记在植物品种鉴定中的应用效果。  相似文献   

比较三种DNA指纹分析方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用     

王凤格  赵久然  郭景伦  佘花娣  陈刚 《分子植物育种》2003,(6)

本项研究归纳出三种DNA指纹分析方法,即特征谱带法、引物组合法和核心引物组合法,并比较了这三种方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用价值.在玉米基因组上均匀选取62对SSR引物对60个玉米自交系进行分析.62对SSR引物共检测到238个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数4.08个,平均多态性信息量(PIC)0.612,平均标记索引系数(MI)2.58,评估引物多态性的三个指标并不完全一致.三种方法的比较研究表明,特征谱带法仅在固定的材料范围内有效,当扩大范围后,原来具有特征带的样品往往不再具有特征带,且需要筛选大量的引物,效率很低;引物组合法通过不同引物的有限组合,完全可以区分全部材料,避免了筛选大量引物的工作;核心引物组合法是引物组合法的扩展, 不同实验室通过使用固定的一套核心引物组合,其指纹图谱可以相互比较和整合,为玉米DNA指纹图谱分析的标准化奠定基础.  相似文献   

我国玉米DNA指纹数据库管理系统的建立   总被引：6，自引：1，他引：5  

王凤格  赵久然  孙世贤  刘亚维  李林  易红梅  杨国航  李瑞媛  王璐 《玉米科学》2010,18(2):41-44

经过3年的开发研究,初步构建了我国玉米DNA指纹数据库管理系统(http://www.maizeDNA.com),该系统具有数据管理、数据浏览和数据分析3部分功能,通过将品种的基本信息、形态数据和图片、DNA指纹数据和指纹图谱等各种数据信息汇总起来,建立强大的联合查询系统。该网站将为国家品种管理工作提供有效的手段。  相似文献   

SSR和SNP标记在玉米分子标记辅助背景选择中的应用比较   总被引：4，自引：2，他引：2  

宋伟  赵久然  王凤格  田红丽  葛建镕  王元东  赵衍鑫 《玉米科学》2016,24(3):57-61

利用SSR和SNP两种标记对H2321/J076/J076的BC1F1代群体进行分子标记辅助背景选择,比较两种标记在分子标记辅助背景选择上的应用效果。经筛选表明,40对SSR引物中在回交亲本间具有多态性的引物有6对。利用多态性引物对BC1代群体进行毛细管电泳检测结果表明,157个单株轮回亲本背景回复率在50%~100%,背景回复率为100%的单株有1株,背景回复率91.67%的单株有14株。利用Maize SNP3072芯片分析后发现,104个多态性SNP位点可以将157株个体进行精细排序,背景回复率在51.92%~93.75%。比较SSR和SNP标记的背景选择结果,两种标记呈中等程度相关。在回交早代将SSR和SNP标记结合使用进行背景选择,可以实现大群体严选择,提高选择效率。  相似文献   

中国玉米地方品种种族的遗传变异评估   总被引：2，自引：1，他引：1  

刘志斋  吴迅  李永祥  丁晓雨  王凤格  石云素  宋燕春  赵久然  黎裕  王天宇 《中国农业科学》2015,48(16):3101-3111

【目的】通过DNA水平的分子评价,明确中国玉米9个种族的遗传变异,并揭示各种族之间的遗传关系与群体分化特性,为中国玉米种族的形成与演变等相关研究奠定基础,同时也为种族资源的高效利用提供参考。【方法】利用覆盖玉米全基因组的55个SSR标记,对基于中国库存玉米所划分的9个玉米种族的224份代表性材料进行分子鉴定。获得所有标记的片段长度数据后,利用PowerMarker软件（V3.25）中的Summary模块计算224份材料的平均等位变异、基因多样性与多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）,并通过重取样策略,利用Wilcoxon秩和测验分析了9个种族在相同样本容量水平上3个遗传多样性参数的差异水平。利用PowerMarker软件中的Phylogeny模块计算了9个种族的欧氏距离,并以此进行种族的聚类分析;利用该软件中的Structure模块对9个种族进行分子变异分析（analysis of molecular variance,AMOVA）,并计算各种族的群体分化系数（F_ST）,以此进行各种族群体分化检测。【结果】55个SSR所检测到的中国9个玉米种族的等位变异、基因多样性与PIC等3个多样性参数的幅度分别为4.42-7.64个/位点、0.5788-0.6532与0.5334-0.6117,平均值依次为11.53个/位点、0.6315与0.5953。西南黄色硬粒种族与衍生种族的平均等位变异相对较高,但基于重取样的分析结果表明这9个种族在这3个多样性参数上的差异均不显著（P＞0.05）。聚类结果显示,9个种族分成了3个类群,其中爆裂种族形成1个独立类群,3个北方种族形成1个类群,剩下的5个种族（3个西南种族、1个糯质种族、1个衍生种族）形成1个类群。AMOVA分析结果表明,9个种族之间的分子变异程度约为3%,远小于这些种族内部所检测到的分子变异（50%）。9个种族的群体分化系数（F_ST）为0.29%-7.63%,其中,西南白色硬粒种族与南方糯质种族、西南马齿种族与西南黄色硬粒种族、西南马齿种族与衍生种族之间的F_ST均相对较小,分别为0.29%、0.70%与0.80%,说明其遗传关系更近。【结论】在长期的人工选择与自然选择过程中,中国玉米9个种族蕴藏丰富的遗传变异。西南白色硬粒种族与糯质种族之间的分化程度远低于其他种族,前者在糯玉米资源的起源进化中可能扮演重要角色;西南黄色硬粒种族和西南马齿种族与衍生种族之间的分化程度很低,表明这2个种族对衍生种族的形成可能有重要作用。  相似文献