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β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要作用,其序列具有高度保守性,是一种管家基因。通过RT-PCR方法克隆出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.5 ku。氨基酸同源性分析显示,奥利亚罗非鱼β-actin与真鲷(Pagrus major)、斑马鱼(Danio rerio)、青鳉(Oryzias latipes)、龙溪鳉(Rivulus marmoratus)的相似性最高,为99.3%;与鲫(Carassius auratus)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)等其它鱼的相似性也较高,为97.8%～98.6%。此外,还克隆出了奥利亚罗非鱼β-actin相应的DNA序列,共619 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的奥利亚罗非鱼β-actin含有2个内含子,这为将来设计β-actin荧光定量PCR引物以及测定其在不同组织中的表达量变化打下基础。 相似文献
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[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究. 相似文献
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【目的】克隆中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）过氧化物还原酶基因（EsPrx）的开放阅读框（ORF）,并分析EsPrx基因的组织表达特征及细菌感染下的表达情况,为中华绒螯蟹的先天免疫和抗病机制研究提供参考依据。【方法】通过RT-PCR结合转录组序列比对克隆出EsPrx基因,利用DNAStar、ClustalW、ExPASy、TMHMM Server v.2.0、SignalP 5.0及NetPhos 3.1 Server等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测EsPrx基因的组织表达特征及鳗弧菌（Vibrio anguillarum）感染下的表达情况。【结果】EsPrx基因ORF为597 bp,共编码198个氨基酸残基,含有Prx特有的2个结构域（FYPLDFTFVCPTEI和GEVCPA）。EsPrx蛋白分子式为C994H1544N258O293S8,分子量为22.05 kD,理论等电点（pI）为5.67,无跨膜域和信号肽,属于非分泌性蛋白。EsPrx氨基酸序列与扁额青蟹（Eurypanopeus depressus）、拟穴青蟹（Scylla paramamosain）和三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）的Prx氨基酸序列高度同源,对应的相似性分别89%、89%和88%;基于Prx氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树也显示,EsPrx氨基酸序列先与拟穴青蟹、扁额青蟹及南美白对虾（Penaeus vannamei）的Prx氨基酸序列聚在一起,再与其他动物的2-Cys Prx氨基酸序列聚类,证实EsPrx基因属于未分化的Prx基因,即Prx1/2基因。EsPrx基因在中华绒螯蟹各组织中广泛表达,以肝胰腺的相对表达量最高,极显著高于在其他组织中的相对表达量（P<0.01）;EsPrx基因表达在鳗弧菌感染不同时间段存在明显差异,感染6~24 h其相对表达量显著升高（P<0.05）,而后迅速降至正常水平。【结论】EsPrx基因为甲壳动物未分化的Prx1/2基因,在中华绒螯蟹肝胰腺中高表达,并参与鳗弧菌感染的抗氧化应激反应,即在抗逆过程中发挥重要作用。 相似文献
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采用RT-PCR和RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)法分离出奥利亚罗非鱼卵巢芳香化酶(P450aromA)的全序列,得到1784 bp的全长cDNA,包括38 bp 5'非翻译区,1566 bp阅读框以及含Poly(A)信号(AATAAA)的167 bp 3'非翻译区[不包括Poly(A)].阅读框共编码521个氨基酸,计算的蛋白质分子量为59 ku.同源性分析显示,奥利亚罗非鱼P450aromA的氨基酸序列与其它鱼性腺P450arom具有70%以上的同源性,与其它鱼脑P450arom为60%左右同源,但芳香化酶高保守区包括I-螺旋区,芳香化酶特异保守区II和血红素结合区III和其它鱼芳香化酶的同源性分别高达83%～96%, 78%～86% 和 85～100%.系统发育分析表明奥利亚罗非鱼P450aromA与鱼类性腺P450arom属于同一分支的.生物信息学分析显示:奥利亚罗非鱼P450A基因编码的蛋白无信号肽,无跨膜区域,为非分泌蛋白,同时含有多个酪蛋白激酶II磷酸化位点, N-糖激化位点,N-肉豆蔻酰化位点,蛋白激酶C磷酸化位点. 相似文献
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采用RT-PCR和RACE法分离、克隆了翘嘴红G6Pase催化亚基基因全长cDNA,共1900 bp ［不含poly(A)］, 包括49 bp 5′非翻译区,1068 bp阅读框以及含Poly(A)信号AATAAA的778 bp 3′非翻译区［不包括Poly(A)］。阅读框共编码355个氨基酸,分子量为39.89 ku。序列比对分析表明翘嘴红G6Pase与斑马鱼G6Pase的相似性高达95%,与鼠、狗、人G6Pase的相似性为63%,和光滑爪蟾、金头鲷、河豚等G6Pase的相似性分别为69%、55%、76%,并具有G6Pase特有的3个保守基序。为了研究摄食以及饲料中碳水化合物对G6Pase的影响,使用实时定量RT-PCR分别测定了饲喂等能但不含碳水化合物和含23.98%碳水化合物的饲料的翘嘴红肝脏G6Pase基因的表达水平,在使用上述饲料饲喂8周后,禁食48 h, 然后测定禁食和摄食后3、6、12、24 h G6Pase mRNA的表达量,结果显示摄食后12 h,两组G6Pase的表达明显增加,说明摄食影响G6Pase基因的表达,禁食和摄食后3～12 h,含糖组G6Pase基因的表达量为无糖组的2～4倍,这表明碳水化合物可以诱导G6Pase mRNA的表达。图5参21
关键词：快速扩增cDNA末端;葡萄糖6磷酸酶;碳水化合物;翘嘴红;实时定量PCR
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机体生长主要受到促生长激素释放激素—生长激素—胰岛素样生长因子(GHRH-GH-IGFs)生长轴调控,类胰岛素生长因子IGFⅠ是生长激素（GH）发挥生物学功能的重要传导因子。实验特异性扩增了建鲤(Cyprinus carpio var. jian) IGFⅠa基因的5个外显子和3个内含子（内含子1、内含子3和内含子4）。通过比对10尾建鲤的序列,共找到SNPs位点8个。使用PCRRFLP方法检测了5个家系共372尾建鲤的内含子1_C175G,12个家系共987尾的内含子1_A993G和内含子4_A511C 3个位点。内含子1_C175G雌雄个体均以GG型频率为最高,分别是0.44和0.43;此位点在幼鱼和成鱼时期与雌、雄建鲤增重均无相关性;内含子1_A993G雌雄个体均以AG型频率最高,分别是0.76和0.72;此位点在成鱼阶段与雄性建鲤增重呈显著相关(P<0.05);内含子4_A511C在雌雄个体中均以CC型频率最高,分别是0.48和0.47;其在幼鱼和成鱼阶段均与增重存在极显著的相关性(P<0.01)。本次试验表明在建鲤体内,IGFⅠ基因在不同生长阶段的表达量不同,且处于同一生长阶段的雌雄个体间的表达也存在差异。内含子1_A993G、内含子4_A511C均与建鲤增重存在相关性,可以考虑作为建鲤分子育种的相关依据。 相似文献
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从罗非鱼微卫星遗传图谱前6个连锁群上随机选取43个微卫星位点,对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、尼罗罗非鱼吉富品系(GIFT)、奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)以及尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼杂交后代的DNA进行PCR扩增,筛选出7个位点（UNH995、GM066、GM166、UNH162、GM017、GM440、UNH948）在不同罗非鱼中扩增的条带差别明显,具有特异性,可作为罗非鱼鉴定的分子标记,用其中任意一个位点都可以将尼罗罗非鱼或吉富罗非鱼、奥利亚罗非鱼、杂交罗非鱼区别开来。这7个标记位点在尼罗罗非鱼、吉富罗非鱼和奥利亚罗非鱼中平均每个位点检测到等位基因个数分别为3.1、2.3、1.7,等位基因大小在130～316 bp。这7个标记位点上,尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼PCR扩增的条带大小相差在20 bp以上,对其中2个位点扩增的条带进行测序分析,结果表明是由于微卫星重复次数的差异而造成的。用这7个位点对尼罗罗非鱼、吉富罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体的种质纯度进行检测,结果表明,这3个罗非鱼群体中分别有8%、4%、4%的个体在有些位点上的谱带与杂交罗非鱼的相似,可能存在基因污染。 相似文献
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选用540尾翘嘴红铂，随机分成高、中、无碳水化合物3组，每组设3个重复。日粮保持总能一致，以等量可消化糖替代等量蛋白，即分高碳水化合物组（含可消化糖23．98％（以下均为质量分数），粗蛋白40．53％）、中碳水化合物组（含可消化糖14．45％，粗蛋白50．14％）、无碳水化合物组（含可消化糖为0，粗蛋白63．38％），饲养8周，测定鱼体血液指标、糖代谢酶活性及生长等指标。试验结果表明：与无碳水化合物组比较，中碳水化合物组显著增加了血液胆固醇含量，降低了己糖激酶活性（P〈0．05）；高碳水化合物组显著降低了增重率、特定生长率、肌肉粗蛋白及粗灰分含量（P〈0．05），显著增加了血糖含量、葡萄糖激酶含量、丙酮酸激酶活性、肝胰脏粗蛋白及粗脂肪含量（P〈0．05）。与中碳水化合物组相比，高碳水化合物组也显著增加了肝体比、血液甘油三酯含量、葡萄糖激酶活性、肝胰脏粗蛋白及粗脂肪含量（P〈0．05），无碳水化合物组显著降低了胆固醇含量（P〈0．05）。两者之间其他指标差异不显著。因此高糖日粮可诱导翘嘴红铂肝脏葡萄糖激酶、丙酮酸激酶等糖代谢酶活性，促进了营养物质在肝脏等内脏中沉积，但是可能不利于生长。 相似文献
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[目的]克隆建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)极长链脂酰辅酶A脱氢酶(VLCAD)基因cDNA序列,并分析其表达情况,为揭示鲤鱼脂肪酸代谢机理提供理论依据.[方法]以建鲤为研究对象,利用RT-PCR、RACE克隆VLCAD基因的cDNA序列,并通过实时荧光定量PCR对VLCAD基因在不同组织、脂肪源及饥饿胁迫等条件下的表达情况进行分析.[结果]扩增获得的建鲤VLCAD基因cDNA序列全长2527 bp,包括296 bp的5’非翻译区、1974bp开放阅读框(OFR)及257bp的3'非翻译区,共编码659个氨基酸;建鲤VLCAD氨基酸序列包含FAD结合位点、底物结合位点、催化位点,具有ACADs家族的特征性结构;与鲤科类斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高,达94％.建鲤VLCAD基因在性腺、肌肉、肝脏、前肠、肾脏、心脏和脑中均有表达,且以心脏的表达量最高,前肠的表达量最少.鱼油和亚麻油对建鲤VLCAD基因在肝脏和肌肉中的表达无显著影响(P＞0.05),但饥饿状态下肌肉中的VLCAD基因表达量显著高于正常状态(P＜0.05).[结论]建鲤VLCAD基因在富含线粒体且脂肪酸代谢旺盛的组织器官中高效表达,对脂肪酸β氧化起调控作用,尤其在饥饿状态下对脂肪酸氧化调控作用明显增强,能促进脂肪酸分解为机体供能. 相似文献