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实时荧光定量PCR技术及其在水产上的应用 总被引：3，自引：1，他引：2
摘要：实时荧光定量PCR技术是在PCR技术基础上结合荧光染料发展起来的一种核酸定量技术,能快速、灵敏,并有效地对核酸进行定量检测,已被广泛应用于生命科学的各领域。本文就实时荧光定量PCR的检测原理、荧光染料,管家基因以及其在水产上的应用作一阐述。 相似文献
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用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小. 相似文献
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环境DNA在长江江豚监测中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
为了从水体环境中提取到高质量的eDNA环境DNA(environmentalDNA,eDNA),应用于长江中长江江豚(Neophocaenaphocaenoidesasaeorientalis)的分布调查,本研究比较了滤膜孔径和水样保存方式对eDNA获取的影响,同时对比了eDNA技术与传统调查法对长江江豚的检测结果。结果显示水样抽滤时间与滤膜孔径大小呈负相关关系,且都可以检出目标生物;水样采集后需在6 h内完成抽滤处理,或在冷藏条件下短期保存48 h;长江流域江苏段中观测到长江江豚出现的8个检测点均检测出长江江豚eDNA,而在10个未观测到长江江豚的水域中有3个检测出其eDNA。研究结果表明,相比传统目视监测方法, eDNA技术在长江江豚监测中不仅具有较高的准确性,还具有更高的灵敏性,可作为长江江豚种群调查的有效辅助检测工具。 相似文献
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饥饿胁迫对吉富罗非鱼生长及生理生化指标的影响 总被引：13，自引：0，他引：13
实验选取90吉富罗非鱼(GIFT,Oreochromis niloticus),平均体质量137.18 g,随机分为6个平行组,饥饿处理0 d、7 d、14 d、21 d,测定饥饿对鱼体的生长、血液生化指标、应激蛋白HSP70基因表达以及鱼体组成的影响,结果表明,饥饿0～21 d过程中,随着饥饿时间的延长,鱼体体质量、内脏质量、肝体比、内脏比、血清甘油三酯、血清一氧化氮浓度、血清超氧化物歧化酶活性、肝脏HSP70的mRNA水平、鱼体能量、肌肉粗脂肪、肝脏灰份、肠系膜脂肪含量等指标呈现下降的趋势,而血清丙二醛浓度呈现增加趋势,并且与饥饿前相比在饥饿21 d时有显著性差异(P<0.05).血清皮质醇与总蛋白浓度呈现先增加后降低趋势,并且与饥饿前相比在饥饿7 d时有显著性差异.饥饿0～21d过程中,鱼体肌肉水份、肝脏水份、肌肉粗蛋白、肝脏粗蛋白与粗脂肪等含量没有较大的变化.因此饥饿时吉富罗非鱼先动用体内储存的脂肪来满足鱼体需要,长期的饥饿有可能降低鱼体免疫与抗氧化能力,直接影响鱼体健康. 相似文献
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采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼 (Oreochromis niloticus) MyoD1和MyoD2 全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090 bp,包括5′ 非翻译区 (UTR) 137 bp,3′ UTR 50 bp,开放阅读框 (ORF) 903 bp,编码300个氨基酸,其中第110~161个氨基酸为bHLH结构,第233~249个氨基酸为helix III结构;MyoD2全长均为1478 bp,包括5′ UTR 215 bp,3′ UTR 471 bp,ORF 792 bp,编码263个氨基酸,其中第91~142个氨基酸为bHLH结构,第212~228个氨基酸为helix III结构。2种罗非鱼MyoD1与其他鱼类MyoD1的相似性为73%~92%;MyoD2与其他鱼类MyoD2的相似性为74%~79%。系统发育树显示,MyoD1和MyoD2分属两支, MyoD1所反映不同鱼类的亲缘关系符合传统分类。2种罗非鱼的MyoD1、MyoD2 cDNA序列之间只存在个别碱基的差别,而氨基酸序列一致;奥利亚罗非鱼MyoD1的2个内含子均比尼罗罗非鱼的长,差异明显。根据MyoD1内含子2的差异构建鉴别奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼基因混杂的标记,对形态上典型的15尾奥利亚罗非鱼、18尾尼罗罗非鱼及15尾奥尼罗非鱼 [Oreochromis aureus(♂)×Oreochromis niloticus (♀)]进行鉴定,结果其中1尾奥利亚罗非鱼中在MyoD1位点混杂了尼罗罗非鱼的基因,尼罗罗非鱼和奥尼罗非鱼则与预期的一致。这为选择基因纯合的奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼提供了新的分子手段。 相似文献
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真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。 相似文献
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β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要的作用,其表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于real time PCR中。本文通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.4 ku。氨基酸同源性分析显示,建鲤β-actin与斑马鱼(Danio rerio)相似性最高,为99.3%。与其他鱼的相似性也较高,为97.8%～98.6%。同时也克隆出了建鲤β-actin相应的DNA序列,其长度为590 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤β-actin含有2个内含子,设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了溶解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。 相似文献