"高效RAPD"技术的初步研究及其PAGE检测   总被引：4，自引：0，他引：4  

孟宪红  孔杰  刘萍 《海洋水产研究》2004,25(2):13-17

对经典的单引物RAPD技术进行优化．确立了适合于多条引物(2～4条)同时参与同一反应的“高效RAPD”体系及扩增运行条件,不但实现了1次操作检测更多位点、使多样本量RAPD检测变得相对省时省力,同时还可节省珍贵的实验样品。本文采用了具有高分辨能力的非变性PAGE-银染检测方法对RAPD产物进行检测,使一般经琼脂糖电泳检测仅能分辨出不足10条谱带的RAPD产物可分辨出15～30条清晰可见谱带。非变性PAGE-银染检测方法操作安全,银染后的凝胶可长期保存。  相似文献   

凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

刘峻宇  刘均辉  孔杰  代平  于洋  孟宪红  罗坤  曹宝祥  陈宝龙  高焕  栾生 《渔业科学进展》2021,42(1):108-116

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25相似文献   

中国对虾甘氨酸脱羧酶的基因克隆、表达及其与抗WSSV的关联分析          下载免费PDF全文

史晓丽  张莹雪  孟宪红  孔杰  栾生  罗坤  曹宝祥  曹家旺  陈宝龙 《渔业科学进展》2019,40(2):74-82

本研究采用RACE技术克隆获得中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)甘氨酸脱羧酶基因(Fc GLDC)的全长cDNA及DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,FcGLDC基因的cDNA全长为3481 bp,其中,ORF为2829 bp,5￠UTR长17 bp,3￠UTR长86 bp。完整的阅读框编码942个氨基酸,分子量为104.66 kDa,预测的理论等电点为6.51。FcGLDC基因DNA序列全长共4964bp,包含12个外显子和11个内含子。同源性及系统进化分析显示,FcGLDC基因与节肢动物的GLDC基因聚为一类;氨基酸序列比对发现,Fc GLDC基因的蛋白序列与节肢动物的相似度最高,与内华达白蚁(Zootermopsis nevadensis)、体虱(Pediculus humanus corporis)和白纹伊蚊(Aedes albopictus)的相似度分别为71%、68%和68%。在鳃、肝胰腺和肌肉中的荧光定量PCR结果显示,FcGLDC在肌肉中的相对表达量最高,鳃中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出了不同的时空表达特点。使用直接测序法结合质谱法,在该基因内部发现4个SNP位点,但是各位点与抗WSSV性状均不相关(P0.05)。本研究表明,FcGLDC基因在对虾感染WSSV后的应答反应中或起一定作用。  相似文献   

应用高通量测序技术分析大菱鲆幼鱼肠道及其养殖环境的微生物群落结构          下载免费PDF全文

吴欢欢  王伟继  吕丁  胡玉龙  孔杰 《渔业科学进展》2019,40(4):84-94

采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。  相似文献   

利用中国明对虾单对杂交亲本及其F↓（2）群体构建RAPD遗传连锁图谱          下载免费PDF全文

李晓静  王伟继  孔杰  孟宪红  田燚  孟鹏  毛连菊 《中国水产科学》2007,14(5):770-777

由中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)单对杂交亲本(G♀和G♂)及其F2为作图群体,构建了中国明对虾RAPD分子标记的遗传连锁图谱。109个引物共产生284个符合孟德尔分离规律的位点,符合1∶1孟德尔分离类型的位点共234个,符合3∶1孟德尔分离类型的位点50个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱。107个1∶1分离标记分布于雌虾连锁图谱中,包括31个连锁群,图谱总长度为1 406.1 cM,所有标记间的平均间隔为18.5 cM;91个1∶1分离标记分布于雄虾连锁图谱中,包括26个连锁群,图谱总长度为1 187.7 cM,所有标记间的平均间隔为18.27 cM;利用F2自交模型构建了雌虾和雄虾共同的分子标记,35个3∶1分离标记分布于雌雄共有的连锁图谱中,包括10个连锁群,图谱总长度为432.9 cM,所有标记间的平均间隔为17.3 cM。  相似文献   

凡纳滨对虾大水面高盐养殖水体叶绿素a的变化及与环境因子的关系          下载免费PDF全文

孙怡茹  张继红  吴文广  杜彦秋  孙威  冯旭  康秦梓  孔杰 《渔业科学进展》2024,45(1):118-127

“渔盐一体化”是山东省滨州市凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)盐田养殖的重要模式。为了解该模式下养殖水体浮游植物的叶绿素a (Chl-a)浓度、粒径结构的变化特征及主要影响因子,于2021年5—7月分别在养殖的初期、中期和收获期,测定高盐组(S=54)和对照组(S=32)养殖水体的分级Chl-a浓度[小型浮游植物(micro Chl-a)、微型浮游植物(nano Chl-a)、微微型浮游植物(pico Chl-a)、总Chl-a浓度]及相关环境参数的日变化和月变化。结果显示,日变化：对于总Chl-a浓度,高盐组无显著日变化(P>0.05),对照组在5月和6月存在显著的日差异(P<0.05)。对于浮游植物粒径结构,高盐组7月的pico Chl-a日变化显著(P<0.05);对照组7月的micro Chl-a和6月的nano Chl-a日变化显著(P<0.05)。月变化：两盐度组pico Chl-a、nano Chl-a和total Chl-a最低值和最高值都分别出现在6月和7月。且7月的总Chl-a显著高于5月和6月(P<0.05)。高盐...  相似文献   

中国家蚕抗菌肽基因的PCR扩增,克隆和序列测定   总被引：4，自引：0，他引：4  

郭华荣  孔杰 《山东农业大学学报(自然科学版)》1998,29(3):351-355

本实验采用ＰＣＲ技术，扩增中国家蚕抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段，并以ＰＵＣ１９质粒为载体，将该基因片段转化到大肠杆菌中。从筛选得到的阳性克隆中分离出ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因，测定其序列，并由此推导出氨基酸序列。结果表明：（１）抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段长为８６６ｂｐ，包括７３ｂｐ的ＥｘｏｎＩ，５５６ｂｐ的Ｉｎｔｒｏｎ，８７ｂｐ的ＥｘｏｎⅡ和１５０ｂｐ的３’端非编码区。其中，非内含子部分的碱基序列与已克隆的日本家蚕的两个ｃｅｒｏｐｉｎＢｃＤＮＡ序列比较，同源性分别为８７．５％和９５％；（２）推导出的成熟抗菌肽由３７个氨基酸残基组成，其氨基酸序列与日本家蚕和天蚕的氨基酸序列相比较，同源性为９１．９％和８０．６％。  相似文献   

大菱鲆4个进口群体的形态差异分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

于飞  张庆文  孔杰  栾生 《海洋水产研究》2008,29(5)

选择2003～2004年进口的4个大菱鲆不同进口群体(英国、法国1、法国2、法国3),测定了其全长、体长、头长、吻长、体高、尾柄高和尾柄长等7项形态性状.采用聚类、主成分分析和判别分析3种多元分析方法,对大菱鲆的6项比例形态性状参数进行比较研究.聚类分析与主成分分析结果均表明,法国1和法国2群体间形态最接近,而与英国群体、法国3群体的趋异程度较大.主成分分析构建了两个主成分,其贡献率:主成分1为61.069%,主成分2为34.343%,累计贡献率为95.412%.以判别分析建立了4个群体的判别函数,判别准确率分别为46.7%～80.0%(P1)和51.7%～77.4%(P2),综合判别率为62.5%.3种多元分析结果表明,4个大菱鲆群体在形态上已经产生一定程度的差异,且集中表现在全长、体长、头长、吻长和尾柄长这5个形态性状指标上.  相似文献   

应用动物模型对罗氏沼虾育种估计的差别分析     

罗坤  孔杰  栾生  杨国梁  王军毅  张宇飞 《海洋水产研究》2008,29(3)

为准确评估罗氏沼虾的育种值,利用罗氏沼虾106个家系中2628尾个体的体重资料,分别考虑日龄、性别和雌虾出池时是否抱卵等因素,设计了4种单性状动物模型,应用BLUP法估计个体的体重育种值。4种模型所估计的体重遗传力差别较大,遗传力范围在0.02～0.13之间。分析表明,家系混养前日龄与家系出池体重测定值存在极显著的相关(r=0.434,P<0.01),说明家系混养前日龄对混养后家系个体的体重有显著影响,提示在动物模型设计时,应该考虑家系混养前日龄作协变量;在考虑性别效应、雌虾出池时的抱卵效应,并以家系混养前日龄为协变量,获得的育种值估计较其他模型更为准确。实验还对育种值选择与表型值选择的效率进行了比较。结果表明,依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在着较大差异,两种选择方法选取的前53个家系育种值的平均值分别为0.70和0.58g,前者比后者提高20.7%,提示依据育种值的选择效率要高于表型值选择效率。  相似文献   

基于Sentinel-2影像的平寨水库水体透明度遥感反演     

温朝程  周忠发  李永柳  孔杰  谢江婷 《水土保持通报》2023,43(1):158-166

[目的]研究水体透明度的变化规律及其空间分异驱动因素,为管理湖库及恢复湖库生态系统提供科学依据。[方法]基于2020年5月18日,8月26日,11月14日的Sentinel-2 MSI卫星影像及准同步实测透明度数据构建平寨水库透明度遥感反演模型,利用地理探测器定量分析影响透明度空间分异的驱动因素。[结果](1)平寨水库水体透明度与Sentinel-2 MSI的B₃波段最为敏感,利用波段组合B₃×B₄作为最佳敏感因子构建出的透明度反演模型具有较高的精度(R²=0.81,RMSE=0.11 m, MRE=16.91%)。(2)平寨水库水体透明度呈现出中心库区高而各支流上游低,近水体两岸低的空间分布趋势,且水体透明度11月>8月>5月。[结论]总悬浮物、叶绿素a及总有机碳含量是平寨水库水体透明度空间分异的主要因素。总磷、总氮、水温及风速通过影响水体中的总悬浮物、叶绿素a及总有机碳含量进而影响水体透明度空间分布。  相似文献