凡纳滨对虾易位子相关蛋白α亚基(TRAPα)基因解析及其与WSSV抗性的关联     

王晶晶  李旭鹏  薛倩  曹宝祥  栾生  罗坤  隋娟  代平  曹家旺  谭建  陈宝龙  傅强  孔杰  高焕  孟宪红 《中国水产科学》2024,31(1):1-13

本研究旨在探讨凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)易位子相关蛋白 α 亚基(translocon-associated protein alpha, TRAPα)基因特征及其在抗白斑综合征病毒(white spot syndrome, WSSV)中的作用。通过 PCR 和 Sanger 测序技术, 获得凡纳滨对虾 TRAPα 的开放阅读框(open reading frame, ORF)序列, 将该基因命名为 Lv-trapα, 并进行生物信息学分析。采用 real-time PCR 分析 Lv-trapα 基因在健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 不同时间点的凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、 肌肉、眼柄中的 Lv-trapα 表达水平。同时, 利用重亚硫酸氢盐测序技术(bisulfite sequencing PCR, BSP)检测健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 后 96 h 的凡纳滨对虾肝胰腺组织中 Lv-trapα 基因上游 DNA 序列的甲基化水平。结果显示, Lv-trapα 的 ORF 全长 873 bp, 共编码 290 个氨基酸, 预测相对分子质量为 32466.4, 理论等电点为 4.45。多序列比对发现 TRAPα 蛋白的保守性较高。Lv-trapα DNA 序列中有 8 个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism, SNP), 其中 1 个 SNP 位点处于外显子区域且属于错义突变, 其余 7 个 SNP 位点处于内含子区域。real-time PCR 结果显示, Lv-trapα 基因在凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、肌肉、眼柄中均有表达, 且在感染 WSSV 后显著上调表达(P＜0.05)。 值得注意的是, 在感染 WSSV 后 96 h, 体内病毒含量不同的凡纳滨对虾肝胰腺中 Lv-trapα 的表达水平差异显著, 高病毒含量组中 Lv-trapα 的表达水平显著高于低病毒含量组(P＜0.05), 提示 Lv-trapα 表达水平和 WSSV 复制水平存在正相关性。BSP 结果显示, Lv-trapα 基因上游 1 个 CpG 位点(存在于 NCBI 数据库 NW_020872863.1 第 360336-360337 nt 位置)的甲基化水平和 Lv-trapα 表达水平呈负相关, 该 CpG 位点的甲基化水平和凡纳滨对虾体内 WSSV 病毒含量也呈负相关。本研究可为深入研究凡纳滨对虾抗 WSSV 的分子机制和抗病分子育种提供理论参考。  相似文献   

非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

吴莹莹  孟宪红  孔杰  王清印  栾生  罗坤 《渔业科学进展》2013,34(1):111-118

利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476～0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关。以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记。  相似文献   

新疆海岛棉主要育成品种性状特征与系谱来源分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

孔杰  王为然  朱家辉  洪梅  徐海江  张延辉  杨静  宁新民  阿里甫·艾尔西  华金平 《新疆农业科学》2018,55(4):589-600

【目的】了解中国新疆海岛棉育成品种性状表现,研究其遗传基础,为资源利用提供支持。【方法】2013~2016年,对58份新疆海岛棉育成品种资源材料采用同一生态区连续集中种植的方法进行鉴定,研究其性状表现和系谱关系。【结果】枯萎病发病率品种间变异系变数大,达到89.2%,果枝类型次之,为48.6%;株高(13.0%)、始果枝节位(15.0%)、单株铃数(18.0%)、纤维强力(10.7%)、纤维黄度(11.0%)变异系数较高,其他性状变异较小(＜10%)。除早期育成的4个品种外,不同时期育成品种均为零式果枝类型,平均株高、单铃重、子指、纤维长度、比强度呈逐年代增加的趋势,2010年后增长较为迅速,较2000年品种分别增加13.4%、9.7%、8.1%、5.5%、9.8%,枯萎病抗性显著提高,衣分增加较慢,絮色变白,近年来主栽品种铃期微增,单株铃数、铃重增加,抗病性变强。从系谱看,新疆海岛棉育成品种主要来源于中亚埃及型,其中8763И、5230Ф和2И3、9122И主要分别用于吐鲁番盆地和塔里木盆地品种的改良,不同时期突破性的中间材料的注入是新疆海岛棉纤维品质、抗性提升的基础。性状聚类结果与系谱分析一致。【结论】中国新疆海岛棉品种近10a育成品种在主要经济性状方面较之前品种提升迅速,特别是铃重、纤维品质与抗病性改良作用显著。育成品种骨干亲本主要来源于中亚国家,早期品种遗传基础狭窄,2010年品种遗传背景较为复杂。海岛棉育种应在优质、高效、可持续的前提下,寻求扩大资源来源途径,挖掘种质潜力,丰富品种类型,为新疆海岛棉产业发展提供支撑。  相似文献   

高产优质抗病棉花品种——新陆中77号   总被引：2，自引：1，他引：1  

朱家辉  孔庆平  孙杰  孔杰  宁新民  王为然  徐海江  阿里甫 《中国棉花》2016,43(5):37-37

概括了新陆中77号在新疆2年区域试验和1年生产试验中的产量、纤维品质和抗病性等表现,提出了其栽培技术要点。  相似文献   

优质高产陆地棉新品种——新陆中75号     

徐海江  郭仁松  田立文  林涛  崔建平  朱家辉  孔杰  李春平  张大伟 《中国棉花》2015,42(5):38-39

<正>新陆中75号(原代号X-1031)是新疆农业科学院经济作物研究所选育的优质、高产陆地棉新品种,是以我所自育高产优质新品系"30-3"为母本、新陆中9号(386-5)为父本杂交,经多年南繁北育、定向选择以及自然病圃鉴定和筛选而育成。2008—2009年参加本单位在南疆多点联合品系比较试验,其产量、品质、抗病性状优异,2010年提交  相似文献   

长绒棉新品种新海47号选育及栽培技术     

宁新民  孔庆平  孔杰  朱家辉  阿里甫·艾尔西  王为然 《中国棉花》2015,42(6):37-38

由新疆农业科学院经济作物研究所培育的长绒棉新品种新海47号,在品种区域试验、生产试验中,皮棉产量分别较对照新海28号增产10.4%和20.5%,纤维品质优良,耐枯萎病、抗黄萎病。本文概述了该品种选育背景和过程,总结其农艺性状、产量、纤维品质、抗病性等表现以及栽培技术要点。  相似文献   

高产优质棉花新品种——新陆中73号   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱家辉  孔庆平  宁新民  孔杰  阿里甫  王为然 《中国棉花》2015,42(6):40-41

为了满足南疆早中熟棉区近几年高产优质的需求,新疆农业科学院经济作物研究所通过配置各种杂交组合,经过多年选育,选育出新品系新38。该品系通过新疆早中熟棉区多年多点的区域试验鉴定,表现出了良好的适应性、丰产稳产性、纤维品质优良等特性,并于2014年9月通过审定,命名为新陆中73号。  相似文献   

2006—2014年新疆陆地棉纤维品质变化规律   总被引：1，自引：0，他引：1  

王为然  孔杰  宁新民  朱家辉  孔庆平  陈全家 《中国棉花》2015,42(11):18-21

以2006—2014年我国棉花纤维公证检验检测的新疆陆地棉纤维品质数据为研究对象,明确了新疆棉花纤维品质的整体状况及发展趋势。结果表明,棉花纤维长度、断裂比强度、长度整齐度指数整体呈现下降趋势,年均下降0.05mm、0.14cN·tex-1和0.1百分点,新疆地方棉区纤维品质总体优于新疆兵团棉区;纤维长度、比强度中上等级所占比例明显下降,中低等级增加较快;整齐度指数中上等级占比呈现不同程度上升;马克隆值表现出A级所占比整体下滑、B级微升、C级逐年增加趋势。  相似文献   

聚β-羟基丁酸酯对凡纳滨对虾抗WSSV 能力及免疫基因表达量的影响     

邓康裕  孔杰  孟宪红  罗坤  栾生  曹宝祥  刘宁 《中国水产科学》2015,22(5):877-886

本实验采用单因子浓度梯度法,以添加不同质量分数(0.0%,0.5%,1.0%,2.5%,5.0%,10.0%)聚β-羟基丁酸酯(PHB)的人工配合饲料饲喂凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)20 d后,对其进行白斑综合症病毒(WSSV)感染测试;利用实时荧光定量PCR技术分析PHB对凡纳滨对虾抵御WSSV侵染能力的影响,并选择最高免疫保护率(RPS)组进行不同时间点基因表达量分析。研究发现,PHB对感染WSSV对虾的存活率无显著影响(P0.05);但感染WSSV的对虾平均存活时间随PHB浓度上升呈现先上升后下降再上升的趋势,饲喂PHB对虾的平均存活时间均高于对照组,其中1.0%PHB浓度组对虾平均存活时间最长,且显著高于空白对照组及5.0%PHB浓度组(P0.05)。分析各组对虾体内病毒含量,发现1.0%PHB浓度组对虾病毒含量在实验前期显著低于对照组(P0.05)。对虾感染WSSV后,对对照组及1.0%PHB实验组对虾前48 h内6个采样时间点的超氧化物歧化酶(sod)、过氧化氢酶(cat)、谷胱甘肽过氧化物酶(gsh-px)、溶菌酶(lzm)及抗菌肽(abp)5个基因进行表达趋势分析,结果表明基因表达趋势在两组间无显著区别;投喂PHB的对虾在感染WSSV后血淋巴中sod、cat、gsh-px和lzm表达量呈现上升后下降再上升的趋势且分别在6 h、6 h、3 h、6 h达到最大值;abp在WSSV感染3 h内急速下降,随后在12 h达到最大值后又下降;另外饲喂PHB对虾体内免疫基因表达量均高于对照组。结果说明,PHB能够提高凡纳滨对虾对WSSV的抵抗力,且在一定程度上提高了对虾的免疫力。  相似文献   

2005—2012年新疆南疆棉区棉花杂交种主要经济性状优势分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

孔杰 张胜赵淑琴  洪创斌宁新民王为然  朱家辉孔庆平 《中国农学通报》2014,30(12):116-123

研究杂交棉在高密度植棉模式下主要经济性状优势,为新疆南疆棉区棉花杂交种利用提供理论依据。利用2005—2012年南疆中早熟杂交棉和常规陆地棉区域试验品系和审定品种的皮棉产量、纤维品质性状的多年多点数据,进行整理和对比分析。在高密度膜下滴灌种植模式下,杂交棉参试组合经历了起步-快速发展-急速下降的过程。杂交棉参加区试组合在单株铃数、单铃重、衣分变幅较大。陆陆杂交棉组合平均皮棉产量略高于常规陆地棉,纤维长度、比强度等品质指标略低于常规陆地棉,但均不显著。陆陆杂交棉审定品种在单株结铃、单铃重方面显著高于常规陆地棉,但每公顷铃数较常规陆地棉低3.0万个,平均皮棉产量差异不显著。陆海杂交种在单株铃数、纤维品质、抗病性等总体优于陆陆杂交种和常规棉,但在单铃重、衣分、皮棉产量平均分别低于常规陆地棉27.0%、11.3%、7.0%。在目前高密度植棉模式下,参试杂交棉组合较常规陆地棉生产优势并不明显,继续开展高密度强优势杂交棉育种及种植模式研究非常必要。  相似文献