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为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响,本实验对26个全同胞家系进行Vp AHPND侵染,收集686尾个体的存活时间数据,对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0 K SNP)进行基因分型,基于A、G和H亲缘关系矩阵估计Vp AHPND侵染后存活时间的遗传参数;采用随机和等距抽取方式,基于55.0K SNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K),利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测Vp AHPND侵染后存活时间的基因组育种值,利用交叉验证方法计算其预测准确性,并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示,Vp AHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平,估计值为0.68~0.79。在55.0 K SNP密度下,针对242尾基因分型个体数据集(G242),利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452,GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%;针对686尾表型测定个体数据集(P686)... 相似文献
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在水产养殖中,尤其是高密度养殖情况下,缺氧会短期内造成个体的大量死亡,从而影响生产效益。本研究以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)高抗和快大2个品系作为研究对象,利用高致死溶解氧(DO)胁迫的方式,对2个品系各41个家系共计6 560尾幼虾进行低氧耐受性测试,统计高致死溶解氧水平下幼虾的存活性状,分析不同品系间及同一品系不同家系间耐低氧性状的差异,评估其遗传参数;对耐受性有显著差异的家系个体的鳃、肌肉、肝胰腺组织进行组织学观察,并比较其细胞水平上的差异。结果显示,在0.3mg/L低氧条件下,高抗品系和快大品系的家系半致死存活率SS50均表现出显著差异(P<0.05),高抗品系SS50为49.30%,快大品系SS50为42.52%;家系间存活时间的变异系数分别为60%和45%。利用阈值性状动物模型,以半致死时的个体存活状态作为观测值(存活为1,死亡为0)估算的遗传参数为(0.345±0.031)~(0.378±0.029),经过转换后在连续变化的观测值尺度上的遗传力为(0.219±0.031)~(0.237±0.029),表现为中等遗传力水平。高抗品系中低氧耐受... 相似文献