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运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和PCR产物测序技术检测斑点叉尾鮰CC趋化因子基因SCYA113 内含子1的序列长度和多态性。在3个群体的60个个体中,斑点叉尾鮰CC趋化SCYA113 内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型。对这8种序列进行比对分析发现,斑点叉尾鮰SCYA113 内含子1长度为395~443 bp, 8种长度类型中A、G、T、C的平均百分比为30.01%、15.43%、38.37%、16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量,内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTC和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T),209(G→A),250(T→C),3个颠换位点为266(T→A),289(G→T),387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型,97群体中检测到8种长度类型和10种基因型,04群体中6种长度类型和10种基因型(缺少A、B等位基因)。从3个群体60个个体拥有22种频率较低(0.017~0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾鮰的遗传基因资源较为丰富。 相似文献
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利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤Clq基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316 bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸.在文蛤Clq(MmClq)蛋白中,Clq结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的Clq结构域均具有较高的同源性.通过荧光实时定量PCR,MmClq mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高.在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,Clq相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmClqmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍.包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmClq重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性. 相似文献
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文蛤C1q基因的克隆与表达及其重组蛋白活性的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤C1q基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸。在文蛤C1q(MmC1q)蛋白中,C1q结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的C1q结构域均具有较高的同源性。通过荧光实时定量PCR,MmC1q mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高。在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,C1q相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmC1qmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍。包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmC1q重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性。 相似文献
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通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW017)2个站点夏季海水的细菌16s rDNA文库,利用16S rDNA序列比对法,对大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性进行了分析.试验结果表明,这2个海域的细菌主要为非培养细菌.每个海区分别随机选取了200个克隆进行酶切谱型分析和序列测定,共得到104个不同的DNA序列,其中大连湾51个序列,分别属于13种(属);辽东湾53个序列,分别属于13种(属).有6种菌为这2个海区所共有,这2个海区各自有不同的优势菌,且均未检测到致病菌,研究结果表明大连湾和辽东湾海水细菌具有丰富的多样性. 相似文献
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圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化 总被引:3,自引:2,他引:1
利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。 相似文献
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鱼类趋化因子基因的研究 总被引:4,自引:0,他引:4
动物免疫包括非特异性免疫和特异性免疫两种,免疫学家一直对非特异性免疫以及它们与获得性免疫系统相互作用关系极为感兴趣。非特异性免疫也叫先天性免疫,是指一个生物所具有的对病原体和有害异物的基本先天抵抗和防御性。先天免疫对绝大多数的病原体和有害异物具有潜在快速、有力和非特异性免疫反应的特点。能否对疾病进行有效的先天免疫常常是宿主动物生与死的分水岭。先天免疫包括物理、生理、细胞和分子不同层次上的防御屏障。水是鱼类赖以生存的基本环境同时也是很多水生病原体传播的媒介。鱼类的体表形成了重要的第一条防线。因为鱼类时刻与水接触。身体上的保护屏障就显得极其重要。鳞片、皮肤和粘液膜的表面都是抵御病原体侵入的重要物理屏障。鱼类粘液层含有抗生索物质,能有效地在最早阶段阻止病原体的感染。先天免疫性的生理学屏障包括温度、pH、溶氧和水溶性因子。当物理屏障被突破后, 相似文献
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采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。 相似文献
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2.托拉综合症病毒(TSV) 根据其病毒颗粒结构(无囊膜的二十面体,30nm直径,带胞质复制体,一个单链RNA基因组),TSV被归类为细小核糖核酸病毒 (picorvirus)。 TSV于1992年首次发现于瓜亚基尔(Guayoguil)湾托拉河口附近的对虾养殖场,造成池塘养殖的南美白对虾幼虾60%-90%死亡的灾难性损失。接着作为一种严重的病害,TSV很快在拉美国家和美国的部分养虾地区流行蔓延。流行病学和实验室研究以及从厄瓜多尔向外的传播都表明,TSV是一种病毒性病原,而且在美洲的南美白对虾、蓝… 相似文献
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微卫星标记及其在贝类遗传选育研究中的应用 总被引:1,自引:0,他引:1
1微卫星标记的定义和结构类型微卫星(M icrosatelllite)是以少数几个核苷酸(1~6个)为单位首尾相连组成的简单串联重复DNA片段,一般长为几十到几百碱基对(bps),重复次数从几次到数万次不等。微卫星DNA均匀的分布于基因组中。微卫星有不同的叫法,如简单序列重复(S imp le Sequence Repeats,简称SSR)、短串联重复(ShortTandem Repeats,STR)、简单序列长度多态性(S imp le Sequence length Polymorph ism,SSLP)等。近年来,微卫星作为一种分子标记,已成为种群研究和进化生物学最常用的分子标记之一,广泛地应用于生物杂交育种、遗传连… 相似文献
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