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虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes(外套膜157个;肾脏502个)获得了基因注释(Ee-5),占Unigene总数的32.84%。对Unigene的功能和分类进行了初步分析,发现多种与免疫相关的基因,如凝集素、超氧化物歧化酶、溶菌酶、大防卫素等。利用SSRIT在线工具对2007条Unigene查找微卫星,发现有69个EST中含有微卫星序列,其中40个可以用于引物设计。虾夷扇贝cDNA文库的成功构建,为进一步的EST分析、功能基因的表达和克隆、多态性EST-SSR的筛选以及虾夷扇贝分子遗传学研究、种质资源评价和分子选育等奠定了基础。 相似文献
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斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用LA-PCR扩增和引物步移相结合的方法对我国辽东湾斑海豹的线粒体基因组全序列进行了测定,并完成了基因组成和系统发生学分析。辽东湾斑海豹线粒体基因组长为16 754bp,其基因构成与其他海洋哺乳动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个控制区。在其37个基因中,ND6、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro位于L链上,其余均位于H链上。对我国辽东湾、韩国和美国阿拉斯加斑海豹线粒体基因组进行了比较分析,结果显示,三者线粒体基因组长度略有不同,差异主要体现在以重复片段形式存在的控制区序列中。值得注意的是,在编码区中,3个目标群体的线粒体ND5基因核苷酸差异最为显著,共检测到了18个突变位点,造成4处氨基酸序列变异。斑海豹线粒体基因组蛋白编码基因的变异分析及海豹科系统进化分析结果显示,我国辽东湾和韩国斑海豹的序列同源性显著高于美国阿拉斯加斑海豹,说明辽东湾和韩国斑海豹很可能来自同一个种群。 相似文献
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文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析 总被引：7，自引：0，他引：7
应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体,2个养殖群体）150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％,总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634;群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248,群体间的遗传距离为0．0394～0．1609,群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体,辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,辽宁庄河野生群体单独成为一支,辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起,辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起,但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示,所有个体基本是随机交叉聚类,不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明,文蛤群体94．04%的变异来源于群体内,群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明,文蛤群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。[中国水产科学,2008,15（2）：215-221] 相似文献
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2005-2007年在大连、营口地区室内养殖仿刺参幼参阶段发生附着基和池壁变红现象,同时伴随池内幼参体壁溃疡、死亡.对变红的附片和患病幼参进行病原菌分离,结果均分离出一株在TCBS和2216E培养基上显示绝对优势的桔红色菌株.人工回接感染试验表明,该菌株对仿刺参具有一定致病性.通过菌株培养特征观察、生理生化特性试验和16S rRNA分析,鉴定该优势菌为耐盐捏斯连科菌.该菌最适生长温度25～37℃、最适合生长pH 7.6～8.0、食盐质量分数超过6％生长最旺盛.药敏试验结果表明,对先锋V、先锋必、先锋Ⅵ、先锋孟多、头胞氯氨苄、新霉素、万古霉素、乙酰螺旋霉素、强力霉素、二甲胺四环索、呋南妥因、萘啶酸、氟嚷酸、氟罗沙星显示高度敏感,对头胞噻肟和复方新诺明不敏感. 相似文献
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本实验采用EST-SSRs分子遗传标记技术对福州和湖北嘉鱼县的1984年群体（P1984）、福州与辽宁辽中县的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福州的1984年与1997年群体杂交的F1代群体（P8497)等4个斑点叉尾鮰养殖群体的遗传多样性进行研究。斑点叉尾鮰EST-SSRs是从斑点叉尾鮰ESTs 序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR 标记,这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于斑点叉尾鮰遗传研究可直接反映相关基因在不同斑点叉尾鮰群体间的表达差异。本实验检测到两个功能明确的基因位点。实验结果表明有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,可作为斑点叉尾鮰遗传标记分析,有效的多态性引物占90%,共获得32个等位基因,其中大多数引物有2～4 个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3.0000-3.4000, 平均有效等位基因数（ae）为1.9455-2.3024,平均观察杂合度（Ho）为0.4068-0.4732,平均期望杂合度（He）为0.4148-0.4907,平均多态信息含量（PIC）为0.4113-0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远,这验证了四个群体的引入顺序。通过Hardy—Weinberg检验发现,4个群体有18.75％的位点偏离了Hardy—Weinberg平衡, 表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。通过F-检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。 相似文献
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采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体（P1984）、福建与辽宁的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福建的1984年与1997年群体杂交的F。代群体（P8497）等4个斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）养殖群体的遗传多样性进行了研究。结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3．00-3．40,平均有效等位基因数（Ac）为1．95～2．30,平均观察杂合度（Ho）为O．4768-0．5982,平均期望杂合度（Ho）为004913-0．5695,平均多态信息含量（PIC）为0．4113-0．4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远。4个群体有18．75％的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。 相似文献
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对圆斑星鲽mtDNA控制区序列及鲽形目鱼类鲽科的条斑星鲽、大西洋黄盖鲽、马舌鲽，美洲拟庸鲽和鲆科的牙鲆以及鳎科的欧洲鳎、塞内加尔鳎、沙鳎控制区进行了比较分析。结果表明，圆斑星鲽的控制区序列可分为扩展终止相关序列区（ETAS）、中央保守区（CSB—A、B、C、D、E、F）、保守序列区（CSB1、CSB2、CSB3）和串联重复序列区（Tandem repeat region）。通过与其他脊椎动物线粒体控制区序列的比较，发现鲽形目的鲆、鲽类和鳎类与两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。 相似文献
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文蛤肠、外套膜和肝胰脏组织 cDNA 文库构建及其 ESTs 序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为2.10×106、1.70×106和1.60×106,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1kb的占87.5%,文库质量符合标准要求。随机选取文库的3168个克隆进行5′端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1005,外套膜:1019,肝胰脏:1005),测序成功率95.58%。经质量控制和拼接得到1796个单基因簇(Unigene),其中306个叠联群(Contigs),1490个单一序列(Singletons)。通过Blastx搜索比对、查询和注释分析,共得到已知基因696个(肠:216,外套膜:235个;肝胰脏:245个),占总数38.75%。在1796个单基因簇(Unigene)发现微卫星序列55条,这些存在微卫星位点的序列占整个ESTs数据库的3.1%。 相似文献