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亚麻纤维素合酶超基因家族的生物信息学及表达分析 总被引:3,自引:1,他引:2
【目的】全基因组水平鉴定亚麻纤维素合酶超家族基因Ces A/Csls,并对基因的进化、基因结构及组织表达特性等进行分析,为亚麻纤维发育的机理研究奠定基础。【方法】利用Phytozome基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定亚麻纤维素合酶超基因家族成员,并进行蛋白理化特性分析;利用MEGA 5.0、GSDS、MEME等软件构建系统进化树,并进行基因结构、蛋白保守基序分析;根据RNA-Seq数据对Ces A/Csls进行表达分析。【结果】系统分析鉴定了45个亚麻Ces A/Csls超家族基因,该家族基因在scaffolds上是分散分布的,没有明显的成簇现象。Ces A/Csls蛋白主要分布于质膜上,氨基酸数目为409—1 167,分子量为47 401.1—130 578.3,等电点分布在5.43—9.08。Ces A/Csl蛋白均含有跨膜结构域,数目为2—8。根据系统进化分析将其分成Ces A与Csl两类,细分为Ces A、Csl A、Csl B、Csl C、Csl D、Csl E、Csl G共7组。基因结构分析显示,亚麻Ces A/Csls基因的长度在2.1—6.8 kb,外显子数量在2—14。保守基序分析表明,不同组间Motif组成有一定的差异,Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4、Motif 12在Ces A、Csl B、Csl D、Csl E、Csl G组蛋白中均有分布,Motif 18、Motif 20在Csl A、Csl C组蛋白中均有分布,而Motif 13、Motif 14、Motif 15、Motif 19的分布则表现出一定的组间特异性。表达谱分析结果表明,Ces A/Csls家族成员在不同发育阶段表达模式不同,部分Ces A/Csls可被Na Cl、BR和Brz诱导上调或下调表达,预示Ces A/Csls功能的多样性以及在植物发育过程中扮演着不同角色。【结论】鉴定出45个亚麻Ces A/Csls家族基因成员,分属于两类,7组,分布于scaffolds上,基因结构和蛋白基序具有组间多样性和组内保守性。不同的基因在不同发育阶段具有一定的时空特异性。Ces A/Csls中部分基因响应激素BR、Brz及Na Cl胁迫。 相似文献
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发展生猪产业"互联网+",是促进我国生猪产业提质增效、 加快产业转型升级和推进供给侧改革的重要措施,甚至可能成为我国生猪产业借助互联网而实现弯道超车的时代机遇.随着2016年移动互联网、 大数据、 云计算等先进技术与生猪的生产经营、 交易流通和金融服务等深度融合,我国生猪产业已逐步形成以"互联网+养猪"为核心的新模式和新生态. 相似文献
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从濒死期蓝狐肺脏中分离到1株革兰阴性短杆菌,并对分离菌株进行形态学观察、16S rRNA鉴定、全自动细菌生化鉴定仪鉴定及khe基因鉴定,在此基础上,完成了分离菌株的分型、人工感染小鼠试验、药敏试验及毒力基因检测等。最终鉴定结果显示,该分离菌株为K20型肺炎克雷伯菌,命名为SWKp17;同时,Vitek细菌鉴定仪鉴定该菌为肺炎克雷伯菌。人工感染试验和药敏试验结果表明,该细菌有致病性和多重耐药性。其对小鼠的半数致死量(LD50)为2.9×10~7 CFU;对三代头孢菌素类、氯霉素类、喹诺酮类、氨基糖苷类、四环素类、磺胺类耐药,但对亚胺培南和多黏菌素敏感。该菌株具有fim、ureA、mrkD及wabG毒力基因,但不具有rmpA、kfu、alls、iroNB、ybtA、uge、iucB等毒力基因。结果表明,引起本次狐狸肺炎的致病菌为非K1、K2、K3、K5、K20、K54及K57型肺炎克雷伯菌,本研究为临床治疗由该菌引起的狐狸肺炎提供参考依据。 相似文献
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产乳热是5-9岁奶牛群中最常见的一种急性低钙性代谢病,常在产前、产中、产后发生,它的发病与奶牛的胎次有关,而且受干奶期饲养水平的影响极大,患过产乳热的奶牛以后产犊时容易复发。 症状:发病奶牛食欲差,消化和生殖系统机能减弱,四肢无力,行走时后躯左右摇晃,大部分情况下可见患牛头向侧弯曲至胸部不能抬起。这种姿势常引起瘤胃膨胀,反应迟钝,目光呆滞,耳根冰凉,鼻镜干燥。 病因:产乳热的病因主要是由于奶牛分娩后开始大量泌乳,尤其是初乳,钙的需求量突然增加,在很短的时间内钙的需求量会增加2-3倍,此时,奶牛不能… 相似文献
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在高温下干旱胁迫对褐飞虱生态适应性的影响 总被引:3,自引:3,他引:0
为明确高温条件下干旱胁迫对褐飞虱Nilaparvata lugens (St(a)l)生态适应性的影响,以感虫水稻品种TN1、抗虫品种IR36和耐旱品种沪旱3号为材料,采用不同浓度的聚乙二醇(polyethyleneglycol,PEG)6000模拟干旱处理水稻植株,在31℃温度下研究干旱胁迫对褐飞虱生长发育和繁殖的影响.结果表明,褐飞虱若虫发育历期随PEG 6000浓度的升高而延长.在TN1和IR36上,褐飞虱若虫存活率在20% PEG 6000处理7d时最低,为58.25%和28.25%,而在沪旱3号上则以PEG6000处理3d时最低,为48.75%,但各处理中IR36上褐飞虱若虫存活率均低于在TN1和沪旱3号上的存活率.在10% PEG 6000胁迫7d时褐飞虱在3个品种上初羽雌成虫体重均最轻,分别为1.86、1.26和1.93 mg;20%PEG 6000胁迫7d时产卵量最低,分别为215.9、85.9和227.9粒/雌.褐飞虱卵孵化率随着PEG 6000浓度的升高而降低,且在同一品种上相同浓度PEG 6000处理3、5和7d,均无显著差异.褐飞虱种群增长倍数随着PEG 6000浓度的升高而下降. 相似文献