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本研究利用相关生物信息学软件和数据库对牦牛miR-101进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过高通量测序获取牦牛miR-101的序列,并分析其序列保守性;选取TargetScan、miRanda、PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用BINGO和DAVID数据库获得靶基因集合的本体注释,进行GO功能富集及Pathway信号通路富集分析。结果显示,miR-101序列在各物种间高度保守,miR-101调控的靶基因GO功能富集主要包括多细胞生物体发育、发育过程、系统发育、解剖结构发育、器官发育等基本生物学过程和蛋白连接、转录因子活性等分子功能;靶基因存在于细胞各个组分中,包括细胞质、细胞核、细胞器中;信号转导通路显著富集于MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、黏着斑（focal adhesion）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、Wnt信号通路（Wnt signaling pathway）、TGF-beta信号通路（TGF-beta signaling pathway）和mTOR信号通路（mTOR signaling pathway）中（P<0.05）。通过对牦牛miR-101靶基因的生物信息学分析,为进一步研究miR-101在牦牛肌肉发育中的作用奠定基础。 相似文献
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[目的]克隆“大通牦牛”Lfcin基因,为将该基因应用于饲料工业和养殖业提供依据。[方法]利用PCR技术从“大通牦牛”基因组DNA中获得乳铁蛋白素（Lactoferricin,Lfcin）基因序列;将Lfcin基因连接于pGEM-T easy载体,送至生物公司测序;将“大通牦牛”与奶牛的Lfcin基因序列进行比对;同时,对牦牛、奶牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。[结果]克隆获得了含“大通牦牛”LF（Lactoferrin）第二外显子的DNA序列,共778bp,其中Lfcin基因编码区长75bp,编码25个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛该序列存在11个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同,各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性;进化树分析表明Lfcin进化树符合物种进化规律。[结论]该研究为Lfcin基因在原核或真核细胞中的表达研究以及进一步研究Lfcin蛋白的生活活性奠定了基础。 相似文献
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哺乳动物毛囊发育及调控研究进展 总被引：1，自引：1，他引：0
毛囊具有高度自我更新能力,是哺乳动物特有的皮肤构造,且是唯一呈终生周期性生长的器官。毛囊的发生始于胚胎期,皮肤上皮层细胞和下胚层细胞间的一系列相互作用诱导形成毛囊,之后毛囊进入周期性循环,包括生长、退行和休止3个阶段。毛囊的发育过程中受到复杂的网络调控。近年来,关于哺乳动物毛囊发育及调控机制的研究取得了较大进展。已有研究表明,毛囊的发生及循环过程中受到多种因子的调控,不同信号通路及miRNA和lncRNA相关基因的参与,构成了一个庞大而又复杂的网络调控图谱,每种调控因子间的相互促进及制约为毛囊的发生及循环提供了必要的保障。文章简述了人、羊及小鼠等哺乳动物毛囊形态发生、周期性循环及相关调控因子的研究进展,为更加全面地了解哺乳动物毛囊发育过程及调控机制提供了参考,同时对人工控制毛绒的周期生长进而提高毛绒产量和质量提供了思路。 相似文献
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牦牛SRY基因克隆与分子特征 总被引：2，自引：0，他引：2
SRY(Sex-determining region on the Y chromosome,SRY)基因位于哺乳动物的Y染色体,对性别形成起着决定性作用.对高原牦牛SRY基因的编码区进行克隆和分子特征分析,以期从分子水平了解牦牛的性别形成机制.以雄性高原牦牛血液为材料,从基因组DNA中扩增SRY基因编码区(单外显子)序列,将其克隆至pGEM-T easy载体并测序.同时,将牦牛SRY基因编码区与奶牛进行序列比对;对牦牛SRY蛋白与其他物种SRY蛋白进行序列比对;采用在线生物软件对牦牛SRY蛋白的特性和结构进行预测.牦牛SRY基因(GenBank:EU547257)编码区长687 bp,编码229个氨基酸.克隆获得的牦牛SRY基因编码区与奶牛该序列存在2个碱基的变异,造成1个氨基酸的变异;各物种SRY蛋白具有较高的同源性;牦牛SRY蛋白(GenBank:ACB 29799)主要由亲水性氨基酸构成,同源建模预测的SRY HMG区域的3D模型显示,SRY HMG区域三维结构呈由三个α-螺旋组成的"L"型.首次从高原牦牛基因组中克隆了SRY基因,并进一步揭示了其分子特征,为从分子水平人为的控制牦牛性别奠定了重要基础. 相似文献
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牦牛MSTN基因内含子Ⅱ遗传多样性研究 总被引：3，自引：1，他引：2
利用PCR-SSCP技术研究了5个牦牛群体共计401头个体的MSTN基因第2内含子的多态性.结果表明:牦牛MSTN基因第2内含子存在多态性,测序发现该片段第192 bp处有一个A 到G的单碱基突变.所检测的5个牦牛群体中,除新疆巴州牦牛群体未检测到AA基因型,其他4个群体中均发现AA、AB和BB 3种基因型,大通牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛群体中均以BB型为优势基因型,而天祝白牦牛和新疆巴州牦牛则以AB为优势基因型.不同牦牛群体中均检测到A,B两个等位基因,并且B基因频率均高于A基因频率,B等位基因为各牦牛群体中的优势等位基因.各群体经过χ~2检验,在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),大通牦牛、新疆巴州牦牛两个群体处于不平衡状态(P＜0.05).分析了5个牦牛群体的遗传结构,发现大通牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均最低,分别为:0.171,1.207,0.157;而天祝白牦牛的基因杂合度,有效等位基因数、多态信息含量等均最高,分别为:0.490,1.961,0.370;新疆巴州牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均略低于天祝白牦牛. 相似文献
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为了研究牦牛DRB3.2基因exon 2遗传多样性,试验采用PCR-RFLP对天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛3个类群757头个体的MHC-DRB3.2基因进行PCR-RFLP分析。结果表明:共检测出8个HaeⅢ酶切位点、11种基因型;在3个牦牛类群中,HaeⅢC基因型(225 bp/175 bp/85 bp/35 bp)在大通牦牛、天祝白牦牛中是优势基因型,基因型频率分别为0.387和0.366;而在甘南牦牛中,HaeⅢA基因型(175 bp/85 bp/35 bp)为优势基因型,基因型频率为0.306。3个群体的多态信息含量分别为0.739,0.754,0.743,均达到了高度多态(PIC>0.50)。说明牦牛DRB3.2基因具有高度多态性,在研究牦牛抗病育种和提高牦牛生产性能方面具有独特的效力和广泛的应用前景。 相似文献
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利用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的FASN基因第3内含子进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛部分肉质性状进行相关性分析.结果发现,3个牦牛群体在第3内含子检测到g.5477 C→T的突变,由此产生3种基因型：HH、HG、GG.相关性分析表明,HH基因型和HG基因型个体的脂肪含量显著高于GG基因型个体（P＜0.05）.HH、HG、GG 3种基因型对失水率、熟肉率、pH24值和剪切力的影响差异不显著（P＞0.05）. 相似文献
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本试验旨在研究日粮营养水平对牦牛生产性能、屠宰指标和血清生化指标的影响。选择年龄、体重接近的健康公牦牛60头,平均体重（269.75±35.46）kg,随机分成3组,每组20个重复,每个重复1头牛。根据饲粮营养水平分为高营养水平组（HN）、中营养水平组（MN）、低营养水平组（LN）。试验周期105 d,预试期15 d,正试期90 d。正试期（90 d）饲粮的综合净能（NEmf）分别为5.51、6.22、6.94 MJ·kg-1,全试验期饲粮粗蛋白质水平各组均为16.98%,育肥试验结束时进行生产性能等指标的测定,每组随机选择8头牛颈静脉采血,迅速分离血清,测定血液生化指标,屠宰后测定每头牛的屠宰性能和肉品质。结果表明,日粮不同营养水平对牦牛平均日增重（ADG）的影响差异不显著（P>0.05）;随着日粮营养水平的增加,HN组血清中葡萄糖含量最高,与LN和MN组相比,分别增加了38.86%和29.69%（P<0.05）。MN组血清中尿素含量最低,较LN组降低了34.31%（P<0.05）,与HN组相比差异不显著。血清中总蛋白的含量随着能量水平的增加而降低（P<0.05）。总胆固醇LN组含量最低,较MN组降低了10.98%。随着能量水平的提高,HN组牦牛的宰前活重、胴体重和眼肌面积极显著高于MN和LN组（P<0.01）;HN组屠宰率显著高于MN和LN组（P<0.05）;肉色L*值LN组最低（P<0.05）,较MN和HN组分别降低了17.84%和25.65%。能量水平对失水率和蒸煮损失无显著影响（P>0.05）。在本试验条件下,增加饲粮能量对提高舍饲牦牛生长性能和肉品质是可行的,综合生长性能、屠宰性能、肉品质和血清生化指标得出,饲粮综合净能水平在6.94 MJ·kg-1时的饲粮营养水平是比较适于冷季舍饲育肥牦牛提供优质牦牛肉所需的营养水平。 相似文献
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【目的】试验旨在对肃南牦牛进行群体遗传结构、选择信号分析和连续纯合片段(ROH)检测,挖掘肃南牦牛的种质特性相关基因。【方法】选择肃南牦牛、巴州牦牛、斯布牦牛、九龙牦牛和天祝白牦牛5个牦牛品种共计48头牦牛进行全基因组重测序,采用基因组变异检测流程(GATK)获得高质量的单核苷酸多态性(SNP)标记进行下游分析;对5个牦牛品种的基因型数据进行主成分分析、祖先成分分析和系统进化树分析以确定其群体结构;对5个牦牛群体进行ROH检测以及近交系数计算;采用综合单倍型评分(iHS)方法筛选共有高频ROH区域内受选择位点。【结果】5个牦牛品种共鉴定出15 092 883个SNPs,主要分布于内含子区域。亲缘关系计算结果显示,所有个体均不存在三代以内亲缘关系,满足后续分析要求。主成分分析表明,5个牦牛品种可以显著地分为5个类群,其中肃南牦牛群体内遗传变异较小。群体结构分析显示,肃南牦牛包含其他4种牦牛祖先成分,其中天祝白牦牛祖先成分所占的比例最大。ROH分析显示,5个牦牛品种共检测到8 426个ROHs片段,其中高频ROH区域421个。相比于其他4个牦牛品种,肃南牦牛的ROH片段总长度和数目最多,具有较高的连锁程度,其近交系数远大于其他牦牛群体。在肃南牦牛高频ROH区域上注释得到465个候选基因,主要富集到与机体发育、大脑形态形成、脂肪氧化相关的通路,包括胚胎骨骼系统形态发生、前后模式规范、甲状腺发育通路和Hippo通路,其中与胚胎发育及组织分化过程相关的基因有同源框A3(HOXA3)、HOXA5、HOXD3,与肉品质相关的基因有花生四烯酸12B (ALOX12B)、ALOX15B、ALOXE3,与中脑发育相关的基因为成纤维细胞生长因子8(FGF8)。在7号染色体1个高频ROH区域中(Chr7:12 661 870-13 045 935)鉴定到3个共享基因(核内不均一性核糖核蛋白K (HNRNPK)、驱动蛋白27(KIF27)、G激酶锚定蛋白1(GKAP1))与牦牛共有的高原适应性有关。对共有高频ROH区域内的位点进行iHS分析,鉴定到的受选择基因主要与抗病性、内质网分泌蛋白加工及细胞周期调节相关,包括N-α乙酰转移酶25(NAA25)、内质网分子伴侣29(ERP29)、跨膜蛋白16(TMEM116)、TRAF型锌指结构域蛋白1(TRAFD1)、HECT结构域E3泛素连接酶4(HECTD4)基因。【结论】本研究从全基因组水平系统评估肃南牦牛的遗传多样性和遗传背景,鉴定了肃南牦牛ROH区域内与表型相关的基因,并重点挖掘了与其他牦牛品种共享高频ROH区域内的受选择基因,为肃南牦牛种质资源开发、利用提供了重要理论依据。 相似文献