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南阳牛生长性状相关基因组区域全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在筛选和鉴定与南阳牛生长性状相关的基因组区域和候选基因,从而更好地了解牛生长性状的遗传机制。试验共采集71头南阳牛母牛血样并提取基因组DNA,利用SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing）技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。对每头个体初生重及不同月龄（6、12、18、24、36）的体重、体高、体斜长、胸围和坐骨端宽及每6个月体增重等生长性状进行全基因组关联分析;获得显著相关的基因组区域后,对其中基因进行功能注释以筛选候选基因。结果显示,共获得141 755个筛选后的SNPs,通过全基因组关联分析鉴定出5个分别与12月龄体重（8号染色体：17 320 634~17 347 720 bp）、12月龄胸围（2号染色体：15 063 190~15 155 309 bp）、24月龄体斜长（11号染色体：60 727 342~81 425 987 bp）、36月龄坐骨端宽（14号染色体：15 635 762~15 643 272 bp）和12~18月龄体增重（26号染色体：40 456 192~40 456 477 bp）等生长性状显著相关的基因组区域（LOD≥6.35）。通过对5个基因组区域内的186个基因进行功能注释,共筛选得到11号染色体上的8个基因（BMP10、IFT172、SDC1、TCF23、TRIM54、RAB1A、VPS54和GDF7）与骨生长、肌肉发育和生长调控有关,建议其可优先作为牛生长性状相关候选基因进行进一步验证。 相似文献
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本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征,筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA,运用16S rRNA高通量测序技术,比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面（组成及结构）存在的差异,获得两组间具有统计学差异的Biomarker,并对差异功能基因进行注释。结果表明,腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛;在门水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门,螺旋菌门显著降低（P<0.05）;在属水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高,不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低（P<0.05）。通过对COG功能预测分析,腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析,腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢,显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录（P<0.05）。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群,筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker,并对功能差异基因进行注释,为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。 相似文献
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为揭示黄花苜蓿(Medicago falcata L.)耐牧性的形态学成因机制,探索其耐牧型品种选育的新途径。以从耐牧性鉴定中获得的耐牧性强和弱的2组黄花苜蓿个体植株为材料,对其放牧前后的相关形态指标的观测数据进行分析。结果表明:各形态指标与耐牧性强弱的显著性相关程度依次为根颈宽度>根颈入土深度> 茎数> 株高,对黄花苜蓿耐牧性的促进作用大小依次为根颈入土深度> 根颈宽度> 茎数> 株高> 株丛茎>植株投影盖度。根颈入土深度可单独增强黄花苜蓿的耐牧性,其他性状则通过相互协同作用促进其耐牧性。具有根颈粗大且入土深、单株茎数多且株丛大的黄花苜蓿植株耐牧性强,可作为耐牧育种材料早期选育的形态学指标。 相似文献
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【目的】探讨不同放牧强度季节调控方式下短花针茅(Stipa breviflora)荒漠草原植物种关联关系的变化规律,研究不同放牧强度季节调控对荒漠草原植物种间关联性的影响。【方法】以短花针茅荒漠草原植物种为研究对象,在内蒙古苏尼特右旗附近的荒漠草原试验示范基地,设置5个放牧强度季节调控方式和对照(CK)处理,于2013年8月对不同试验处理区植物种存在状况、出现频率及物种间关联性进行调查和统计。【结果】在6个处理区内共发现植物27种,春季零放牧+夏季重度放牧+秋季适度放牧(SA1区)平均物种数最多,对照区最小。从植物种出现频率看,不同放牧强度季节调控方式对3个主要植物种的影响大小依次为碱韭(Allium polyrhizum)无芒隐子草(Cleistogenes songorica)短花针茅,且以春季零放牧+夏季适度放牧+秋季重度放牧(SA2区)的植物种出现频率较低。短花针茅与无芒隐子草主要表现为无关联性,短花针茅与碱韭主要表现为负关联性。春夏秋重度放牧(SA3区)和春夏重度放牧+秋季适度放牧(SA4区)导致显著正相关种对数减少,物种关联链简单,关联物种对较少。春夏秋适度放牧(SA5区)、SA1区及SA2区群落内物种间关联链增多,关联链趋于复杂化。【结论】春季放牧(无论是重度放牧还是适度放牧)均导致植物种总体关联性降低,甚至使植物种总体关联性呈现负关联;春季零放牧有利于植物种间关系的稳定和提高。 相似文献
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在不同放牧压下,以短花针茅荒漠草原植物群落盖度为研究对象,采用GS+软件进行地统计分析,对其空间异质性进行了研究。结果表明,SA3(全年重度放牧处理区)和SA5(全年适度放牧处理区)植物群落盖度分别达到29.62%和28.58%,SA1(春季零放牧、夏季重度放牧和秋季适度放牧处理区)植物群落盖度为21.71%。家畜选择性采食践踏这一随机因素引起的空间变异在SA1处理区中最小,为0.01;SA4(春、夏重度放牧和秋季适度放牧)处理区和SA5处理区随机因素引起的空间变异接近且较大,分别为22.40和22.30。在不同放牧压组合下,植物种群盖度均存在强烈的空间自相关性,SA1、SA2(春季零放牧、夏季适度放牧及秋季重度放牧处理区)、SA3处理区空间自相关性表现强于SA4和SA5。SA1和SA3处理区分形维数较高,空间分布格局简单,空间依赖性较强,空间结构性好;SA4和SA5处理区分形维数较低,空间分布格局相对复杂,随机因素引起的异质性占有较大的比重。 相似文献
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2014年以内蒙古短花针茅荒漠草地为研究对象,采用正交试验设计,研究了氮肥(N)、磷肥(P)、有机肥(A)配施对该地区产草量和营养物质的影响。结果表明:(1)牧草最高产量的施肥组合为氮肥(15g/m^2)+磷肥(22.5g/m^2)+有机肥(1500g/m^2);(2)牧草的粗蛋白含量以N_3P_2A_3组合最优;牧草粗灰分最优组合为N_4P_2A_2;牧草粗脂肪含量最优组合为N_4P_3A_1;牧草中性洗涤纤维含量最优组合为N_3P_2A_3;牧草酸性洗涤纤维含量和相对饲用价值最优组合均为N_3P_4A_3。本试验所测牧草营养成分含量与不同施肥种类和水平之间直观比较结果无明显规律性,说明该地区植物营养与氮肥、磷肥、有机肥之间的关系极为复杂,有待今后深入探讨。 相似文献
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草食动物对植物种群结构和功能的调控机制是放牧生态学研究的重要内容。本研究以内蒙古锡林郭勒盟苏尼特右旗荒漠草原的长期放牧控制实验为平台,通过研究荒漠草原建群种短花针茅种群年龄动态与其相应叶性状,以期揭示荒漠草地放牧调控下植物响应机制。结果显示,1)短花针茅种群基径小于4 mm部分植株存活数少;适度放牧处理短花针茅各年龄阶段频度与不放牧基本一致,重度放牧处理龄级Ⅲ的频度和比例分别下降了0.79,0.73;2)短花针茅种群龄级Ⅰ与龄级Ⅱ的短花针茅频度和比例较高,龄级Ⅲ相对较低,属于比较稳定的种群;Godron指数显示短花针茅年龄结构的稳定性重度放牧>适度放牧>不放牧;3)放牧调控下,叶高、叶长、叶干重、叶直立度、叶长宽比为年龄型敏感性状,自然叶宽、完全叶宽、叶卷曲度、叶干物质含量为年龄型保守性状;4)相关分析认为自然叶宽和叶干物质含量与各年龄型敏感性状基本呈协同变化;叶卷曲度与叶干重负相关(P<0.05),与叶直立度呈正相关(龄级Ⅲ、龄级Ⅰ)。研究认为,短花针茅种群在亚稳定下,通过控制种群年龄及叶性状,来完成其生活史对放牧调控的适应。 相似文献
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呼伦贝尔割草地由于在利用时间和空间上比较固定,连年打草导致割草地严重退化。为保护呼伦贝尔割草地和促进草地生态恢复,采用打孔及“3414”土肥配方试验,施用氮、磷和钾肥作为试验处理因素,结合回归拟合及模拟寻优等分析方法,得到如下结论。单因素氮肥在非打孔区域对生物量的影响显著,且存在最佳施肥水平（施肥量为105 kg·hm-2）和理论最高草地生物量（55.66 g·m-2）;双因素中,打孔区域氮、磷和钾两两之间的组合效应均高于非打孔区域,说明打孔与施肥同时进行可改善施肥对草地生物量的影响程度,也说明打孔对草地生物量的提高具有促进作用。天然割草地采用“3414”土肥配方试验需要增加处理重复或者样点重复,以保证数据的集中性反映施肥处理效果。依据氮、磷和钾全信息模拟寻优结果,非打孔区域对应的施肥量分别为246.14 kg·hm-2、246.75 kg·hm-2和8.68 kg·hm-2,此时草地最大地上生物量为62.09 g·m-2;打孔区域的最优处理组合施肥量分别为氮肥231.50 kg·hm-2、磷肥374.50 kg·hm-2和钾肥25.20 kg·hm-2,获得最大草地地上生物量为58.12 g·m-2。 相似文献
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本研究旨在探讨TAFA趋化素样家族成员1（TAFA1）基因多态性与郏县红牛生长的关联性。试验共采集了79头郏县红牛成年母牛的血样并提取基因组DNA,利用直接测序法对TAFA1基因上的错义突变SNP rs137516577进行基因型分型,并与郏县红牛体高、体长、胸围、腰角宽、坐骨端宽、尻长、十字部高、荐高、胸深、胸宽、体重等11个生长和体尺性状进行关联分析。同时根据“Animal Omics Datebase”数据库对TAFA1基因的组织表达情况进行分析。结果发现该SNP与体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重等性状显著相关（P<0.05）,且GC型个体体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重均显著高于GG型（P<0.05）。TAFA1基因在牛大脑组织中表达量最高。结果表明,TAFA1基因上错义突变SNP rs137516577与郏县红牛生长性状相关,可作为郏县红牛生长性状的分子标记。 相似文献
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