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利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索。从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39%,平均每9.26kb含有1个SSR位点。其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59%和45.24%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47%和11.79%。基序长度主要分布于12~20bp,占总数的85.06%。研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能。 相似文献
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为解决水稻害虫体型小且不同类型害虫外观差异小、同类型害虫不同生长过程中外观差异大导致水稻害虫难以识别的问题,将卷积块注意力和特征金字塔模块引入图像识别网络YOLOv7。以湖北省鄂州市水稻种植基地为样本采集点,构建一个具有挑战性的大规模水稻虫害数据集;根据样本分布特点进行数据增强,引入随机噪声、Mixup、Cutout等数据增强方法,使深度学习模型从更深的维度学习害虫判别力视觉特征;将MobileNetv3作为主干网络,对YOLOv7网络进行改进,并构建基于特征金字塔的多尺度神经网络模型,提升小个体害虫的识别精度。试验结果显示,基于改进YOLOv7的水稻虫害检测平均准确率为85.46%,超越YOLOv7、EfficientNet-B0等网络。改进YOLOv7模型大小为20.6 M,检测速度为92.2 帧/s,检测速度是原始YOLOv7算法的5倍以上。结果表明,该方法能用于实现水稻虫害远程实时自动化识别。 相似文献
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机体的生长激素(GH)/类胰岛素样生长因子(IGFs)轴由GH系统和IGFs系统构成,可促进细胞增殖、调节生长发育、调控生理代谢,在机体生长发育调控方面有着重要作用。为明确棘腹蛙GH/IGFs轴的功能结构和进化特征,为棘腹蛙生长发育调控方面的研究提供理论依据,本试验对棘腹蛙GH、类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)和类胰岛素生长因子-Ⅱ(IGF-Ⅱ)进行克隆并对其序列特征进行分析。结果显示:1)与两栖类模式动物的多重序列比对发现,棘腹蛙GH、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ的功能结构域严格保守,具有一定的遗传多态性;IGF-Ⅱ的N端呈简缩进化趋势。2)遗传进化聚类分析发现,棘腹蛙IGFs与两栖动物聚为一支,并与硬骨鱼相对近缘,说明IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ进化地位相对原始;棘腹蛙GH则与蛙类、鱼类等水生动物相对近缘,暗示该基因具有趋同进化趋势。3)为进一步明确上述基因的特异性功能位点,利用Swiss-model server软件解析其蛋白质结构,最终确定IGF-Ⅰ的THR52、LEU53、PHE72、PHE73、SER74为潜在的功能分化位点,IGF-Ⅱ的TYR81、LYS82、LYS83为潜在的功能分化位点,GH的PHE208为潜在的功能分化位点。由此可知,棘腹蛙GH/IGFs轴的主要基因相对保守,但与已知模式物种相比,存在潜在的功能分化位点,可作为后期棘腹蛙GH/IGF轴功能研究和遗传进化特征分析的分子靶标。 相似文献
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WRKY是一类植物特有的转录因子家族,每个成员都含有高度保守的WRKY结构域,广泛参与植物的生长发育、信号传导和逆境胁迫应答等过程。本研究基于生姜转录组数据鉴定了ZoWRKY家族成员。结果显示,在340.2Mb的生姜转录组数据中,共获得78个具有ORF序列的ZoWRKY家族成员,分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ 3个亚族,其中亚族Ⅱ又分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e。逆境响应表达分析显示,分布在Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅲ等的21个ZoWRKY响应土壤湿度,而分布在Ⅰ、Ⅱ-a和Ⅱ-c等的19个ZoWRKY响应青枯菌侵染,推测ZoWRKY在生姜逆境响应中具有重要功能。对后续开展生姜WRKY的研究、促进抗性育种和提高产量具有重要意义。 相似文献