寄生疫霉菌侵染拟南芥相关microRNA靶标调控网络分析          下载免费PDF全文

张伟  徐珂  王秦虎 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2011,39(12):124-128

【目的】分析寄生疫霉菌侵染胁迫下拟南芥表达的microRNA,为探明microRNA对应靶标基因的调控网络及其可能的病理学和生物学功能奠定基础。【方法】以寄生疫霉菌(Phytophthora parasitica)和模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)为材料,鉴定在病菌侵染胁迫下拟南芥表达的microRNA,构建其靶标调控网络,并进行Gene Ontology和蛋白质结构域富集分析。【结果】在寄生疫霉菌侵染拟南芥的Solexa测序文库中鉴定39条拟南芥microRNA,筛选出了5个转录因子相关的调控网络;Gene Ontology富集结果表明,在生物学过程中,转录调控相关的基因显著富集;蛋白质结构域富集结果表明,靶基因中转录因子显著富集。【结论】拟南芥响应寄生疫霉菌microRNA靶标基因的功能主要集中在转录因子的调控功能上。  相似文献   

单细胞RNA测序在畜禽遗传育种中的研究进展     

李钰洁  陈洪波  徐珂  何小丽  乔木  吴俊静  彭先文  梅书棋  徐忠 《畜牧与兽医》2024,(3):124-131

单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是在单细胞水平上实现高通量测序的技术,可以用来研究特定细胞亚群基因表达的异质性,帮助我们识别未知或稀有的细胞类型,并为进一步的研究奠定基础。scRNA-seq技术的进步使其在肿瘤、临床医学和发育生物学等领域得到了广泛应用,但在畜禽育种中的研究还较少。本文介绍了scRNA-seq一般流程,着重阐述了其在畜禽的生殖分化、毛囊发育和肌肉生成等方面的研究现状以及前景,以期为scRNA-seq在畜禽遗传育种中的研究和应用提供理论依据。  相似文献   

植物细胞器内蛋白质量控制相关机理综述     

韩薛婧娉  胡盈盈  余颖  王炫婷  徐珂  祝妍瑾 《山西农业科学》2018,(10)

植物体生长发育过程中,极易受到外界环境的非生物胁迫,当植株处于不利环境时,线粒体、叶绿体、过氧化物酶体等细胞器内由于代谢失衡将积累活性氧(reactive oxygen species,ROS),导致蛋白质等生物大分子的结构被氧化破坏,影响正常生命活动。对于农作物而言,ROS积累将直接影响其果实的产量和质量。细胞器内受氧化损伤的蛋白质可通过谷氧还蛋白系统和硫氧还蛋白系统进行修复,无法修复的蛋白质则被相关蛋白酶清除,从而维持细胞器蛋白水平的平衡。主要介绍了植物细胞器内蛋白氧化损伤的方式和检测指标,并对蛋白质量控制的相关机理进行整理归纳。  相似文献   

基于Pro/E的农耕机优化设计     

徐珂  叶娟  朱绘丽  杨捷 《农机化研究》2021,(4):225-229

为了提高农耕机零部件的设计效率,实现农机的数字化设计,将Pro/E软件引入到农机设计过程中,通过零部件的有限元分析,实现了零部件的优化设计。以耕种播种一体机的播种装置设计为例,建立了装置的三维模型,并利用有限元分析模块对装置进行了仿真分析,得到了装置的应力分布情况。在进行农耕机零部件机械设计和优化时,可以参考得到的最大应力分布数据对装置的结构进一步优化,从而设计出性能更好的农机产品。  相似文献   

基于转录组测序探究地塞米松在前体脂肪细胞成脂分化过程中的作用机制     

杨涛  周佳伟  张宇  徐忠  吴俊静  乔木  冯越  李梓芃  彭先文  周焕焕  陈洪波  徐珂  梅书棋 《中国畜牧杂志》2023,(8):88-94

试验旨在研究地塞米松（DEX）在前体脂肪细胞成脂分化过程中的作用机制,为后续体外研究猪肌内脂肪（IMF）沉积的调控机制奠定前期基础。试验分别使用DEX及常用成脂诱导剂MDI(3-异丁基-1-甲基黄嘌呤0.5 mmol/L、地塞米松1μmol/L、胰岛素10μg/mL)处理3T3-L1细胞,利用GO Term和KEGG PATHWAY对差异基因进行功能及信号通路分析。结果发现：相比阴性对照组,MDI组和DEX组分别筛选到2280个、1188个差异表达基因,差异基因富集到血管相关平滑肌收缩、脂质生物合成、脂肪细胞分化等生物学过程;对2处理组间的差异基因集进行Venn分析,获得779个共有差异表达基因,其中上下调模式一致的差异表达基因751个,且显著富集到脂肪细胞分化、脂肪酸代谢过程和PPAR信号通路等。本研究鉴定出通过DEX诱导前体脂肪细胞成脂分化过程的关键基因Selenbp1、Arid5b、Rgs2、Metrnl、Acsl6、Hmgcs1等。  相似文献   

复合菌剂对兔粪堆肥碳氮转化与损失的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

张国言  董元杰  孙桂阳  于滨  徐珂 《中国农业大学学报》2022,27(11):153-165

为开发促腐和保氮功能兼具的发酵菌剂,探究不同配比菌剂对兔粪和香油渣堆肥碳氮转化与损失的影响及其机理。本试验以纤维素降解复合菌剂和功能菌剂两类自制菌剂为研究对象,采用封闭式好氧堆肥试验,共设置6个处理:不添加菌剂(CK)、EM商品菌剂(EM)、自制纤维素降解复合菌剂(CR)、V(功能菌剂)∶V(自制复合菌剂)=1∶1(CAR1)、V(功能菌剂)∶V(自制复合菌剂)=1∶2(CAR2)、V(功能菌剂)∶V(自制复合菌剂)=1∶3(CAR3)。研究各处理对堆体腐熟过程中发酵参数、碳氮损失、养分含量和腐熟度等相关指标的影响。结果表明:堆肥启动过程中,CAR3堆体升温迅速,酸碱度适宜,利于堆体好氧发酵;堆肥结束时,CAR3有机质降解率高达34.17%,CO₂排放量较排放量最高的CR低13.43%,总腐殖酸生成量达15.52%,较CR显著提升11.92%;堆体全氮含量显著提高,氨挥发量较CK降低10.28%;有机氮含量较CK显著提升19.74%,有利于氮素的固持。因此,V(功能菌剂)∶V(自制复合菌剂)=1∶3时(CAR3),可显著提高堆肥腐熟程度,促进碳转化,减少氮损失。本研究可为兔粪堆肥高效促腐和养分减损发酵菌剂的研发提供依据。  相似文献   

CRISPR/Cas9编辑芥菜型多心皮油菜BjROP10基因的研究     

徐珂  李爽  赵歌  孙振宇  李海源  李珂欣  王效华  徐平  沈金雄 《中国油料作物学报》2022,44(4):770

油菜多心皮性状可显著增加油菜的每角果粒数，在油菜高产育种中有潜在的应用价值。前期研究发现，芥菜型多心皮油菜J163-4可形成稳定的四心皮性状，且小G蛋白基因BjROP10可能参与调控其多心皮的形成，但其分子机制尚不明确。本研究利用CRISPR/Cas9技术，构建了BjROP10的双靶点载体，并遗传转化芥菜型多心皮油菜J163-4。在T₀代，通过筛选鉴定获得了20株阳性苗，其中13株心皮数目发生改变。通过测序分析了7株心皮数发生变化的转基因阳性植株的BjROP10序列突变情况，结果显示其目标基因序列发生变异，导致无法编码形成正常的BjROP10蛋白。本研究对进一步解析BjROP10基因响应CLV信号调控油菜心皮数发育的功能提供了材料基础，也为研究油菜多心皮性状发育的分子机制奠定理论基础。  相似文献   

利用CRISPR/Cas9技术编辑甘蓝型油菜富甘氨酸蛋白基因BnGRP1的初步研究     

李爽  徐珂  李海源  王召鑫  王晨光  徐平  王效华 《中国油料作物学报》2023,45(1):38-45

富甘氨酸蛋白(glycine rich proteins,GRPs)在植物逆境响应中发挥重要作用。前期通过全基因组关联分析获得油菜响应低磷胁迫的候选基因BnGRP1，但是其响应低磷胁迫的分子机制尚不明确。序列分析发现，BnGRP1的CDS全长为399 bp，编码132个氨基酸，其中62个为甘氨酸，占该蛋白氨基酸总量的47.0%。为进一步研究BnGRP1的生物学功能，本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了目标基因的双靶点载体G2-TD1TD2，并遗传转化甘蓝型油菜，通过筛选鉴定获得了13株T₀代转基因阳性植株。通过TA克隆和测序技术分析了5株转基因植株中Bngrp1的突变位点，其中3株的目标基因序列发生突变，导致无法编码形成正常的富甘氨酸蛋白。本研究为研究BnGRP1的生物学功能提供了实验材料，也为进一步研究BnGRP1响应低磷胁迫的分子机制提供理论和实验基础。  相似文献