中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel     

吴允  毕榆林  张扬  郭晓敏  李志腾  万方  朱鹏飞  徐璐  常国斌  徐琪 《浙江农业学报》2016,28(8):1338

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。  相似文献   

鸡生殖干细胞中Piwi基因的干涉效率     

李志腾  常国斌  徐璐  马腾  陈静  陈蓉  王洪志  刘璐  徐琪  陈国宏 《中国农业科学》2016,49(3):563-472

【目的】针对禽类干细胞研究中,存在转染效率与干涉效率低下的问题,通过比较不同干涉方式对鸡原始生殖细胞（primordial germ cells, PGCs）中Piwi基因的干涉效果,探讨提高禽类生殖干细胞干涉效率的有效方法。为进一步研究Piwi基因参与干细胞自我更新、RNA沉默以及转录后调控过程等生物学功能研究奠定基础。【方法】根据已建立的原代细胞分离技术,分别从健康鸡群的10日龄和4日龄鸡胚中分离成纤维细胞（chicken embryo fibroblast, CEF）与生殖脊,其中CEF作为PGCs细胞的饲养层,生殖脊经Trypsin-EDTA室温下消化获得PGCs细胞,并通过形态学、化学方法（PAS糖原染色、AKP 活性检测）和免疫学方法（TERT抗体、SSEA-1抗体）对其进行鉴定。根据Genbank公布的鸡Piwi基因的mRNA序列（NM_001098852）,利用在线软件分别靶向不同位点设计合成得到3个小片段的stealth siRNAs,并将通用无义序列BLOCK-iT^TM Alexa Fluor® Red Fluorescent Oligo作为荧光素标记的阴性对照siRNA。同时,在线设计三条干扰序列和一条非特异性阴性对照序列,将其插入线性化空载体 pRNA-U6.1,构建不同的shRNA干涉载体。分别采用不同类型的转染试剂将构建好的siRNA和shRNA转染PGCs细胞。首先利用通用无义siRNA以及仅带有GFP荧光标记基因的shRNA载体作为阴性对照,检测siRNA和shRNA转染效率,确定最佳转染条件。其次,将试验组siRNA和shRNA在优化条件下转染PGCs细胞,分别收集转染了24、48、72和144 h这4个时间点的细胞,提取各个时间段的总RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测Piwi基因mRNA表达水平,并用SPSS软件分析不同处理组的差异。【结果】在对原代分离的PGCs细胞进行了形态学、化学以及免疫学方法鉴定后,确认其所获得的细胞为PGCs细胞且状态良好。根据不同的转染试剂量与siRNA或shRNA载体量的配比,得出siRNA转染最优条件为siRNA﹕LipofectamineTM 2000=50 pmol﹕2 μL; shRNA转染最优条件为shRNA﹕X-Treme GENE HP DNA Transfection Reagent=500 ng﹕1.5 μL。在以上最优转染条件下,将试验组siRNA和shRNA分别转染第二代PGCs细胞。发现在siRNA干涉组中,阴性siRNA组和空白组相比,Piwi基因表达量在24、48、72和144 h差异均不显著（P＞0.05）;而3个试验组siRNA与阴性对照组相比,在24、48和72 h的Piwi基因表达量均呈现显著下降（P＜0.05）,但在144 h时表达差异不显著（P＞0.05）。在shRNA干涉组中,空白组和阴性对照组相比,Piwi基因表达量在4个时间点上差异均不显著（P＞0.05）;而3个试验组与阴性对照组相比,Piwi基因表达量在4个时间点上均显著下降（P＜0.05）。与siRNA干涉试验组相比,shRNA 载体表现出更强及更长时间的稳定抑制Piwi基因的效果。【结论】siRNA与shRNA均能较好抑制目的基因的mRNA表达,不同干涉效果表明采用shRNA 载体具有更好及更长时间的抑制作用,这为RNAi技术在家禽生殖干细胞中的应用研究提供基础资料。  相似文献   

循环农业与中国农业的可持续发展   总被引：10，自引：2，他引：8  

徐琪 《现代农业科技》2008,(20)

循环农业是一种新型农业模式,是现代常规农业的升级和升华。由于农业可持续发展面临人均资源不足、资源质量下降、农村生态破坏、环境污染日益严重等压力,发展循环农业成为实现循环农业可持续发展的必然途径。中国发展循环农业的历史较短,必须通过构建以生态农业建设为基础的农业循环经济体系,在技术、资金、制度等方面给予保障,才能确保循环农业的顺利发展。  相似文献   

猪的抗病性及抗病育种     

孙寿永  徐琪 《猪业科学》2005,22(12):60-61

抗病育种是从遗传本质上提高畜禽对病原的抗性,增强畜禽的结实性。本文主要介绍了猪抗病性的遗传基础及制约抗病育种的因素,重点论述了抗病育种的几种途径,并对猪抗病育种的前景进行了展望。  相似文献   

豁眼鹅、皖西白鹅和浙东白鹅肌纤维特性的比较     

左晓昕  吴宁昭  朱振  徐琪  陈国宏 《中国畜牧兽医》2015,42(1):86-90

研究旨在通过测定豁眼鹅、皖西白鹅、浙东白鹅肌肉纤维直径、横切面积和肌纤维的密度,探讨不同鹅品种的肌纤维特性差异.结果表明,豁眼鹅胸肌肌纤维直径、横切面积显著大于浙东白鹅、皖西白鹅(P< 0.05),而肌纤维密度表现为相反的趋势.豁眼鹅的腿肌肌纤维直径和横切面积显著大于皖西白鹅(P< 0.05),而豁眼鹅的腿肌肌纤维密度显著小于皖西白鹅(P< 0.05).品种内不同性别之间部分指标也存在显著差异,主要表现在皖西白鹅和浙东白鹅的肌纤维横切面积和直径上.相关性分析表明,肌纤维的直径与肌纤维横切面积呈极显著正相关(P< 0.01),肌纤维直径和横切面积与肌纤维密度呈极显著负相关(P< 0.01).由此可知,不同品种间肌纤维特性存在差异,同品种间不同性别间的肌纤维特性也存在差异.  相似文献   

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析     

张依裕  徐琪  段修军  张海波  赵文明  孙国波  陈国宏 《河南农业科学》2010,(7)

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。  相似文献   

鹅甲状腺素应答蛋白α基因外显子2的多态性研究     

乔娜  赵荣雪  徐琪  程金花  赵文明  陈国宏 《中国畜牧兽医》2010,37(5):112-114

为了解鹅THRSPα基因多态性,根据鸭THRSPα基因序列,设计引物扩增籽鹅、皖西白鹅、浙东白鹅和狮头鹅THRSPα基因外显子2,运用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性分析。结果共检测到3个等位基因,6种基因型。测序结果表明,鹅THRSPα基因外显子2存在6个SNP位点。各品种中等位基因A占绝对优势。卡方检验结果表明,4个鹅群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）。试验结果证实,鹅THRSPα基因第2外显子存在序列多态性。  相似文献   

鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠宰性能相关分析     

陈清  赵文明  程金花  乔娜  王学斌  徐琪  陈国宏 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2008,29(1):41-44

根据鸭GH基因序列设计引物扩增籽鹅、皖西白鹅和狮头鹅3个地方鹅品种GH基因内含子3片段,并运用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性分析.结果表明: 鹅GH基因内含子3存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型.3个品种中等位基因B占绝对优势,且主要以BB型存在.品种内基因型分布差异不显著,3个品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);而品种间,籽鹅与皖西白鹅基因型分布差异显著.基因型与4～10周龄体重、屠体重、半净膛重等19个性状呈显著相关.这19个性状的BB型个体均显著或极显著高于AA型个体,除胸肌率外,BB型个体各性状均值最高,AB型次之,AA型最小.故初步推断BB基因型可作为地方鹅品种高生产性能的分子标记.  相似文献   

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析     

孟春玲  徐琪  王克华  包文斌  陈国宏 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2008,29(2)

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.  相似文献   

三峡库区秭归县农业生态系统退化综合评价   总被引：4，自引：0，他引：4  

章家恩  徐琪 《华南农业大学学报》1999,20(1):86-91

建立了农业生态系统退化评价指标体系,包括单调性指数,非均衡指数,系统非稳定指数,非持续性指数,生产力阻滞指数,系统封闭性系数,土壤养分退化指数、系统钝化指数等８个指标,运用这些指标对三峡库区秭归县１６个乡镇农业生态系统进行了评价。  相似文献