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为研究全州禾花鲤(Cyprinus carpio var. Quanzhounensis)皮肤组织结构和转录组差异、丰富鲤鱼皮肤转录组信息,选用建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)和全州禾花鲤鳞片下层组织,利用透射电镜观察结构差异,发现禾花鲤与建鲤相比组织缺乏层叠排列的鸟嘌呤结晶且黑色素颗粒增多;利用牛津纳米孔(ONT)测序技术分析了转录组特征,获得高质量数据18.49 Gb,识别为全长序列17 182 183条,检测出可变剪接(AS)事件3 075个、可变多聚腺苷酸化(APA) 57 624个,预测新基因编码区序列15 615个、长链非编码RNA (lncRNA) 771个。其中,可变剪接事件中外显子跳跃、内含子保留数量在种间差异极显著(P<0.01),具有5个多聚腺苷酸化位点的转录本数量在种间差异极显著(P<0.01),表明可变剪接和多聚腺苷酸化参与性状形成相关的调控过程;共筛选出差异表达转录本841个,KEGG通路分析表明其在细胞外基质–受体相互作用、粘着斑等通路富集,GO分析发现其在细胞外隙、转录因子复合体、整合素复合物等词条显著富集,且最显著富集的KEGG通路和GO词条均与细胞外基质紧密关联,推测这些转录调控的变化可能导致皮肤细胞外基质的组成、密度和构象变化。后续研究应更多关注鸟嘌呤结晶缺失造成的皮肤性状变化,有助于全州禾花鲤种质资源开发与利用。 相似文献
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广西禾花鲤形态性状与体质量的关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探索广西禾花鲤(Rice flower carp)形态形状与体质量的关系,随机选择全州禾花鲤(QZ)和融水金边禾花鲤(RS)各133尾,分别测定体质量、体长、全长、体宽、体高、头长、吻长、眼间距、尾柄高、尾柄长共10个性状,采用相关分析、通径分析和多元回归分析方法,计算以体质量为依变量,以形态性状为自变量的通径系数、相关系数、相关指数和决定系数。结果表明,全州禾花鲤的全长、体宽和体高3个形态性状和融水金边禾花鲤4个形态性状(体长、全长、体高和头长)与体质量的通径系数、相关系数均达到极显著水平(P0.01);并且2个群体所选形态性状与体质量的复相关系数R均大于0.85,说明所选形态性状是影响体质量主要性状。以体质量为依变量(Y),以全长(X_1)、体长(X_2)、体高(X_3)、体宽(X_4)和头长(X_6)为自变量,采用逐步多元回归分析分别建立QZ与RS的回归方程:lgY=-0.990+1.735lgX_1+0.432lgX_4+0.790lgX_3和lgY=-0.774+1.022lgX_1+0.438lgX_3+0.574lgX_2+0.689lgX_6。综上,在全州禾花鲤的选育过程中,全长、体高、体宽可作为重要的测量指标,而在融水金边禾花鲤的选育过程中,则以全长、体长、体高和头长为重要的测量指标。 相似文献
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利用12个微卫星标记分析14个尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus家系的遗传多样性,以P_0代为对照,研究P_4、P_5代家系的遗传多态性,指导尼罗罗非鱼的选育。研究结果表明:14个罗非鱼家系的平均有效等位基因数、平均杂合度、平均多态信息含量分别为3.1819、0.6276、0.5753,其遗传多样性丰富;家系N312与N314遗传距离最小(0.1214),而家系N304与N306遗传距离最大(0.3137),14个家系间的平均遗传距离为0.1973;UP_GMA进化树分析结果表明,14个尼罗罗非鱼家系聚为4个分支,第一分支为家系N303,第二分支由N301、N306和N311组成,第三分支由N302、N308和N310组成,其余家系组成第四分支;P_4代尼罗罗非鱼群体遗传多态性比P_0代小幅降低,而构建P_5代家系时参考了微卫星标记的分析结果,其遗传多态性明显高于P_0和P_4代。结果表明:参考微卫星标记计算的家系间的亲缘关系,人为控制选配提高后代稀有等位基因的频率和杂合子的比例,可以有效防止近交衰退,维持较高的种群遗传多样性和选择潜力。 相似文献
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为探究全州禾花鲤乌褐色、半透明的经济体色性状，发掘全州禾花鲤的皮肤基因信息，以全州禾花鲤的皮肤组织为研究对象，利用高通量测序技术进行转录组比较分析。结果显示，全州禾花鲤和建鲤（对照）的皮肤组织转录组测序获得37 066 778～58 708 166条clean reads,Q30在94.96%以上，GC碱基比例在51.00%左右；发现新基因10 537个，检测出单核苷酸多态性（SNP）位点1 278 906个、插入缺失（InDel）位点80 238个。筛选显著差异基因11 717个，其中上调基因5 133个，下调基因6 584个。GO注释到56个二级分类，显著富集的GO条目127个，主要集中在生物学过程和细胞组分；KEGG分析获得显著富集通路60个；网络分析结果显示，以代谢途径（Metabolic pathways）、p53信号通路（p53 signaling pathway）和细胞周期（Cell cycle）通路作为网络核心，与众多KEGG通路关联且相对独立。 相似文献