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旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证测序数据的可靠性。结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个。其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路(P<0.05),主要涉及MAPK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程。靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNAs。其中,miRNA靶点数最多的是novel_circ_017825和novel_circ_046762,说明这两个circRNAs可能在西藏牛脑功能调控方面发挥重要作用。circRNA-bta-miR-2284z-mRNA调控网络展示了bta-miR-2284z与circRNA、mRNA间的靶向关系,推测上述circRNAs可能通过充当bta-miR-2284z海绵的方式,间接影响西藏牛脑组织中相关靶向mRNA的表达水平。随机挑选6个circRNA进行RNaseR酶抗性试验和qRT-PCR验证,表达趋势与测序结果一致,说明所获得的circRNA为环状转录本。本研究利用高通量测序技术获得了西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA的表达谱及信号通路,并初步构建了circRNA-miRNA-mRNA网络互作模型,为后续进一步探索circRNA参与西藏牛低氧适应性的生物学过程和分子功能,研究circRNA在大型哺乳动物低氧适应性方面的调控机制提供了可靠的数据支持。 相似文献
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为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组织表达产物进行扫描,利用SPRINT和JACUSA筛选差异的RNA编辑位点,分析RNA编辑位点的分类、注释以及变异风险评估等。结果发现了总计24 784个RNA编辑位点,其中在4个组织中均发现存在编辑事件的有4 015个位点;4个组织中的RNA编辑位点主要以A-G和T-C编辑类型为主;发现其中一个高风险编辑位点位于SON基因中,使该基因的翻译提前终止,这将导致该组织一些特定位点的RNA与DNA结合出现问题。本研究预测并分析了类乌齐牦牛大、小脑和臀部肌肉、脂肪组织中RNA编辑差异位点的类型和分布,为进一步研究牦牛组织分化和生长发育中重要的调控基因提供了新的参考。 相似文献
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【目的】探讨心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)、激素敏感脂肪酶(hormone-sensitive lipase,HSL)基因在牦牛中的遗传多态性,进一步揭示牦牛各品系间的遗传分化以及候选基因与牦牛生长性状间的关联性,同时为2个候选基因在牦牛中的表达调控等研究提供理论依据,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对共100头麦洼牦牛个体的H-FABP、HSL基因的外显子部分进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围、管围等生长性状的关联性。【结果】①麦洼牦牛H-FABP、HSL基因外显子部分均存在多态性,多态性检验均存在3种基因型;②适合性检验表明仅HSL基因外显子8上多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余多态位点均偏离;③测序分析表明,H-FABP基因外显子4第7 339位(与原序列相比)发生单碱基突变(T→C),该突变属同义突变;HSL基因外显子7第6 883位发生G→C转换,以及第6816处发生碱基A→G突变,并导致编码氨基酸由天冬氨酸(D)转变为甘氨酸(G);外显子8第10 183 bp处发生A→G碱基突变,编码氨基酸由半胱氨酸(C)变为甘氨酸(G);④对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围、体重)进行差异显著性检验,仅HSL基因外显子7上A6816G基因座差异极显著(P﹤0.01)。【结论】麦洼牦牛H-FABP、HSL基因存在遗传多态性,且HSL基因外显子7上A6816G基因座表现的多态有可能作为一种遗传标记。 相似文献
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为探究黑皮质素4受体基因(MC4R)在麦洼牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联分析,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对100头麦洼牦牛MC4R基因外显子区域进行多态性分析,并运用最小二乘方差分析法,对各基因型间体高、体质量、体斜长、胸围、管围等生长性状指标进行差异显著性检验。结果表明:MC4R基因引物P6上存在EE和EF 2种基因型,其中,粉嘴群只有EF基因型,存在严重偏态,EF型在2个群体中占绝对优势,E等位基因为优势基因;2个群体均处于中度多态(0.25相似文献
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本研究旨在探讨G蛋白偶联受体41(GPR41)基因在牦牛中的遗传多态性,对麦洼牦牛(50头)、申扎牦牛(47头)和类乌齐牦牛(28头)GPR41基因外显子区域片段进行扩增,筛查SNPs位点,利用RFLP分子标记技术鉴定其基因型,开展其与生长性状间的关联分析,为牦牛品种改良和选育提供遗传学依据。结果表明:在麦洼牦牛中未发现突变位点,申扎和类乌齐牦牛在外显子2区域发现1个突变位点,第4570位碱基发生G→A突变,属同义突变;经RFLP鉴定出3种基因型,命名为AA、AG和GG;χ~2适应性检验显示,申扎牦牛基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),类乌齐牦牛处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);申扎牦牛和类乌齐牦牛均表现为中度多态;GPR41基因不同基因型与申扎牦牛体重和体高显著相关,且GG型显著高于AA型(P<0.05),而GPR41基因不同基因型对类乌齐牦牛各体尺性状无显著性影响(P>0.05)。综上,申扎牦牛GPR41基因G4570A基因座可为牦牛选育过程中分子标记选择提供参考。 相似文献
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类乌齐牦牛SIRT3基因克隆与生物信息学及差异表达分析 总被引:1,自引:0,他引:1
本实验旨在丰富牦牛 SIRT3基因的基础研究,通过对西藏类乌齐牦牛 SIRT3基因克隆、生物信息学分析及差异表达分析,进一步探讨 SIRT3基因的生理功能及分子机制。结果表明:类乌齐牦牛 SIRT3基因CDS区长 1 002 bp,编码 333个氨基酸,与普通牛 SIRT3基因 CDS区比对存在碱基突变,编码氨基酸发生错义和同义突变,同义突变发生在碱基第 49、279、342、384 位,错义突变发生在碱基第 149 和 620 位,其编码蛋白属亲水性蛋白,有多个跨膜区域和磷酸化位点,无信号肽片段,主要位于线粒体,二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主;SIRT3基因编码蛋白在催化活性、核苷酸结合及辅因子结合等过程发挥主要功能,主要参与生物体代谢过程;类乌齐牦牛 SIRT3基因序列与普通牛一致性较高,亲缘关系最近;QPCR分析显示,SIRT3基因在牦牛肝脏中的表达水平极显著高于其他组织(P<0.01)。 相似文献
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牦牛不同年龄肌肉组织microRNA表达谱及生物信息学分析 总被引:1,自引:1,他引:0
旨在挖掘牦牛不同年龄肌肉组织中miRNA表达谱,分析其生物学特征,以探索其在牦牛肌肉发育过程中的调节模式。本研究构建0.5、2.5、4.5和7.5岁肌肉组织的4个小RNA文库,利用Solexa技术进行测序,用生物信息学方法和RT-qPCR技术对测序结果进行分析和验证。结果,获得各miRNAs分别在4个年龄段肌肉组织中的表达量,在7.5岁肌肉组织中发现58个共同与0.5、2.5、4.5岁差异表达的miRNAs,其中53个miRNAs在7.5岁肌肉组织中显著下调,5个显著上调。运用R语言进行GO富集和KEGG信号通路分析,58个miRNAs可能通过PI3K-Akt、MAPK、Ras和肌动蛋白细胞骨架调节通路(regulation of actin cytoskeleton)参与调节牦牛肌肉细胞的增殖与分化,且PI3K-Akt、MAPK、Ras 3个信号通路共同靶向53个靶基因,说明3个信号通路相互关联。随机选择8个miRNAs进行RT-qPCR验证,结果表明其中7个miRNAs的表达趋势与测序结果一致。结果表明,牦牛肌肉发育可能受到多种miRNA的调控并涉及多个信号通路,有助于构建肌肉组织中miRNA的调控网络,为进一步研究miRNA调控哺乳动物肌肉发育奠定了理论基础。 相似文献
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本研究旨在探讨牦牛细胞质苹果酸脱氢酶(cytoplasmic malate dehydrogenase,MDHⅠ)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为牦牛优良性状选育提供参考依据。选取5个牦牛类群(共178头),采集耳组织样提取DNA并构建DNA池,对MDHⅠ基因所有外显子设计特异性引物进行扩增测序,用Mega 5.2筛查SNPs位点,直接测序法鉴定其基因型,利用PopGene 32进行χ2独立性检测、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因频率(Ne)和多态信息含量(PIC)分析,利用SPSS 24.0分析MDHⅠ基因与牦牛生长性状间的关联性。结果表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均在外显子8区域发现1个突变位点(G23093C),属同义突变,有3种基因型:GC、CC和GG,5个牦牛类群中,GC基因型为优势基因型(类乌齐牦牛中GG为优势基因型),G为优势等位基因(斯布牦牛除外),在斯布牦牛中,G和C基因频率相等。χ2适应性检验表明,申扎牦牛、类乌齐牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。MDHⅠ基因在申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛中属于高度多态(PIC>0.5),在麦洼牦牛和类乌齐牦牛中属于中度多态(0.25 < PIC < 0.5);纯合度最高的是申扎牦牛和类乌齐牦牛。关联性分析结果表明,MDHⅠ基因不同基因型对类乌齐牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛体重有显著性影响(P<0.05);且种间分析发现,MDHⅠ基因不同基因型对牦牛体重有显著性影响(P<0.05),说明该基因可作为人工选育的分子标记。 相似文献
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牦牛和犏牛促卵泡素受体基因5′-侧翼区序列多态性研究 总被引:1,自引:1,他引:0
本研究旨在分析牦牛和犏牛促卵泡素受体(follicle-stimulating hormone receptor,FSHR)基因的多态性,为从遗传角度上解决其繁殖产仔率低的问题提供参考,为筛选繁殖性状分子标记奠定理论基础。研究采用PCRSSCP和直接测序技术,对麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛和犏牛共110头个体的FSHR基因5′-侧翼区进行遗传多态性分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态性指标。结果表明,麦洼牦牛、大通牦牛和九龙牦牛FSHR基因5′-侧翼区核苷酸序列具有多态性,犏牛无多态性;麦洼牦牛存在AA、AB和BB 3种基因型,九龙牦牛和大通牦牛均存在AA、AB 2种基因型,AB基因型在3个牦牛品种中占绝对优势,等位基因A为优势等位基因;麦洼牦牛、九龙牦牛和大通牦牛的多态信息含量分别为0.3693、0.3565、0.3705,均达到了中度多态(0.25PIC0.5),表明各牦牛品种遗传变异较大。 相似文献