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为了解伪狂犬病病毒(PRV)变异株主要免疫原相关基因的序列遗传特征,本研究对PRV FJ-2015株g B、g C和g D基因进行克隆和测序分析。结果显示,FJ-2015株3个主要免疫原基因推导氨基酸序列与2012年以来国内新分离PRV变异株同源性较高,分别为99.7%~100%、99.6%~100%和98.5%~99.8%;而与国外分离株氨基酸同源性较低,分别为96.9%~97.5%、93.1%~93.3%和97.3%~98.8%,其中与疫苗株Bartha-K61同源性最低,为96.9%、93.1%和97.3%;氨基酸比对显示,与经典病毒株相比,该病毒株发生多个位点的一致性替换、插入或缺失,并处于重要的抗原表位区;遗传进化关系表明,该病毒株g B基因遗传演化与分离时间和分离国家相关,g C基因显示遗传多样性,而g D基因具有一定的福建区域性遗传演化关系。以上结果表明,PRV FJ-2015属于PRV变异株,与其它分离株存在一定的遗传差异。本研究丰富了猪PRV流行的分子特征。 相似文献
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本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098 bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489 ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。 相似文献
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[目的]白芷（Angelica dahurica）是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22 158 005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物（CMV-SD-YT和CMV-SXCH）和（CMV-SD-QD）的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CM... 相似文献
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紫花苜蓿是一种重要的牧草，然而紫花苜蓿病毒病的侵染严重影响其品质。本研究通过小RNA深度测序技术和RT-PCR/PCR的方法对采自山西农业大学植物园中表现花叶、皱缩、卷曲的紫花苜蓿样品进行病毒病原的鉴定，结果表明病样被苜蓿花叶病毒（AMV）、豌豆线条病毒（PeSV）、苜蓿矮化病毒（ADV）和苜蓿卷叶病毒（ALCV）4种病毒复合侵染。PCR扩增获得了ALCV山西太谷紫花苜蓿分离物SXTG(OP748371)的全基因组序列，分析表明该分离物与ALCV阿根廷紫花苜蓿分离物Colonia Dora(MG792026)的序列相似性最高，达到97.34%。对扩增获得的AMV CP基因（OP748369）核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行序列比对分析显示，AMV山西太谷紫花苜蓿分离物SX与阿根廷紫花苜蓿AMV分离物ACat(MW835977)相似性最高，核苷酸和氨基酸相似性分别为99.24%和99.54%。同样将扩增获得的ADVCP基因序列上传至GenBank获得登录号OP957285，命名为ADV山西太谷紫花苜蓿分离物（SXJZ），通过序列分析表明该分离物与ADV分离物N1(MZ221810)亲缘... 相似文献
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为建立高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)蛋白质组双向电泳方法,本研究通过对HP-PRRSV蛋白样品提取、裂解、一向等电聚程序、上样量、染色试剂、显色时间等条件优化,建立了有效的HP-PRRSV蛋白质组学双向电泳方法。优化结果表明采用冻融-超声-裂解提取样品,结合2-D clean-up试剂盒纯化蛋白,按上样量为200μg,采用硝酸银染色,显色6 min,选择适宜的一向等电聚焦参数,能获得分辨率高、重复性好的双向电泳图谱。HP-PRRSV蛋白质组双向电泳方法的建立,为开展该病毒蛋白质组和免疫蛋白质组研究奠定了基础。 相似文献
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为了了解和掌握鸡毒支原体（Mycoplasma galliscepticum,MG）在福建省近年的感染情况,本研究采用商品化ELISA抗体检测试剂盒对2018-2019年福建地区的21个鸡群、916份非免疫鸡群血清样品进行MG抗体检测,并统计分析MG在福建省感染流行情况。调查结果发现,2018-2019年福建地区非免疫鸡群的MG抗体总阳性率为69.43%(636/916),而检测的21个鸡群中,群体MG抗体阳性率为90.48%,其中阳性率0%～20%的有4个,21%～50%的有4个,51%～100%的有13个。育雏阶段（1～42日龄）鸡群MG抗体阳性率就高达37.10%,并且发现产蛋开始至淘汰阶段MG抗体阳性率为77.61%,MG抗体阳性率是育雏阶段的2倍以上。福建省蛋鸡和种鸡群MG感染率分别为79.22%和75.22%,并无显著差异。通过福建地区未免疫鸡群的MG抗体调查,发现MG在福建省内感染普遍,表明病原在鸡群中存在水平传播,同时种鸡群也存在着严重的MG感染,这为垂直传播提供可能。本研究通过调查福建省内MG在鸡群中的感染情况,为掌握MG在鸡群中的感染情况并采取防控措施降低鸡群MG感... 相似文献
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为预测毒素蛋白HipA的二级结构和B细胞抗原表位,首先从GenBank中查找副猪嗜血杆菌毒素蛋白基因hipA的序列,应用生物信息学方法,对副猪嗜血杆菌毒素蛋白HipA的理化性质、二级结构和B细胞抗原表位进行预测。结果显示,HipA蛋白的理论等电点为7.23,前50个氨基酸为信号肽,二级结构的预测结果显示该酶主要以α螺旋、无规则卷曲和延伸链为主,只有少数的β转角;推测该蛋白有17个B细胞优势抗原表位区域。该研究为进一步研究分析副猪嗜血杆菌毒素蛋白HipA的功能奠定理论基础。 相似文献
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旨在研究猪繁殖与呼吸综合征病毒福建04A(PRRSV-FJ04A)株感染仔猪后的组织病理变化和病毒在仔猪体内各器官的分布情况。采用PRRSV-FJ04A株人工接种30日龄PRRSV抗体阴性仔猪,通过组织学观察与荧光定量RT-PCR技术,对呼吸道、消化道、泌尿道主要器官及免疫器官等组织进行了病理和病毒抗原定量分析。结果表明,PRRSV-FJ04A毒株接种猪群10天,肺脏中有大量肺泡细胞变性、坏死,巨噬细胞增生;淋巴结淋巴细胞坏死;脑神经元变性、坏死,脾小体有大量细胞碎片,肝脏有颗粒变性,扁桃体隐窝上皮脱落等;PRRS病毒在猪群体内各器官含量分布含量以最高为肺脏,其次为淋巴结、脑、扁桃体、血液等,而在肾脏中病毒含量最低。 相似文献