牦牛SCD基因的克隆和生物信息学分析     

付东海  吴晓云  王宏博  褚敏  郭宪  裴杰  包鹏甲  丁学智  阎萍  梁春年 《中国草食动物科学》2018,(3)

为研究牦牛硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)基因的生物学功能,以正在培育的无角牦牛新品种为研究材料,设计引物对其SCD基因的CDS区进行基因克隆,并利用EMBOSS等程序进行生物信息学分析。结果表明:无角牦牛SCD基因CDS区长度为1 080 bp,蛋白编码359个氨基酸残基;相比普通牛,无角牦牛新品种SCD基因的扩增片段共检测出7个碱基差异,分别为1次A颠换为C、2次C颠换为A、1次A转换G、2次C转换T、1次T颠换为A;对氨基酸序列比对发现,仅第1、第6、第7处的差异使得对应的氨基酸发生变化;牦牛SCD基因编码蛋白的分子式为C1922H2912N506O514S11,分子量约41.7 k D,理论等电点(p I)为9.23,消光系数83 895,不稳定系数44.41,疏水指数86.96,平均亲水性-0.235,属不稳定可溶性碱性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期30 h;牦牛SCD基因编码蛋白的二级结构由α螺旋、β折叠、延伸链以及随机卷曲结构构成;该蛋白也具有低复杂结构以及跨膜结构。  相似文献   

转基因在动物生产中的应用   总被引：3，自引：1，他引：2  

裴杰  阎萍  冯瑞林  梁春年  郭宪  曾玉峰  包鹏甲 《中国畜牧兽医》2008,35(7):28-31

人们一直期望畜产品和人类健康产品能快速得到提高,DNA重组技术和转基因的出现使得在不同物种间,甚至不同系统发育领域间的这一提高在很大范围内变为可能。如今,我们能在细菌中生产人类胰岛素,在牛奶中获得人类凝结因子。转基因、动物克隆和动物多产技术的进步在一定程度上已经实现了在动物转基因领域的期望。作者回顾了当前动物转基因乳、肉和转基因抗病动物的研究近况,并讨论了一些由转基因技术应用而引发的生物伦理学和商业性问题。  相似文献   

结合GWRFR和作物物候信息的玉米产量早期预测     

裴杰  谭绍锋  郭韩  刘一博  方华军 《农业工程学报》2024,40(1):161-169

及时并准确地估计作物产量，对保障粮食安全、维护世界粮食供应稳定具有重要意义。此前，已有许多研究者使用机器学习方法对作物产量预估进行研究。然而，结合作物的空间分布、使用局部模型进行分析的研究较少；且诸多研究均以年份为时间尺度进行建模，未能精细到作物生长的各个阶段，无法实现作物产量的早期预测。针对以上问题，该研究结合多源遥感数据，利用随机森林（random forest，RF）以及地理加权随机森林（geographically weighted random forest regression，GWRFR）模型对美国县级玉米产量进行建模，探讨全局与局部模型在玉米产量预测方面的性能；并通过将GWRFR模型应用于玉米的各个物候期，获取了玉米产量的最佳提前预测时间。结果表明，GWRFR局部模型的精度（R²=0.87，RMSE=864.21 kg/hm²）高于传统的RF全局模型（R²=0.83，RMSE=994.75 kg/hm²），并且能够较好地克服空间数据的非平稳性，即使在全局模型中加入经纬度作为变量，RF模型的预测效果（R²=0.85，RMSE=890.88 kg/hm²）仍然低于GWRFR模型。对于玉米产量的预测可以提前至收获前2～3个月，即在乳熟期前后就能得到比较准确的预测结果（R²=0.90，RMSE=748.39 kg/hm²）。该研究结果可为大尺度作物产量预估提供一种新的思路，对区域或全球其他作物的产量预测也具有一定的指导意义。  相似文献   

牦牛Ihh基因组织表达分析、SNP检测及其基因型组合与生产性状的关联分析     

李天科  赵娟花  裴杰  梁春年  郭宪  秦文  阎萍 《畜牧兽医学报》2015,(1):50-59

为了研究牦牛Ihh基因多态位点基因型组合与生产性状间的相关性,发现与牦牛生产性状相关的分子标记,同时进一步研究Ihh基因在牦牛和黄牛各个组织的分布和表达,试验采用高分辨率熔解曲线分析技术(High resolution melting curve,HRM)进行基因型分型和统计等位基因频率,同时,运用荧光定量PCR分析Ihh基因在牦牛和黄牛不同器官的表达差异。试验结果表明,Ihh基因在牦牛和黄牛的所有组织中均表达。然后采用SHEsis和PHASE软件对Ihh基因多态位点进行配对连锁不平衡和单倍型分析,采用SPSS17.0进行多态位点单倍型组合与生产性状关联性分析。结果检测到牦牛Ihh基因外显子3的2个多态位点5855(C/T)和6383(G/A)。群体遗传学分析显示,2个多态位点均表现为高度多态(PIC0.25);χ2检验表明,甘南牦牛和大通牦牛群体在两个突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而天祝牦牛在2个突变位点处未达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05);多态位点配对连锁不平衡分析发现,2个突变位点之间存在强连锁平衡,有4种单倍型组合;基因型组合主要发现了3种。关联分析表明,Ihh基因2个突变位点的3种基因型组合对牦牛体斜长、体高、胸围、管围和体重有显著差异(P0.05),具有CTGA基因型组合的牦牛个体在体斜长、体高、胸围、管围和体重方面显著高于CCGG和TTAA型(P0.05)。因此,综上推断Ihh基因基因型组合与牦牛体斜长、体高、胸围、管围和体重存在相关性。  相似文献   

牦牛数量性状基因的研究进展     

包鹏甲  阎萍  梁春年  郭宪  裴杰  褚敏  朱新书 《黑龙江畜牧兽医》2011,(13)

牦牛在青藏高原具有广泛分布,对高寒、高海拔地区有较好的适应性,集肉、乳、毛、皮、役等生产性能于一身,是青藏高原上特有家畜和全能家畜;但是牦牛是比较原始的品种,饲养管理粗放,生产性能没有完全发挥出来。为提高牦牛生产性能已开展了一系列的研究,并取得了一些成果。随着现代生物技术研究的深入,如何从基因角度诠释和高效利用牦牛,已经成为近年牦牛研究的热点,文章仅就牦牛生产性能相关数量性状基因的研究进展作一综述。  相似文献   

天祝白牦牛SRY基因克隆与原核表达     

裴杰  阎萍  厍睿  程胜利  冯瑞林  梁春年  郭宪  曾玉峰  包鹏甲  朱新书 《农业生物技术学报》2009,17(4):609-613

从天祝白牦牛的基因组DNA中扩增了SRY（Sex-determining Region on the Y Chromosome，SRY）基因编码区序列，将其克隆至pGEM-T easy载体并送至生物公司测序，天祝白牦牛SRY基因编码区长687 bp，编码229个氨基酸；对牦牛和奶牛的SRY基因编码区进行序列比对，发现存在2个碱基的变异，造成1个氨基酸的变异；将牦牛SRY基因编码区连接至pET-28a(+)载体，成功构建了表达载体pET-28a/SRY；把表达载体pET-28a/SRY转入大肠杆菌E.coli BL21（DE3）中，在合适的条件下诱导该大肠杆菌，SRY蛋白得到了大量表达；对表达产物进行了Western-blot检测，进一步确定牦牛SRY蛋白得到表达。  相似文献   

2种甾体抗原对甘肃高山细毛羊繁殖率的影响     

冯瑞林  郭健  裴杰  刘建斌  岳耀敬  郭婷婷  牛春娥  孙晓萍  杨博辉 《安徽农业科学》2016,44(14)

[目的]观察2种甾体抗原对甘肃高山细毛羊排卵数的作用。[方法]在甘肃省张掖市肃南县和武威市天祝县,用2种甾体抗原免疫甘肃高山细毛羊,研究2种甾体抗原对甘肃高山细毛羊繁殖率的影响。[结果]肃南县试验点,试验组甘肃高山细毛羊的排卵率为168.00%,对照组排卵率为108.62%,试验组比对照组排卵率提高59.38%,差异极显著(P0.01)。天祝县试验点,试验Ⅰ组排卵率为158.97%,对照组排卵率为103.92%,试验Ⅰ组比对照组排卵率提高55.05%,差异极显著(P0.01)。试验Ⅱ组排卵率为137.92%,试验Ⅱ组比对照组排卵率提高34.00%,差异极显著(P0.01)。[结论]2种甾体抗原均可以提高甘肃高山细毛羊的排卵率。  相似文献   

新疆巴州牦牛Lfcin基因的克隆与分子特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

裴杰  阎萍  冯瑞林  梁春年  郭宪  曾玉峰  包鹏甲  朱新书  褚敏 《华北农学报》2009,24(5)

利用PCR技术首次从新疆巴州牦牛基因组DNA中扩增获得了乳铁蛋白(Lactoferrin,LF)基因exon 2编码区,其中含有乳铁蛋白素(Lactoferricin,Lfcin)基因编码区序列;利用在线生物软件对Lfcin蛋白的结构进行预测.结果表明:克隆获得了含新疆巴州牦牛LF基因exon 2的DNA序列(GenBank:EU547256),共778 bp,其中LF基因exon 2编码区长165 bp,Lfcin基因编码区长75 bp;序列分析显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛该序列存在11个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同,各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性;各物种的Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律;同源建模预测的Lfcin 3D模型显示,Lfcin为一段由α-螺旋和β-折叠组成的"U型"结构.首次从新疆巴州牦牛品种中克隆获得Lfcin基因编码区全长序列并揭示了其分子特征,为牦牛Lfcin蛋白基因工程和蛋白质功能方面的研究奠定了重要基础.  相似文献   

大通牦牛IGF-I基因多态性及其与生长性能相关性的研究     

潘和平  姚玉妮  梁春年  裴杰  曾玉峰  阎萍 《甘肃农业大学学报》2008,43(6)

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-I基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析.结果显示:PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB 3种基因型,A(B)等位基因频率分别为0.902 8(0.097 2);对IGF-I基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失/插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型(P<0.05);18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型(P<0.05),说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型.  相似文献   

不同水平赖氨酸对绵羊胰岛素样生长因子-I基因表达的影响     

程胜利  李建升  冯瑞林  裴杰  岳耀敬  郭宪  刘建斌  杨博辉  郭天芬 《动物营养学报》2010,22(2)

为研究赖氨酸对绵羊生长的影响及其机理,选用1岁左右的绵羊15只,平均分为A、B和C组.3组分别在基础日粮中添加0、4和10g赖氨酸盐酸盐.饲喂28 d后全部屠宰,取肝脏和背最长肌样,提取组织总RNA,反转录后扩增胰岛索样生长因子-I(IGF-I)和GAPDH基因,用荧光定量PCR法分析不同处理肝脏和背最长肌IGF-I基因的表达量.结果表明:C组IGF-I基因的相对表达量极显著高于B组(P<0.01),B组IGF-I基因的相对表达量极显著高于A组(P<0.01),说明添加一定量的赖氨酸呵以调节绵羊组织的生长发育.  相似文献