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lncRNA是新近发现的一种具有重要功能的RNA分子,在各种生理活动中发挥着重要作用。为鉴定猪单核源性巨噬细胞受FSL-1刺激后相关的lncRNA,利用二代测序技术结合生物信息学对lncRNA进行了组装与特征分析。结果显示FSL-1刺激成功地构建了细胞炎症模型,试验组与对照组共鉴定到1 056个lncRNA转录本,其对应于831个基因座,这些lncRNA的平均长度为1 643 bp,平均外显子数为2.4个。相对于对照组,试验组有51个lncRNA上调表达,44个lncRNA下调表达。在上调lncRNA两侧相邻的蛋白质编码基因参与免疫反应、炎症反应、病毒反应等通路,而在下调lncRNA两侧相邻的蛋白质编码基因参与的通路较少,不参与上述通路。定量PCR结果显示挑选的4个lncRNA的差异倍数与RNA-Seq的结果相似,其中上调的lncRNA呈现一定的组织特异表达,而下调的lncRNA呈现多组织表达。这些结果为进一步研究lncRNA在FSL-1介导的炎症反应中的作用奠定了基础。 相似文献
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为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3'UTR(3'–untranslated region)中反向重复PRE1(inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22342个蛋白编码基因的3'UTR序列进行重复序列元件的生物信息学分析。结果表明:猪蛋白编码基因的3'UTR序列中短散在重复序列与简单重复序列在重复序列的类别中所占比例较高,分别为27.58%与31.08%;在SINE/t RNA的重复元件中,Pre0_SS和PRE1x元件所占的比例较高,分别为41.83%和37.51%;共有1 094个候选蛋白编码基因的3'UTR中含有IRPRE1元件;GO分析发现这些候选基因主要参与m RNA经由剪接体的剪接、细胞分裂、RNA通过酯交换反应发生的剪接、T细胞激活、RNA剪接、T细胞受体信号通路、对糖苷反应、甘油三酯稳态、外源性凋亡信号通路的正调节及胆固醇合成等生物过程;KEGG pathway分析发现这些候选基因参与了缬草碱、亮氨酸和异亮氨酸降解途径、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、RIG–I样受体信号通路、吞噬体、剪接体、胆汁分泌、甲状腺激素合成和凋亡;对3个蛋白编码基因的3'UTR中的IRPRE1元件进行鉴定发现,其在多个组织中广泛表达。 相似文献
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通过构建含有HA标签的PKM2过表达质粒转染3D4/21细胞,利用免疫共沉淀(Co-IP)与液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术分析与鉴定猪PKM2基因在肺炎支原体感染猪肺泡巨噬细胞3D4/21后的互作蛋白质,并对这些互作蛋白质进行GO与KEGG通路分析。结果显示肺炎支原体感染3D4/21细胞后,PKM2在mRNA水平和蛋白质水平上表达上调,其表达水平呈现剂量与时间依懒性。免疫共沉淀反应结果显示IP与IgG组共鉴定到72个蛋白质,这2组鉴定到的蛋白质数分别为60和19,其中7个蛋白质在2组中同时鉴定到。GO分析结果表明IP组的互作蛋白质主要参与了NAD代谢过程、NADH代谢过程、肌原纤维组装、NADH再生和葡萄糖代谢丙酮酸等生物过程,其中大多数与能量代谢有关。KEGG pathway分析结果表明互作蛋白质参与了致病性大肠杆菌感染、军团杆菌病、糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢和癌症中的中枢碳代谢等通路,这些通路与细菌感染和能量代谢有关。 相似文献
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为了研究促红细胞生成素产生肝细胞配体A1(Ephrin A1)对梅山猪胚胎附植期胚胎在子宫内膜间迁移和对子宫内膜黏附活动的影响,利用克隆测序、生物信息学和qRT-PCR方法,克隆了Ephrin A1基因的全长编码序列,对其表达的蛋白结构和功能进行了预测,并检测了其mRNA表达变化。梅山猪Ephrin A1基因编码区有5个c SNPs变异,其中2个导致氨基酸突变,分别为Glu29Asn和Trp33Arg,位于Ephrin A1外显子1和外显子2上。Ephrin A1编码序列中含5个外显子,编码205个氨基酸。Ephrin A1为不稳定的亲水性蛋白,有1个信号肽和一个保守区域,无跨膜区。另外,Ephrin A1在梅山猪胚胎附植期有较强的mRNA表达。表明Ephrin A1基因可能参与梅山猪的胚胎附植调控,其c SNPs有望成为影响猪产仔数基因的潜在分子标记。 相似文献
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水稻是我县主要粮食作物,也是我国的重要商品粮之一.水稻的播种面积和总产量均居粮食的首位.由于水稻产量高而稳,在我国粮食生产中有举足轻重的地位.根据水稻的需肥特点,施肥以利于水稻的高产和稳产. 相似文献
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我们驶离了计划经济的河岸,那曾经让我们五味翻腾的体制,渐行渐远。但是,旧河岸上吹来的风还让我们感到非常自然,我们甚至常常回过头留恋它,在它上面寻找行驶的方案。在航行图上,方向是清晰的彼岸——社会主义市场经济,可是我们不知道它有多远,有时仿佛伸手可及,有时又感觉与它的距离让人心寒。但有一点是不可改变的,就是谁也不想再回到过去,因为几乎所有的人都在渴望公平的竞争,合理的生存,还有与世界同步的发展,而在计划经济的体制下,这一切不会再被体验。既然如此,既然市场经济已经是我们走向现代生活的必然,我们不会再去怀疑,可是我们总要提醒自己,为什么又不自觉地回到了过去?看看经常发生在身边的事情,谁曾表达了惊讶?总有一种别扭让我们为生活担忧,因为我们每个人生活的希望已经牢牢地系在了市场经济的坐标上,所以要时常地问一声—— 相似文献
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【目的】通过碱性调宁蛋白（h1-calponin）基因与五指山小型猪骨髓间充质干细胞（bone marrow mesenchymal stem cells,BM MSCs）成骨分化关系的研究,探讨成骨分化机制。【方法】添加成骨分化液对BM MSCs进行成骨分化诱导,采用茜素红染色的方法鉴定细胞成骨分化的程度;通过定量PCR分析h1-calponin基因及成骨相关基因骨桥蛋白（osteopotin,OPN）、骨钙蛋白（osteocalcin,OCN）、核心结合因子α1（core binding factor a1,Cbfα1）及核心结合因子β（core binding factor beta,Cbfβ）表达谱。【结果】①随着诱导时间的延长,茜素红染色矿化结节逐渐增多;②成骨标志基因OPN和OCN表达趋势一致：诱导0至14 d,基因表达量呈增长趋势,诱导14 d表达量最高,而后下降;成骨相关基因Cbfα1和Cbfβ表达量于第7天达到最高峰,之后逐渐下降,但仍高于诱导前;③h1-calponin基因表达量随着诱导的延续逐渐下降;诱导14—21 d时,该基因基本不表达。【结论】h1-calponin基因的表达与五指山小型猪骨髓间充质干细胞体外成骨分化存在着负相关,可能是成骨分化的负调控基因。 相似文献
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玉米须多糖对老年大鼠的抗氧化作用研究 总被引：1，自引：1，他引：0
研究了玉米须多糖对老年大鼠的抗氧化作用。按200mg/(kg.d)和400mg/(kg.d)的多糖剂量给老年大鼠连续灌胃30d,测血清丙二醛(MDA)含量,脑和肝组织脂褐质(Lf)含量,皮肤和肝组织羟脯氨酸(Hyp)含量及血清超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性。结果表明:两剂量组均能明显降低老年大鼠血清MDA含量及脑和肝组织Lf含量,明显提高血清SOD、CAT、GSH-Px活性及皮肤和肝组织Hyp含量。 相似文献
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[目的]克隆猪生长激素启动子,确定其启动子核心序列和主要的顺式作用元件。[方法]根据NCBI上公布的序列设计引物,PCR扩增了猪生长激素5’端-1 821～+61 bp的序列,并通过移步缺失的方法,获得9段长短不一的启动子序列,将其分别构建到双荧光素酶表达载体pGL3-basic上。通过重组质粒瞬时转染大鼠垂体瘤细胞(GH3)、猪髋动脉血管内皮细胞(PIEC)和猪肾细胞(PK15)和转染后细胞荧光素酶活性的测定,检测这些5’末端缺失质粒在垂体及非垂体细胞中的相对转录活性。[结果]成功扩增了猪GH基因5’上游启动区1 882 bp的片段,并构建了9个pGL3-mGH promoter报告基因载体;双荧光素酶报告基因检测系统证实插入报告基因载体中的启动子具有非常强的细胞特异性。[结论]猪生长激素特异性在垂体细胞中表达,其最小启动子位于-110 bp以内,启动子区-218～-110 bp和-429～-218 bp间存在正向调控元件。 相似文献
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运用RT–PCR技术克隆猪PKM2基因的编码区序列,对该序列进行生物信息学分析,研究PKM2基因的组织表达及亚细胞定位。结果显示:猪PKM2基因CDS全长1 596 bp,编码531个氨基酸;预测其蛋白相对分子质量为5.79×104,等电点为7.96,含有多个磷酸化位点,为稳定蛋白;PKM2蛋白含有丙酮酸激酶家族的barreldomain和alpha/beta domain 2个结构域,其蛋白二级结构中α–螺旋和无规则卷曲占主要类型;猪PKM2蛋白序列在物种间非常保守,系统进化树分析表明,该蛋白与兔的亲缘关系最近;组织表达显示,猪PKM2基因在肾、小肠中相对高表达,而在肝脏与肌肉中相对低表达;亚细胞定位显示,PKM2蛋白在猪3D4/21和PK15细胞中表达于细胞质,而不表达于细胞核。 相似文献