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SNPs遗传标记已成为群体遗传学和数量遗传学研究重要工具。RAD测序法是基于新一代高通量测序技术进行SNPs开发最为有效、经济的方法之一。研究以针对脂肪性状进行双向选择的髙脂-低脂鸡家系和针对体重性状进行双向选择的高体重鸡-低体重鸡家系为对象,利用RAD测序法进行简化基因组测序及群体遗传差异分析。测序和分析结果显示,实验共获得57.88 M reads,平均每个个体检测到98 671个SNPs。群体pairwise Fst结果发现,在高脂-低脂鸡双向选择家系中,许多位点存在差异性,其中部分位点与前人研究结果相一致。在高脂-低脂双向选择家系中,例如5号染色体上的NOVA1区域呈现显著差异,表明该区域可能与鸡脂类代谢和腹脂沉积有重要关联;在高体重-低体重鸡双向选择家系中,存在一些群体差异缺失标签,例如高体重鸡的13号染色体上SH3RF2除第一个外显子以外区域基因信息的缺失,导致鸡体重显著增加,推测这种结构缺失变异可能与高强度人工选择有关。研究表明,RAD测序法不仅能够快速、准确地获得高通量SNPs遗传标记,而且具有较高分辨率,能够适用于诸如双向选择家系这种存在微小遗传差异群体间的遗传检测和分析。 相似文献
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对加拿大一枝黄花上的白粉菌进行形态学和分子生物学分析,通过观察记录病害症状和发病过程,并在显微镜下观察病原菌形态特征,用绘图仪绘制病原菌显微图片;采用试剂盒法提取病原菌总基因组DNA,PCR扩增其rDNA-ITS序列并测序,并通过MEAG软件构建系统发育树推演系统进化关系,在分子水平鉴定该菌种并比较其与其他白粉菌菌种的亲缘关系.结果表明,供试菌株与寄主为加拿大一枝黄花的MH333274(欧洲)、KC513763(韩国)菌株聚于同一分支,亲缘关系最近.这是国内首次对加拿大一枝黄花白粉病的记录,该白粉菌对加拿大一枝黄花的生长、蔓延有一定影响,对加拿大一枝黄花的研究有利于从生态和生物学的角度减轻其对农业生产和生态环境的影响. 相似文献
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随着二代测序技术的迅速发展,从宏基因组角度了解环境微生物成为可能。目前,动物肠道微生物研究大多以粪便作为实验样品,对肠道内部微生物情况了解甚少。研究以小鼠为模型,分别对十二指肠、空回肠、盲肠、结肠4个部分内容物进行了宏基因组测序和分析。结果显示,(1)在门水平上,十二指肠比其他肠段厚壁菌门减少、变形菌门增多;(2)在属水平上,大肠的优势菌属为螺杆菌、真细菌等,小肠优势菌属为链球菌、大肠杆菌、梭菌、肠球菌等,而且粪便与大肠优势菌分布趋势类似;(3)大肠和小肠肠道微生物相似度为0.62~0.77,粪便与各肠段微生物相似度为0.7~0.9;(4)粪便和肠道内容物细菌功能差异同其生理功能有一定关联。研究表明,小肠内容物与大肠内容物和粪便中微生物有明显差异,尽营粪便微生物与大肠内容物微生物类似。这一结果暗示着粪便微生物不能完全代表动物宿主肠道微生物的真实情况。 相似文献