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【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列(SSR)位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区(LSC,85 225 bp)、小单拷贝区(SSC,18 779 bp)以及反向重复序列(IRs,26 254 bp)。4个区段中,IR区的GC含量最高(43.3%),LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿... 相似文献
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采用改良CTAB法、硼砂/CTAB法、酚/SDS法、皂土法和2种总RNA提取试剂盒共6种方法提取滇杨叶芽总RNA,并通过紫外分光光度计测定RNA样品的纯度,琼脂糖凝胶电泳和cDNA AFLP检测总RNA样品的完整性和质量。结果表明,硼砂/CTAB法和皂土法不适合滇杨叶芽总RNA的提取。改良CTAB法、酚/SDS法和2种试剂盒均能得到清晰的28S和18S条带。其中,改良CTAB法提取的滇杨叶芽总RNA完整性最好,OD260/OD280值在1.8-2.0之间,OD260/OD230值>2.0,经过cDNA-AFLP扩增分析,获得了清晰的条带。结果证明,改良CTAB法提取的滇杨叶芽总RNA能够满足RT-PCR等分子生物学实验。 相似文献
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