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为从分子水平上揭示柴达木黄牛的父系遗传结构组成、遗传多样性水平及父系遗传背景,通过PCR方法和直接测序技术,以8头大别山牛(瘤牛)公牛为试验对照,对106头柴达木黄牛公牛Y染色体ZFY-10标记进行多态性检测分析。结果表明:1)通过ZFY-10标记上变异位点的联合定型分析,可以准确地检测普通牛Y1和Y2单倍型组及瘤牛Y3单倍型组;2)柴达木黄牛在ZFY-10标记上存在GT核苷酸插入/缺失多态性,依据该标记多态位点确定单倍型组,表明柴达木黄牛包含Y1和Y2两种普通牛单倍型组,所占频率分别为0.217和0.783。在柴达木黄牛品种内,大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰5个群体Y2单倍型组的频率依次为1.000、0.933、0.907、0.650和0.522,而Y1单倍型组频率依次为0、0.067、0.093、0.350和0.478,表明茫崖和都兰2个群体具有较高的Y1单倍型组比例;3)柴达木黄牛总的单倍型多样度为0.343 0±0.045 6。在柴达木黄牛品种内,大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰5个群体的单倍型多样度分别为0、0.133 3、0.172 8、0.478 9和0.521 7,表明都兰和茫崖2个群体相比其他3个群体具有较高的父系遗传多样性。综上所述,Y染色体ZFY-10标记变异位点的联合定型分析可以确定和推断黄牛的父系支系组成和起源;柴达木黄牛含有Y1和Y2两个普通牛父系支系,具有2个普通牛父系起源,父系遗传多样性较低,品种内茫崖和都兰2个群体遗传变异相对丰富。 相似文献
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为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征,本研究以染色体水平的牦牛全基因组（BosGru3.1）为研究对象,利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测,并对其分布特征进行综合分析。结果表明：1）在牦牛全基因组（2.83 Gb）中,共筛选出778 413个单纯型SSRs,总长度为14.42 Mb,占全基因组序列总长的0.51%,相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2）牦牛31条染色体中,1号染色体所含的SSRs数量最多（48 592个,6.24%）,29号染色体所含的SSRs数量最少（11 758个,1.51%）,染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关（P<0.001）。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀,其中单碱基重复类型的SSRs数量最多（320 592个,41.19%）,其次是两碱基（197 824个,25.41%）、三碱基（130441个,16.76%）、五碱基（75 056个,9.64%）、四碱基（52 523个,6.75%）和六碱基（1 977个,0.25%）。4）各重... 相似文献
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为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体... 相似文献