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[目的]通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据.[方法]2000年10月~2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析.[结果]从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份.狂犬病毒G基因核苷酸全长2067 bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸.根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%~99.9%; Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%~99.9%; Ⅲ群只有1株.通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点.[结论]广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性. 相似文献
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本试验旨在了解新型鸭黄病毒(duck flavivrus,DFV)广西流行毒株的生物学特性,从发病樱桃谷种鸭群分离到1株新型DFV LG/01/11,并利用设计的引物扩增获得病毒包膜蛋白E基因。结果显示,LG/01/11株E基因全长1503 bp,编码500个氨基酸,与国内2010年以来分离的鸭黄病毒核苷酸序列同源性达99.3%～99.6%,没有碱基缺失和插入现象,只有散在的碱基突变。本试验结果为病毒生物学特性分析和遗传变异研究及相关疫病的防控奠定了基础。 相似文献
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为探明2014年广西猪群主要疫病的感染情况,本研究从发病猪场和屠宰场采集猪组织样品共325份,应用RT-PCR方法检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV),并应用PCR方法检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪伪狂犬病病毒(PRV)。结果发现,发病猪场中,这5种病毒感染率分别为12.00%、28.57%、19.43%、53.71%和9.71%,而屠宰场的感染率分别为5.33%、2.67%、5.33%、59.33%和11.33%。对猪群混合感染情况分析发现,PCV2和其他病原的混合感染率最高。其中,发病猪场二重感染最高的为PRRSV+PCV2,达到11.43%,其次为PEDV+PCV2、CSFV+PCV2和PCV2+PRV,阳性率分别为5.71%、4.00%和4.00%;三重感染率最高的为PRRSV+PEDV+PCV2以及PRRSV+PCV2+PRV,阳性率均为2.29%。屠宰场二重感染最高的是PCV2+PRV,达到3.33%;三重感染最高的是CSFV+PCV2+PRV,阳性率为0.67%。结果表明,在发病猪场和屠宰场中,PCV2的感染率最高,且常与其他病原发生混合感染,PRV感染率呈上升趋势,加强对这2种病毒的监控对控制广西地区猪群发病具有重要意义。 相似文献
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为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR (RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDRV阳性样品的核酸为模板,采用RT-PCR分段扩增其全基因组并测序,采用BioEdit软件分析其全基因组序列的相似性;采用NetNGlyc 1.0软件预测NDRVσC蛋白N-糖基化位点;通过Mega 7.0软件绘制σ系列基因的系统发育树及RDP5和SimPlot软件分析NDRV全基因组的重组事件。RT-q PCR结果显示,检出1份NDRV阳性样品,经测序及序列拼接,获得一条鹅源NDRV广西流行株G-NDRV-GX-2022全基因组序列,全长23 353 bp,分为L1～L3、M1～M3及S1～S4共10个基因;BlAST分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株10个基因与GenBank中相应基因序列的相似性最高为91.2%～98.4%,对应的病毒株均源自中国广东、福建、山东、浙江及湖北等地的NDRV,宿主有野鸭、番鸭、绿头鸭等,表明G-... 相似文献
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【目的】了解广西沿海地区水禽H3亚型禽流感病毒的基因组分子特征。【方法】本研究通过RT-PCR一步法分段扩增法,对2020年从广西沿海地区分离到的2株海鸭源H3亚型禽流感病毒A/duck/Guangxi/S11359/2020(H3N1)与A/duck/Guangxi/S11374/2020(H3N8)进行全基因组测序与进化分析。【结果】2株H3亚型禽流感病毒的HA蛋白裂解位点序列均为340PEKQTR↓GLFG349,为低致病性禽流感病毒的分子特征,与受体嗜性关联的第226、228位氨基酸均为Q和T,可能仍主要结合禽类受体;BLAST分析结果显示,本研究H3N1亚型禽流感病毒的M、NP基因及H3N8亚型禽流感病毒的PA基因,与H7亚型禽流感病毒相似性最高,分别为99.5%、98.7%和98.9%,表明H3可能与H7亚型禽流感病毒发生了基因交换;2株H3亚型禽流感病毒与越南、孟加拉国、韩国等周边国家水禽源的H3、H4、H6、H7、H9等亚型相似性较高,可能拥有相同的进化来源;遗传进化分析表明,H3亚型禽流感病毒各基因进化分支均属于欧亚谱系,与... 相似文献
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【目的】研究H9亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)广西毒株的遗传进化动态,以期掌握其地域流行新特点,为及时优化调整有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2016-2021年广西各地的家禽喉头、泄殖腔及环境拭子样品3 600份,接种9～11日龄SPF鸡胚分离病毒,并结合血凝和血凝抑制试验及实时荧光定量RT-PCR方法鉴定AIV亚型,根据毒株检测年限和来源地选取部分H9亚型AIV核酸阳性样品进行HA、NA基因扩增、测序及进化动态分析。【结果】共获得46株H9亚型AIV广西毒株的HA、NA基因序列,其中HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;4株NA基因全长1 410 bp,编码469个氨基酸,42株缺失3个氨基酸,编码466个氨基酸。BLAST分析结果显示,越南及国内多个省份的毒株与本研究获得的广西毒株HA、NA基因相似性最高,分别为97.62%～99.88%和93.13%～99.79%,宿主源也不尽相同,表现遗传多样性特征。广西毒株之间HA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.0%～99.1%和94.6%～99.1%,NA基因核苷酸和氨基酸... 相似文献
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[目的]揭示广西狂犬病病毒(RABV)的流行变异规律及进化特征,为广西狂犬病防控提供科学依据.[方法]对2018年从患狂犬病家犬脑组织分离获得的2株RABV野毒株(GXYZ2018和GXSL2018)进行全基因组扩增与测序,测序结果采用SeqMan进行拼接以获得全基因组序列,并与近20年来的RABV广西流行株进行系统地遗传变异分析.[结果]GXSL2018株和GXYZ2018株的全基因组序列长度均为11923 bp,不同RABV广西流行株间的核苷酸序列同源性在87.1%~99.4%,而2株毒株间的同源性为99.1%;与其他RABV广西流行株相比,GXSL2018株和GXYZ2018株的3'-UTR为69 bp,且在第20位缺失一个核苷酸.基于N基因和G基因核苷酸序列同源性构建的遗传进化树均显示GXSL2018株和GXYZ2018株同属于Group II型毒株,且2株毒株N蛋白上的B细胞表面抗原表位(第358~367位氨基酸残基)、Th细胞表位(第404~418位氨基酸残基)和RNA结合域(第298~352位氨基酸残基),以及G蛋白上与病毒毒力密切关联的第333、336、339和357位氨基酸残基及中和抗体相关表位和受体结合位点均高度保守.[结论]GXYZ2018株和GXSL2018株同属于Group II型毒株,与近20年来的RABV广西流行株高度相似,病毒蛋白主要功能区的氨基酸序列高度保守,尚未发生变异,全基因组遗传特性稳定. 相似文献
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