刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析          下载免费PDF全文

畅孟阳  李彬  荣小军  王锦锦  于永翔  王印庚  廖梅杰  张正  范瑞用  刘清兵 《渔业科学进展》2023,44(2):107-117

microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。  相似文献   

刺参(Apostichopus japonicus) 9月龄主要经济性状遗传力的估计          下载免费PDF全文

和飞  王印庚  廖梅杰  李彬  孙明超  杜佗  张文泽  范瑞用 《渔业科学进展》2017,38(5):114-121

本研究基于全同胞组内相关法对9月龄刺参(Apostichopus japonicus)苗种体长、体重、肉刺总数3个性状的遗传力进行了评估.以前期收集、保存的刺参群体为亲本,选取了健康刺参29头,采用不平衡巢式设计方法及人工刺激采卵授精方法,按照1雌配2-5雄的原则,构建了6个母系半同胞家系及23个父系全同胞家系,至9月龄时,分别抽取每个家系30-50个后代测定相应个体的体长、体重及肉刺总数,应用数量遗传学分析和全同胞组内相关法估计刺参9月龄体长、体重和肉刺总数共3个生长性状的遗传力.结果显示,9月龄刺参体长雌性组分遗传力的估计值为0.87,雄性组分遗传力估计值为0.85,全同胞组分遗传力估计值为0.86;刺参体重雌性组分遗传力估计值为0.20,雄性组分遗传力估计值为0.73,全同胞组分遗传力估计值为0.46;肉刺总数雌性组分遗传力估计值为0.43,雄性组分遗传力估计值为0.32,全同胞组分遗传力估计值为0.37.t检验表明,体长、体重的雄性组分遗传力达到显著水平(P＜0.05),全同胞组分遗传力均达到极显著水平(P＜0.01),肉刺总数的遗传力均未达到显著水平.  相似文献   

美国用火鸡粪发电     

美国用火鸡粪发电 《畜牧与饲料科学》2005,26(1):63-63

据报道,美国明尼苏达州新建了一个以火鸡粪为原料的发电厂,该发电厂隶属于本森公司,每年可为5．5万个家庭提供清洁能源。发电能力为55兆瓦,每年将燃烧70万t火鸡粪,其产生的副产品为化肥磷和硝酸盐。用火鸡粪发电不仅清理了垃圾．生产了电能,还能阻止磷和硝酸盐等化学物质污染水源。  相似文献   

刺参响应灿烂弧菌侵染的基因组DNA甲基化水平和转录组差异及其关联分析          下载免费PDF全文

李欣容  廖梅杰  李彬  荣小军  畅孟阳  王印庚  于永翔  张正  范瑞用  刘清兵 《渔业科学进展》2022,43(3):176-185

为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。  相似文献   

刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析          下载免费PDF全文

刘安然  廖梅杰  李彬  王印庚  荣小军  张正  范瑞用  陈贵平 《渔业科学进展》2019,40(1):101-109

本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。  相似文献   

舟山市休闲渔业发展策略     

虞仕用  周帅峰 《河南农业》2018,(2)

浙江省舟山市拥有较好的休闲渔业资源,发展休闲渔业项目,提升本地经济发展的品牌效益,已成为主要问题。为了推动舟山市休闲渔业的快速健康发展,通过分析舟山市休闲渔业发展前景和潜在风险,提出"三做好"的发展策略,以促进舟山市渔业结构优化改革。  相似文献   

不同温度条件下油棕象甲实验种群生命表研究     

焦方贞  陈希用  岳建军  陈泽坦 《热带作物学报》2016,37(1):172-176

在16、20、24、28、32℃5个温度梯度下,观察油棕象甲(Elaeidobius kamerunicus Faust)各虫态的生长发育历期和存活率,组建油棕象甲的实验种群生命表。结果表明,在16~32℃温度范围内,油棕象甲各虫态的发育历期随温度的变化而变化,在28℃时,油棕象甲各虫态及全世代的发育历期最短,存活率最高,产卵量最大。在16~32℃温度下,油棕象甲全世代平均发育历期分别为33.68、22.30、15.10、10.30和12.01 d。卵期、1龄幼虫、2龄幼虫、3龄幼虫、预蛹期、蛹期、产卵前期和全世代的发育起点温度分别为13.13、13.38、11.59、10.97、4.56、9.84、10.96和13.38℃;有效积温分别为13.57、13.44、18.79、25.53、79.11、47.62、25.98和214.09日度。种群趋势指数(I)在16~32℃温度范围内均大于1,内禀增长率(rm)均大于0,这说明油棕象甲的种群呈增长趋势。油棕象甲在28℃时种群趋势指数和內禀增长率最高,分别为18.944 2和0.285 6;其次为24℃,其生长发育及其繁殖的最适温区为24~28℃。  相似文献   

施肥深度对直播麻疯树生长及养分吸收的影响     

韦剑锋  韦冬萍  和丽媛  岑忠用  胡桂娟 《河南农业科学》2016,(10):123-127

为确定麻疯树基肥施用适宜深度,采用盆栽试验,研究不同施肥深度(0、10、20、30 cm)对麻疯树云热-1号根、茎及叶生长、养分含量及养分积累量的影响。结果表明:与不施肥比较,施肥可显著促进麻疯树各器官生长,提高各器官氮、磷、钾养分含量和积累量。其中,在试验初期,地径和茎高随施肥深度的增加而减小;之后,地径和茎高以施肥深度20 cm的最大,其次是施肥深度10 cm的。随施肥深度增加,4条侧根总长、1级侧根总数、各器官干物质积累量和氮、磷、钾积累量先增而后减,其中均以施肥深度20 cm的最大,处理间植株干物质积累总量和氮、磷及钾积累总量的差异显著;肥料深施(10~30 cm)也明显提高各器官氮、磷、钾含量。可见,麻疯树基肥施用土层深度以20 cm较适宜。  相似文献   

总酚含量及多酚氧化酶活性与岩黄连愈伤组织褐化的相关性研究     

岑忠用  苏江  邓晰朝  谢彦军 《作物杂志》2016,32(1):149-71

以未褐化的岩黄连愈伤组织为材料,于培养基中添加不同浓度的抗坏血酸,研究抗坏血酸对岩黄连愈伤组织褐化及总酚含量和多酚氧化酶活性的影响。结果表明：在培养第20天,各处理岩黄连愈伤组织的褐化率均低于对照;各处理的多酚氧化酶活性均高于对照,其中抗坏血酸浓度175mg/L的处理多酚氧化酶活性最高,为14.1400U/(g·min),比对照高72.3%;各处理的总酚含量均低于对照,抗坏血酸浓度为175mg/L的处理总酚含量最低,为0.4633μg/mL,比对照低88.3%。相关性分析结果表明,岩黄连愈伤组织褐变率与总酚含量呈正相关,与多酚氧化酶活性呈负相关;而岩黄连愈伤组织多酚氧化酶活性和总酚含量呈极显著负相关。  相似文献   

不同果树枝条栽培灵芝基质配方研究   总被引：2，自引：1，他引：1  

金鑫  黄文丽  李小林  陈诚  熊川  李强  陈祖琴  郑林用 《中国农学通报》2015,31(36):156-160

通过利用农业副产物果树枝条进行灵芝栽培基质配方优化研究,筛选出适合果树可持续发展的最佳灵芝栽培配方。本研究利用桃树、梨树和苹果树枝屑,通过不同配方优化设计进行灵芝优良菌株的栽培研究,对灵芝子实体的农艺性状进行差异分析,同时结合其氨基酸和矿质元素含量分析。结果表明：通过对灵芝子实体农艺性状差异分析,苹果-2配方表现最好;通过对氨基酸含量分析,配方组氨基酸含量顺序为桃树组配方＞梨树组配方＞苹果树组配方;综合9个配方中灵芝子实体内矿质元素含量分析,梨树-1配方表现最佳。以上不同的配方栽培出的灵芝其产量、氨基酸和矿质元素含量各不相同,芝农可根据不同的需要而选择合适的灵芝栽培基质配方。  相似文献