不同筛选方法的低密度SNP集合填充准确性比较     

林雨浓  王泽昭  陈燕  朱波  高雪  张路培  高会江  徐凌洋  蔡文涛  李英豪  李俊雅  高树新 《中国农业科学》2023,56(8):1585-1593

【目的】尝试通过在华西牛参考群高密度标记芯片位点中,使用两种标记筛选方法挑选具有代表性的且密度梯度不同的SNP位点集合,后利用基因组填充策略在相同填充参数下将低密度芯片数据填充至高密度继而进行后续基因组研究,从而达到降低华西牛基因型分型成本的目的。研究分别比较了不同标记集合填充准确性和填充一致性的差异,阐述了标记筛选方法、标记密度、最小等位基因频率和参考群体数量等4个因素对填充结果的影响,为华西牛低密度SNP填充芯片设计提供参考。【方法】将质控后剩余的1 233头华西牛群体随机分为参考群(986头)和验证群(247头)。使用等间距法(equidistance,EQ)和高MAF法(high MAF,HM)两种标记筛选方法分别从华西牛参考群体的Illumina Bovine HD芯片位点集合中筛选出16种不同密度的SNP集合,共生成32种不同SNP梯度密度集合。随后在验证群体中利用Beagle(v5.1)软件将各低密度集合填充至770 k密度水平,计算填充准确性和填充一致性并对填充性能影响因素进行分析。【结果】32种低密度SNP集合的标记数量在100—16 000之间,窗口最大为24 17...  相似文献   

生育期气候变化对我国水稻主产区单产的影响——基于扩展C-D生产函数的实证分析     

尹朝静  李谷成  范丽霞  高雪 《中国农业大学学报》2018,23(10):183-192

基于扩展的C-D生产函数模型,利用1984-2014年15个省份的水稻投入产出及气象数据,探讨了生育期气候变化对水稻单产的影响,并系统考察了气候因素对水稻单产的非线性及区域差异性影响程度。结果表明:一方面,水稻生育期降水增加对水稻单产具有负向影响,但其对不同地区的具体影响有所不同。同时,降水变化的二次项对水稻单产具有显著的负向影响。从各区域来看,水稻全生育期降水增加对西南地区水稻单产的边际影响为正,而对东北地区、华东地区、华中地区以及华南地区水稻单产的边际影响为负。另一方面,水稻全生育期内气温升高对水稻单产具有负向影响,且气温变化与水稻单产之间存在明显的"倒U型"关系。从各区域来看,气温升高对华东地区、华中地区、华南地区以及西南地区水稻单产的边际影响为负,而对东北地区水稻单产的边际影响为正。  相似文献   

油茶采穗圃营建技术     

郭强  陈真权  奚如春  唐才仔  丁锐  高雪 《广东林业科技》2010,26(5):91

油茶采穗圃是为大面积栽培油茶提供优良种源的物质基础。文章以油茶生物学及生态学特性为基础,简述了油茶林嫁接前的抚育管理、大树嫁接操作技术、嫁接后管理以及油茶采穗圃生产管理技术。  相似文献   

BP神经网络在中国西门塔尔牛屠宰性状早期预测中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

张猛  周正奎  李姣  袁峥嵘  贺建宁  高雪  高会江  陈金宝  李俊雅  许尚忠 《西南农业学报》2010,23(5)

本研究运用DPS(Data processing system数据处理系统)软件构建BP神经网络,选取156头中国西门塔尔牛屠宰前7个重要生产性状(平均日增重、宰前活重、体高、体长、胸围、腹围、管围)来预测中国西门塔尔牛胴体重和屠宰率两个屠宰性状,得到了7-5-2 BP神经网络模型.通过对预测结果与实测结果进行统计分析从而对所构建的BP神经网络的有效性进行验证.仿真测试结果表明:胴体重和屠宰率的预测结果与实测结果的相关系数(R)分别达到0.8264和0.8967,胴体重和屠宰率预测相对误差分别为5.0 %和2.1 %,验证了该BP神经网络模型在中国西门塔尔牛屠宰性状早期预测中的可行性和实用性,对加快中国西门塔尔牛的选育进程,降低屠宰性状的测定成本具有一定意义.  相似文献   

肌肉生成抑制素和抑制素融合表达质粒的构建和表达     

张路培  杨润军  甘乾福  许尚忠  李俊雅  高雪  任红艳  陈金宝 《农业生物技术学报》2009,17(3):409-412

以乙肝表面抗原S基因为载体,分别将肌肉生成抑制素N端基因片段和抑制素N端基因片段分别插入S基因C端和第112～113 氨基酸残基密码子之间,构建MSTN-INH融合表达质粒pVAX-SMI。酶切和测序鉴定表明,重组质粒pVAX-SMI构建成功。脂质体法将pVAX-SMI转染HeLa细胞,Western Blot检测表达产物的免疫原性。结果表明,融合目的蛋白成功在HeLa细胞中表达,并具有免疫原性。  相似文献   

7个牛品种对氧磷酶1基因(PON1)的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性及其与部分性状的关联分析     

姬爱国  李俊雅  许尚忠  高雪  张路培  周正奎 《农业生物技术学报》2009,17(4)

应用RFLP技术对7个牛品种进行了对氧磷酶1(paraoxonase 1,PON1)基因的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性检测;SAS 9.1的GLM过程中的Duncan's检验对不同基因型与部分性状之间进行了关联分析.结果表明,EcoR Ⅴ位点与体重、日增重、眼肌面积和嫩度之间存在显著相关,AG基因型个体与其它基因型相比在日增重和嫩度上存在显著差异(P<0.05),而AA基因型个体相对于其它基因型具有较大的眼肌面积(P<0.05);Alu Ⅰ位点则与体重、净肉重和嫩度之间具有显著的生物学意义(P<0.05),AA型个体相对来说均优于其它基因型个体(P<0.05).品种间的比较表明,除实验牛始重相对趋于一致外,国外肉牛专门化品种在其它方面均优于国内品种.研究结果提示两个位点可尝试作为牛肉多汁性(嫩度)的标记.  相似文献   

掺假生漆快速鉴别及简易测定方法的研究     

高雪  乐俊明 《西南农业学报》1990,3(4):107-112

  相似文献   

青花菜贮藏技术研究概况   总被引：9，自引：0，他引：9  

高雪 《长江蔬菜》1998,(11):36-37

  相似文献   

重复序列在牛亚科中的研究进展     

张瑞  张天留  宋美华  徐凌洋  高会江  李俊雅  陈燕  高雪 《中国畜牧杂志》2021,(4):33-38

重复序列是在整个基因组中以多个拷贝出现的核酸序列,是真核生物基因组中的重要组成部分,对染色体重排、基因组及生物进化具有重要意义。它在模式动物、人类、植物等物种中都有报道,但在牛亚科中的研究进展较少,因此本文对重复序列的分类和特点进行综述,重点关注串联重复序列和散在重复序列在牛亚科中的研究进展,并分析了这两大类重复序列在牛亚科物种进化中的作用。  相似文献   

DNA甲基化在奶牛金黄色葡萄球菌性乳房炎中的调控   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘利  高雪  高会江  张路培  李俊雅  许尚忠 《畜牧兽医学报》2012,43(10):1554-1558

旨在研究CSN1S1基因启动子区上游STAT5结合区域的DNA甲基化在奶牛金黄色葡萄球菌性乳房炎中的变化及其对CSN1S1基因表达的调控.本研究利用亚硫酸氢盐修饰和荧光定量PCR法检测受金黄色葡萄球菌侵染后12、24、36和196 h乳腺组织CSN1S1基因启动子区上游甲基化程度及CSN1S1基因表达量.结果,24 h内在细菌侵染的乳腺组织中甲基化程度随着时间的延长而增加；而CSN1S1基因表达量则显著降低(P＜0.01),而在侵染后36和196 h,甲基化程度和基因表达水平与24 h无显著差异.结果表明,奶牛金黄色葡萄球菌性乳房炎能够促使乳腺组织DNA再甲基化,DNA再甲基化可能是奶牛乳房炎急性期的一种普遍调控.  相似文献