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为获得高纯度高质量的DNA和建立稳定的SSR-PCR反应体系,采用常规CTAB法和改进CTAB法提取半矮生桃基因组DNA。结果表明:改良CTAB法提取的DNA纯度高,多糖和蛋白质含量低,可用于SSR反应。同时,通过对影响SSR反应的6个要素设计正交试验,确定了最优的SSR-PCR反应体系,20μL反应体系为:25 mmol/LMg2+1.5μL、2.5 mmol/L dNTPs 2μL、5 U的Taq酶0.22μL、10×Buffer缓冲液4μL、10 mmol/L引物0.6μL、20 ng模板0.8μL,优化的退火温度为57.6℃。 相似文献
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以贵州6种野生猕猴桃36个居群为试材,采用生物信息学方法,对“红阳”猕猴桃应答橘小实蝇侵害的转录组数据进行SSR位点搜索,开发EST-SSR引物后,研究了36个野生猕猴桃居群180份种质的遗传多样性与亲缘关系,以期为合理保护及开发利用野生猕猴桃资源提供参考依据。结果表明:“红阳”猕猴桃果实EST-SSR的分布频率为43.07%,6种重复类型的重复次数分布在5~24次,优势重复类型为二核苷酸,占总SSR位点的69.19%。参试的40对EST-SSR引物中有28对引物均可在6种野生猕猴桃中扩增出目的条带,在180个猕猴桃种质中共检测出了348个等位基因位点。多态性信息含量(PIC)在0.376 6(引物:P3-22)~0.930 4(引物:P4-37),平均为0.783 6,其中只有1对引物为中等多态性引物,其它均为高多态性引物。聚类分析显示,6种野生猕猴桃在遗传距离0.72处可分成2个类群,黄毛猕猴桃、毛花猕猴桃、阔叶猕猴桃被归为一类,京梨猕猴桃、异色猕猴桃、硬毛猕猴桃为一类。 相似文献