猪繁殖与呼吸综合征病毒非结构蛋白2的生物信息学分析     

孙荡  高歌  周胜  鲍梦雅  茅翔 《安徽农业科学》2012,40(21):10903-10905

[目的]为临床上构建PRRSV的拮抗性小肽及相关疫苗设计提供理论参考。[方法]对NCBI上国内分离的PRRSV毒株(FJ175688.1)Nsp2的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,并对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基化位点、磷酸化位点和B细胞抗原表位进行预测。[结果]Nsp2含有7段的跨膜区域,二级结构中自由卷曲含量最高(57.64%),同时含有4个糖基化位点和76个磷酸化位点。综合分析表明,Nsp2具有大量的抗原决定簇。[结论]通过对Nsp2的生物信息学分析,可为PRRSV疫苗设计提供理论基础。  相似文献   

中国降雨侵蚀力的时空分布及重现期研究   总被引：11，自引：3，他引：8  

殷水清  薛筱婵  岳天雨  谢云  高歌 《农业工程学报》2019,35(9):105-113

降雨侵蚀力是土壤侵蚀模型USLE的一个重要因子。基于中国中东部水蚀区18个气象站1961(1971)-2000年逐分钟降水数据和全国范围内774个气象站1961-2016年逐日降水数据,采用克里金插值方法,得到全国多年平均年、多年平均24个半月、不同重现期年和次侵蚀力空间分布特征,可满足USLE模型对侵蚀力因子相关参数输入的要求。交叉验证结果表明:以上所有指标的空间插值模型精度较好,模型有效系数NSE不低于0.74,偏差百分比PBIAS低于1%,均方根误差与观测值标准差的比值RSR小于等于0.51。侵蚀力年内变化曲线具有较好的区域相似性,使用K均值聚类分析方法将中国侵蚀力年内变化特征划分为4个区域,每个区域概化出一条侵蚀力年内变化曲线。  相似文献   

西瓜新品种“开优绿宝”的选育     

霍治邦  侯晟灿  吴占清  程志强  范君龙  高歌 《北方园艺》2016,(7):149-150

西瓜新品种"开优绿宝"是以开封1106×开封1027杂交选育而成的优质、高产、抗病、早熟西瓜杂优新品种。该品种全生育期98d,果实发育期29d。果实椭圆型,果皮绿色覆绿色网纹,果肉红色,肉质酥脆,中心折光糖含量10.9%,平均单瓜重4.6kg,产量3 195.5kg/667m~2。2015年通过河南省农作物品种审定委员会审定。  相似文献   

玉露香梨花青苷调控基因PbrMYB19的克隆及功能分析     

高歌  刘慧芳  贾伊娜  冯新新  宋宇琴  李六林 《山西农业科学》2024,(2):36-43

花青苷含量决定了果实色泽,是衡量果实商品价值的重要指标之一,其生物合成受到MYB转录因子的调控,然而关于MYB负调控梨果实花青苷合成的机制尚未完全明确。基于前期转录组学数据的差异表达基因中筛选到1个MYB基因家族成员PbrMYB19,暗示其可能参与调控果实花青苷生物合成。为明确其结构和功能,为进一步解析PbrMYB19对果实花青苷的调控机制奠定基础,试验以玉露香梨果皮cDNA为模板,克隆PbrMYB19全长,利用生物信息学软件对该基因的结构、亲缘关系、保守结构域及顺式作用元件进行预测,采用qRT-PCR对不同颜色果皮中PbrMYB19基因表达水平进行分析,并通过果实瞬时表达系统验证其功能。结果表明,PbrMYB19基因开放阅读框为714 bp,编码237个氨基酸,分子质量为26.85 ku,预测亚细胞定位于细胞核。系统发育树分析结果表明,PbrMYB19与已报道花青苷转录抑制子FaMYB1和PbrMYB120在同一个进化分支上,且其蛋白C端存在EAR类似抑制序列。PbrMYB19基因启动子序列包含光调控元件、植物激素响应元件。通过qRT-PCR分析发现,红色和黄色果皮中PbrMYB19...  相似文献   

基于机器学习算法的河南省冬小麦面积提取研究     

王小飞  张方敏  任祖光  张世豪  高歌 《江苏农业科学》2024,(6):215-224

为了精准获取河南省冬小麦空间分布及面积数据,基于2003—2021年250 m MODIS-NDVI时间序列遥感数据集,通过设置不同的阈值条件获得高质量的样本数据,采用深度神经网络(DNN)、随机森林(RF)和支持向量机(SVM)算法,自动从NDVI时序数据中提取冬小麦特征,分别训练出非线性模型,在250 m尺度对河南省冬小麦分布和面积进行识别。结果表明,基于DNN算法的河南省冬小麦面积识别模型精确率为97.26%,总体一致性为97.97%;基于RF、SVM算法的精确率分别为91.51%和89.31%,总体一致性均在90%以下。和RF、SVM算法相比,DNN算法在精度上有明显的提升,能够更好地反映河南省冬小麦的时间变化趋势和空间面积分布。该研究说明,运用中等分辨率长时间序列影像结合DNN算法,在一定程度上可以更准确识别大区域的农作物信息。  相似文献   

不同方法测定40种常见果蔬抗氧化活性的比较研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨瑞丽  陆俊丰  高歌  黄雅诗  李美英 《广东农业科学》2011,38(8):72-74

用DPPH法、FRAP法和β-胡萝卜素-亚油酸乳化液法3种方法测定40种新鲜果蔬的抗氧化活性,并进行比较作相关性分析。结果表明,3种方法测定结果相关性较小,不同方法测定的果蔬抗氧化能力存在较大差异。  相似文献   

猪Ⅱ型圆环病毒江苏株全基因进化及ORF3蛋白的生物信息学分析     

高歌  孙荡  茅翔 《山西农业科学》2012,40(8):881-885

对NCBI已经登记的国内分离的PCV2江苏株(GQ358994.1)进行序列比对及进化分析,并对其ORF3编码蛋白的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基化位点、磷酸化位点和B细胞抗原表位进行预测和推断。结果表明,PCV2江苏株与国内分离株序列同源性极高(>99%),ORF3蛋白无跨膜区域,二级结构中自由卷曲含量最高,为54.81%,不含有糖基化位点,但有8个磷酸化位点。综合分析得出,ORF3蛋白具有大量的抗原决定簇。通过对ORF3蛋白进行生物信息学方法分析,为PRRSV疫苗设计提供理论基础。  相似文献   

CmWRKY15-1通过水杨酸信号通路调控菊花白色锈病抗性     

毕蒙蒙  刘迪  高歌  祝朋芳  毛洪玉 《中国农业科学》2021,54(3):619-628

[目的]菊花白色锈病是菊花重要病害之一,严重影响其观赏品质.分析CmWRKY15-1在菊花抗白色锈病中的功能及防卫机制,为利用分子育种解决菊花产业中白色锈病病害问题提供借鉴.[方法]以菊花白色锈病抗病品种'黄莺'为试验材料,构建CmWRKY15-1过表达载体与干扰载体,通过农杆菌介导法转化菊花,分别获得超表达与沉默植株...  相似文献   

白尾梢虹雉奇缘     

高歌  王斌  罗旭 《森林与人类》2018,(2)

正云南西北边陲的高黎贡山地处横断山地南段,南北跨5个纬度,海拔垂直落差三四千米,气候垂直变化十分明显,造就了高黎贡山丰富的生物多样性。虽然复杂的地形和恶劣的天气使得在高黎贡山开展科学研究格外艰难,但中外众多动植物学者仍然对这个生物多样性宝库心驰神往。在高黎贡山的高山上,一种羽色如彩虹般绚丽的大型雉类——白尾梢虹雉,就一  相似文献   

PRRSV非结构蛋白2-半胱氨酸结构域的原核表达及抗原表位预测     

周胜  高歌  孙荡  鲍梦雅  茅翔 《黑龙江农业科学》2012,(3):25-29

为了获得PRRSV非结构蛋白2-半胱氨酸结构域的高纯度原核表达蛋白以及了解该蛋白的抗原表位,试验以从PRRSV-VR2332毒株上提取的病毒全基因组RNA为模板,通过RT-PCR扩增非结构蛋白2-半胱氨酸结构域(Nsp2pro)基因,连接构建原核表达载体SUMO-Nsp2pro,转入宿主菌Rosetta2,经IPTG诱导,获得高浓度的可溶蛋白Nsp2pro,经亲和层析His-Bind后得到高纯度的目的蛋白。同时,运用生物信息学方法对Nsp2pro二级结构及抗原表位进行预测。结果显示,Nsp2pro的α螺旋及β折叠区域较多,转角区域较少,结构较为复杂,位于蛋白分子表面且亲水的区段很可能是B细胞表位的优势区段。获得较高纯度的蛋白,将为后续进一步研究Nsp2pro基因编码的蛋白在病毒复制过程中的作用奠定基础。  相似文献