脊尾白虾响应环境胁迫的转录组学分析     

王兴强  卢雪旎  沈晔  曹梅  韦寿永  李庆国  茆丹婷  秦传新 《江苏农业科学》2022,50(3):22-27

脊尾白虾(Palaemon carinicauda)是我国沿海滩涂混养的重要经济虾类,具有广盐、广温、抗病力和繁殖力强等优点.采用高通量测序技术对脊尾白虾转录组进行测序,对得到的转录本进行COG(clusters of orthologous groups)、GO(gene ontology)和KEGG(kyoto e...  相似文献   

脊尾白虾对低盐胁迫响应的转录组学分析     

沈晔  王兴强  曹梅  郑年昊  陈百尧  秦传新 《南方水产科学》2020,16(5)

转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况。该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111 618条转录本和72 734条Unigenes,其中有22 879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21 931条;筛选出1 492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释。通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑。  相似文献