Multimarker and rare variants genomewide association studies for bone weight in Simmental cattle          下载免费PDF全文

J. Miao  X. Wang  J. Bao  S. Jin  T. Chang  J. Xia  L. Yang  B. Zhu  L. Xu  L. Zhang  X. Gao  Y. Chen  J. Li  H. Gao 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2018,135(3):159-169

Bone weight, defined as the total weight of the bones in all the forequarter and hindquarter joints, can reflect somebody conformation traits and skeletal diseases. To gain a better understanding of the genetic determinants of bone weight, we used a composite strategy including multimarker and rare‐marker association to perform genomewide association studies (GWAS) for that character in Simmental cattle. Our strategy consisted of three models: (i) A traditional linear mixed model (LMM) was applied (Q+K‐LMM); (ii) single nucleotide polymorphisms (SNPs) with p‐values less than .05 from the LMM were selected to undergo the least absolute shrinkage and selector operator (Lasso) in the second stage (LMM‐Lasso); (iii) genes containing two or more rare SNPs were examined by performing the sequence kernel association test (gene‐based SKAT). A total of 1,225 cattle were genotyped with an Illumina BovineHD BeadChip containing 770,000 SNPs. After the quality‐control procedures, 1,217 individuals with 608,696 common SNPs and 105,787 rare SNPs (with 0.001 < minor allele frequency [MAF] <0.05) remained in the sample for analysis. A traditional LMM successfully mapped three genes associated with bone weight, while LMM‐Lasso identified nine genes, which included all genes found by traditional LMM. Only a single gene, EPHB3, surpassed the significance threshold after Bonferroni correction in gene‐based SKAT. In conclusion, based on functional annotation and results from previous endeavours, we believe that LCORL, RIMS2, LAP3, PRKAR2B, CHSY1, MAP2K6 and EPHB3 are candidate genes for bone weight. In general, such a comprehensive strategy for GWAS may be useful for researchers seeking to probe the full genetic architecture underlying economic traits in livestock.  相似文献   

Comparative analysis of ovarian transcriptomes between prolific and non‐prolific goat breeds via high‐throughput sequencing          下载免费PDF全文

X‐D Zi  J‐Y Lu  H Zhou  L Ma  W Xia  X‐R Xiong  D‐L Lan  X‐H Wu 《Reproduction in domestic animals》2018,53(2):344-351

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基于GIMMS NDVI 3g.v1的近34年青海省植被生长季NDVI时空变化特征     

代子俊  赵霞  李冠稳  王兴春  庞龙辉 《草业科学》2018,35(4):713-725

在气候变化和人类活动的综合影响下,青海省生态环境发生了明显变化。在此背景下,以GIMMS NDVI 3g.v1为数据源,采用Sen+Mann-Kendal方法研究青海省1982-2015年植被覆盖区域NDVI时空变化,将趋势分析和R/S(rescaled range analysis)分析叠加,研究植被生长季NDVI变化的持续性特征,并揭示植被对气候变化及人类活动的响应规律。结果表明:1)近34年青海省植被NDVI整体呈从西北到东南的增加趋势;且变异系数显示,波动性较大地区集中在柴达木盆地周边和青南牧区西北部等植被NDVI较低的区域,波动性较小地区集中在祁连山东部、东部农业区和青南牧区东南部等植被NDVI较高的区域。2)近34年青海省植被NDVI整体呈增加趋势,增长率为0.38%·10a~(-1);且NDVI变化具有明显的阶段性,存在1994年和2000年两个突变点。3)近34年青海省植被改善区域(75.4%)远大于退化区域(24.6%),其中显著改善面积占植被覆盖区域面积的40.9%,退化区随时间变化在空间上表现出明显的转移现象。4)Hurst指数表明,青海省植被变化反持续性较强,趋势分析与Hurst指数叠加得出,由退化转为改善的区域占植被覆盖区面积的13.7%,由改善转为退化的区域占植被覆盖区面积的44.3%,另41.5%的区域无法确定未来变化趋势。5)青海省植被生长季NDVI受气候变化和人类活动的双重影响,且不同植被类型对气候变化的响应存在较大差异。  相似文献   

黄花苜蓿花药培养再生体系的建立与单倍体鉴定     

徐舶  高霞  石凤翎  崔楠  乌日娜 《草业科学》2018,35(5):1090-1097

花药组织培养再生体系的构建是单倍体育种的重要途径之一。本研究对呼伦贝尔黄花苜蓿(Medicago falcate‘Hulunbeier’)进行了花药组织培养研究并建立了花药组培再生体系。结果显示,液体悬浮培养基比固体培养基更适合呼伦贝尔黄花苜蓿花药愈伤组织的培养,其愈伤形成的培养条件为B5培养基+0.5 mg·L~(-1) 2,4-D+0.25 mg·L~(-1) 6-BA+0.4mg·L~(-1) NAA+3.0mg·L~(-1) KT;分化培养基为MS+1.0mg·L~(-1) 2,4-D+0.5mg·L~(-1) 6-BA+2%蔗糖+0.7%琼脂;生根培养基为1/2MS+0.1mg·L~(-1) NAA+2%蔗糖+0.7%琼脂;获得的再生植株经流式细胞仪鉴定,其单倍体比例高达27%。  相似文献   

大米草中耐盐乳酸菌的分离鉴定及对大米草青贮品质的影响     

陈堞  林凯程  林沁  陈霞  陈鑫珠 《草地学报》2020,28(2):565-570

本试验旨在研究大米草（Spartina anglica Hubb.）中耐盐乳酸菌的分离鉴定及对大米草青贮品质的影响，以期为大米草青贮利用提供技术支持和理论依据。试验采用传统培养法筛选出耐盐浓度为10%的乳酸菌菌株，通过生理生化及16S rDNA序列分析法综合鉴定筛选的菌株，并将其添加到大米草原料中进行青贮效果观察。结果表明：分离获得的42株乳酸菌菌株，耐盐溶度最高为10%的4株乳酸菌均为同型发酵的植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum），命名为C1、C2、C3和C4。4株乳酸菌均能提高大米草的青贮发酵品质，其中C4显著提高青贮料的可溶性碳水化合物和粗脂肪含量（P<0.05），显著降低青贮料的氨态氮含量（P<0.05）；另外，C4处理组的干物质含量和乳酸含量显著高于其他3个菌株处理组（P<0.05），中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维、半纤维素和丁酸含量显著（P<0.05）低于其他3个菌株处理组，青贮效果最佳。  相似文献   

叶面喷施吲哚乙酸对油菜蕾薹期渍水的缓解效应   总被引：1，自引：0，他引：1  

陶霞  李慧琳  万林  周琴  江海东 《中国油料作物学报》2015,37(1):55-61

以油菜品种秦优7号(敏感)和苏油4号(耐渍)为材料,通过盆栽试验研究吲哚乙酸(IAA)对油菜蕾薹期渍水的缓解效应。蕾薹期渍水持续10d,渍水结束后,叶面喷施浓度为0.1mmol/L的IAA,随后的0~15d调查油菜的生理变化。结果发现:渍水后生物量和叶片光合色素含量降低;谷胱甘肽、抗坏血酸含量和超氧化物歧化酶活性升高;丙二醛含量升高;蔗糖合成酶、蔗糖磷酸合成酶活性上升,蔗糖和可溶性糖含量增加。渍水结束后喷施IAA,对敏感的秦优7号缓解效应更明显;叶片中的光合色素含量升高,5d后显著恢复生长;蔗糖磷酸合成酶活性降低,降低蔗糖含量;蔗糖合成酶活性降低,减少蔗糖的分解;尤其是喷施15d后IAA对渍水胁迫的缓解作用最明显,苏油4号根干重显著增加,而秦优7号的根干重和茎干重均显著增加。叶面喷施IAA有效缓解单株角果数、每角粒数和产量的降低,但对抗氧化系统影响较小。  相似文献   

温湿度对烤烟醇化过程中各化学成分的影响   总被引：2，自引：0，他引：2  

夏宇  陈刚  刘秀丽  孙建锋 《北京农业》2011,(33):17-18

从测定与烤烟醇化相关的指标物质入手,研究醇化库的温、湿度等条件对片烟醇化的影响。高温低湿(35℃70%)条件下既能保证烟叶含水量的安全,同时也促进了烟叶中物质的转化过程,加快了醇化进程,是本研究条件下最佳的醇化条件。  相似文献   

菊花花瓣伸长相关基因CmXTHs的克隆与功能验证     

温立柱  孙霞  任红  樊红梅  于媛媛  郭芸珲  郑成淑 《园艺学报》2017,44(11):2150-2162

从杭白菊(Chrysanthemum morifolium‘Hangbaiju’)中克隆了4个细胞壁松弛和伸展相关的木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶基因,分别命名为CmXTH1、CmXTH2、CmXTH3和CmXTH4,序列分析表明其编码的氨基酸序列N端都含有23~30个氨基酸组成的信号肽区域和保守的催化活性位点DE(I/L)DEFLG以及紧邻的N(R/A)T组成的N端糖基化位点,CmXTH1/2/3的C端均含有4个保守的半胱氨酸残基,CmXTH1/2/3/4蛋白的相似度为66.2%。系统进化分析结果表明,CmXTH1/2/3属于XTH家族Ⅰ组,CmXTH4属于Ⅱ组。实时荧光定量结果表明:(1)菊花CmXTH1/2/3/4在根、茎、叶和花蕾中均有表达。CmXTH1在根中表达量较高,CmXTH2/3在茎中表达量较高,CmXTH4在花蕾中表达量最高。(2)CmXTH1/2/3/4在花序不同部位表达量有差异,CmXTH1/4在舌状花中表达量最高,CmXTH2/3在筒状花中表达量较高。(3)CmXTH1/2/3/4在舌状花不同发育阶段表达量差异显著,CmXTH1/2在盛花期表达量最高,CmXTH3在衰老期表达量最高,CmXTH4在初开期表达量最高。病毒诱导基因沉默结果表明,CmXTH1/2/3/4沉默系的花序直径和舌状花长度与对照相比均有所减小,其中CmXTH4沉默系减小最大,分别减小了25.67%和10.42%,舌状花花瓣表皮细胞与对照相比明显变小,影响了舌状花花瓣的伸长;CmXTH2沉默系的筒状花雄蕊长度和CmXTH4沉默系的花萼直径分别与对照相比显著减小。这表明菊花CmXTH1/2/3/4基因参与了花序的开放,促进了舌状花花瓣的伸长,对于菊花的花序增大具有重要作用。  相似文献   

农药市场常见违法行为分析与建议     

夏丽娟  万莉  罗瑞 《农药科学与管理》2015,(2):4-6

本文对四川省近5年立案查处的农药市场违法案件进行整理,对案例反映出的农药市场常见违法行为进行归类分析,并提出了相应的监管建议,试图给农药市场监管工作提供参考。  相似文献   

江浙地区葡萄霜霉病菌的致病性差异研究     

张眉  郭霞  吴斌  姜珊珊  王升吉  杨万海  辛相启 《中国农学通报》2020,36(31):103-109

为明确江苏、浙江不同地区葡萄霜霉病菌的致病性分化情况,采用单斑分离法和叶盘接种法,对分离得到的不同葡萄霜霉病菌单斑菌株进行致病性测定。结果表明,分离获得的80个葡萄霜霉病菌株都有致病性,且2个省份均有半数以上的菌株的病情指数在40~60之间。致病力聚类分析表明,2个省份的菌株都可以聚类为强、中、弱3种致病力类型,江苏以强致病力菌株为优势菌株,浙江以中等致病力菌株为优势菌株。对同一省份的菌株进行致病力分析发现,江苏树山和浙江永福的菌株致病力明显强于同省其他地区,而江苏新坊和浙江上钱的菌株与同省其他地区相比,致病力最弱。同时,构建菌株的系统发育树,结果显示,同源性相同的菌株间有致病力不同的情况,致病力相同的菌株间也存在rDNA-ITS序列有差异的情况。综上,江苏、浙江的葡萄霜霉病菌都存在致病力分化现象,这种分化现象与菌株的亲缘关系远近没有相关性,但同一省份不同地区间的菌株致病力差异与菌株的地理来源有一定的相关性。  相似文献