树上干杏指纹图谱构建与亲缘关系研究初探     

丛桂芝  王瑾  陈淑英  石游  陶俊  阿布地萨拉木·艾尼外尔  许正 《农学学报》2021,11(1):51-56

为进一步探究树上干杏亲缘关系,本研究利用SSR分子标记引物技术,通过PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对树上干杏等9个杏品种(类型)的18对SSR多态性引物进行鉴定,获得DNA指纹图谱,从DNA水平鉴定伊犁树上干杏品种与其他杏品种(类型)之间的亲缘关系远近.对各杏品种(类型)间亲缘关系进行聚类分析,结果表明:杏1(...  相似文献   

安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析     

汪焕  江河  段国庆  周华兴  胡玉婷  凌俊  潘庭双  陈小雷 《安徽农业大学学报》2020,47(1):25

通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。  相似文献   

Effects of different molecular weights of chitosan on methane production and bacterial community structure in vitro          下载免费PDF全文

TONG Jin-jin  ZHANG Hua  WANG Jia  LIU Yun  MAO Sheng-yong  XIONG Ben-hai  JIANG Lin-shu 《农业科学学报》2020,19(6):1644-1655

As a new feed additive, chitosan has been shown in recent years to have a certain role in reducing methane emissions from the gastrointestinal tracts of ruminants. However, the effects of chitosan with different molecular weights on rumen fermentation, methane production and bacterial community structure are not yet clear. A basal diet without chitosan served as the control(CTL), and the treatment diets were supplemented with chitosan with different molecular weights: 1 000(1K), 3 000(3K), 5 000(5K), 50 000(5W) and 200 000(20W) dry matter(DM). Six fermentation units per treatment were established. Gas chromatography was used to measure the concentrations of methane, H_2 and volatile fatty acids(VFAs). The bacterial 16S rRNA genes were sequenced with an Illumina MiSeq platform and analysed to reveal the relative abundances of bacterial community taxa. The results showed that the propionate proportion was significantly increased by the addition of chitosan with different molecular weights(P0.05), while methane production and the acetate proportion were significantly decreased(P0.05). The relative abundances of Rikenellaceae_RC9_gut_group and Prevotellaceae_UCG_003 were significantly increased in the 3K chitosan group compared with the CTL group, whereas the relative abundance of Ruminococcaceae_NK4A214_group was significantly decreased(P0.05). Correlation analyses of the relative abundances of the bacterial genera showed that Prevotella was positively related to propionate production(P0.05). In conclusion, 3K chitosan could reduce methane production by replacing fibrolytic bacteria(Firmicutes and Fibrobacteres) with amylolytic bacteria(Bacteroidetes and Proteobacteria) in the bacterial community structure.  相似文献   

基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

高源  王大江  王昆  丛佩华  张彩霞  李连文  朴继成 《园艺学报》2020,47(5):853-863

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列,基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp,共有173个多态性变异位点,其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中,trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个,单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA（Hd = 0.775,Pi = 0.02143）,最低的为5′trnL-trnF（Hd = 0.481,Pi = 0.00072）。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高（Hd = 0.854,Pi = 0.00949）。Tajima’s D检验中,4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著,楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部,不同居群间基因交流频繁,多数居群间遗传分化较少,与地理距离不完全相关。  相似文献   

基于DNA条形码的红翅大小蠹和黄杉大小蠹分子鉴定     

田虎  于培文  娄巧哲  徐志彬  杨晓丽  王新军  郝常  郭扬振 《植物检疫》2020,(1):30-34

外来有害生物的快速准确鉴定有助于提高口岸检疫效率。红翅大小蠹(Dendroctonus rufipennis)和黄杉大小蠹(D. pseudotsugae)作为大小蠹属的非中国种是我国口岸原木检疫中频繁截获的检疫性有害昆虫。本研究以mtDNA COI基因5′端和3′端序列为标记对红翅大小蠹与黄杉大小蠹的11个样本开展分子鉴定有效性评价。结果显示,当以COI基因5′端和3′端为靶标时,两种大小蠹间的平均遗传距离分别为0.181和0.144,是种内遗传距离的60.3和48倍,且种内、种间遗传距离间无重叠现象,在系统发育树上都能聚为独立的分支,表明mtDNA COI基因5′端和3′端序列均可有效区分红翅大小蠹与黄杉大小蠹。  相似文献   

不同保存方法对光皮桦总DNA提取效果的影响   总被引：10，自引：0，他引：10  

李志真  谢一青  黄儒珠  黄勇  陈杰 《分子植物育种》2006,4(1):131-134

光皮桦是一种顽拗类植物,其鲜叶组织中富含酚类、糖类及其他次生代谢物。这些物质很容易使鲜叶发生褐变,从而严重影响植物基因组DNA的提取质量。本文以新鲜嫩叶为对照,比较了-20℃冷藏、硅胶干燥、改进的饱和NaCl-CTAB溶液保存和核分离缓冲液固定4种鲜叶保存方法对提取光皮桦基因组总DNA效果的影响,寻找最佳的光皮桦嫩叶保存方法。并以提取的核酸得率、纯度、片段分布情况、是否含有PCR反应抑制剂等指标来评价其保存效果。结果表明:-20℃冷藏的样品未能提到DNA;新鲜样品、改进的饱和NaCl-CTAB溶液保存和核分离缓冲液保存的样品均提到纯度较好的DNA,大小在48Kb左右,得率为400!g/g鲜叶左右,并获得条带清晰、多态性好的PCR扩增图谱;用硅胶干燥保存的样品也能提到DNA,但得率低,为51.2!g/g鲜叶,且未获得条带完整、清晰的PCR扩增图谱。  相似文献   

茶树DNA去甲基化酶基因的全基因组鉴定及表达分析     

陈瑶  张伟富  任恒泽  熊飞  张豪杰  姚利娜  刘莹  王璐  王新超  杨亚军  郝心愿 《茶叶科学》2021,41(1):28-39

DNA去甲基化酶(dMTase)是主动去甲基化过程中具有糖基化酶和脱嘌呤裂合酶活性的双功能酶.基于茶树基因组数据,本研究利用生物信息学方法对茶树DNA去甲基化酶(CsdMTase)编码基因进行了全面鉴定和序列分析.全基因组鉴定结果表明,舒茶早基因组中包含4个CsdMTases,系统进化分析将CsdMTases分为DME...  相似文献   

入侵性食叶害虫椰子织蛾的单倍型多样性分析     

李优佳  杨帆  吕宝乾  何荣晓  蔡波 《华南农业大学学报》2020,41(4):76-81

【目的】分析危害棕榈科Palmae植物的一种重要入侵食叶害虫椰子织蛾Opisina arenosella单倍型在原产地和入侵地的分布特点,揭示椰子织蛾入侵我国的虫源信息。【方法】利用线粒体COI基因分析16个地理种群共计172个样本,比较椰子织蛾印度种群和入侵地(中国、马来西亚和泰国)种群的遗传关系。【结果】片段长度为625 bp的172条序列共鉴定出12个单倍型,包含15个变异位点,构成2个明显的单倍型分支,其中一个分支由11个单倍型(IN1～IN11)组成,均来自印度种群,单倍型IN1是6个印度种群的共享单倍型,IN2～IN11为独享单倍型;另一个分支为单倍型HAP,由来自中国、马来西亚和泰国的种群共享;HAP与11个来自印度的单倍型IN1～IN11均存在4个变异位点。【结论】入侵地区的椰子织蛾种群来自同一基因型或者具有相同的入侵源;椰子织蛾种群入侵后受环境选择压力,在新栖息地产生新的突变或杂交。  相似文献   

基于SNP标记的爆裂玉米农家品种遗传多样性     

曾艳华  谢和霞  江禹奉  周锦国  谢小东  周海宇  谭贤杰  覃兰秋  程伟东 《作物杂志》2020,36(5):65-91

为了评价广西爆裂玉米农家品种的遗传多样性,利用56K SNP芯片技术对中国广西45个爆裂玉米农家品种、中国2个爆裂玉米杂交种和6个南美爆裂玉米种质进行全基因组扫描,获得多态性标记14 338个,基因分型为6 种类型。其中A/G类型最多,为5 805个;A/T类型最少,为149个。1号染色体的多态性SNP位点最多,为2 302个;10号染色体最少,为848个。45个农家品种间平均遗传相似系数为0.62,变幅为0.41~0.99,总体遗传相似度高。聚类分析将参试品种划分为三大类群,相同来源的农家品种大多聚在一起;主成分分析显示大部分农家品种聚在一起,与杂交品种和南美品种之间没有交集,表明农家品种遗传相似性较高,与杂交品种和南美品种遗传差异较大。  相似文献   

广东省主要红树林植物DNA条形码评价     

武锋  裴男才  廖宝文  管伟  姜仲茂  李玫 《东北林业大学学报》2020,(4):42-49

为评估DNA条形码对鉴定红树林植物的通用性和有效性,在广东红树林分布区域共计采集红树林植物16科22属23种,共144个样品,并进行DNA条形码测序。结果表明:选择的rbcL、matK和trnH-psbA 3个DNA片段的PCR扩增成功率分别为100%、80.29%±8.49%、99.38%±1.25%。测序成果率最高为rbcL 100%,trnH-psbA次之94.57%±5.06%,matK最低75.04%±6.26%。表明rbcL和trnH-psbA片段在红树林群落中都具有较好的通用性。应用BLAST和NJ Tree两种方法计算红树植物的物种识别率。BLAST结果表明,单片段中trnH-psbA的物种识别率最高,为84.48%±12.09%,rbcL次之,matK最低。NJ Tree分析显示单片段中rbcL的物种识别率最高,为66.65%±17.35%;trnH-psbA片段次之,matK片段最低。两张分析方法都显示多个片段组合使用时,rbcL或trnH-psbA是提高物种平均识别率的主要片段。利用单片段rbcL即可获得平均节点支持率最高的红树植物系统发育树,且能准确区分不同树种。trnH-psbA片段可以识别rbcL片段不能识别的物种,可以作为补充片段。综合比较,推荐rbcL、trnH-psbA作为红树林植物DNA条形码片段。  相似文献