长蒴母草黄脉病毒——一个双生病毒的新种     

车海彦  刘先宝  杨旭光  符瑞益  罗大全 《植物病理学报》2007,37(6):578-583

 从采集于海南儋州地区表现黄脉症状的长蒴母草(Lindernia anagallis)上分离到病毒分离物L2, DNA-A全序列分析结果表明, 全长2739个核苷酸(nt)(GenBank登录号:AY795900), 共编码6个ORF, 其中病毒链编码AV1(CP)、AV2, 互补链编码AC1、AC2、AC3、AC4。利用BLAST程序对DNA-A进行分析表明, 与L2 DNA-A有同源关系的病毒均为双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)成员。进一步比较发现, L2 DNA-A与我国广东报道的广东番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Guangdong virus, ToLCGuV)(AY602165)全基因组核苷酸序列的同源性最近, 仅为77.0%, 说明L2为Begomovirus中的一个新种, 命名为长蒴母草黄脉病毒(Lindernia anagallis yellow vein virus, LAYVV)。与L2的IR区及各基因编码的氨基酸序列有最高同源性的病毒均来源于亚洲。利用DNA-B特异引物和DNA-β的特异引物, 均未检测到DNA-B和卫星DNA-β的存在。  相似文献   

玉米温光敏雄性不育系9417叶片叶绿体蛋白质差异分析     

王帅  韩红江  田琴  李维平 《西北农业学报》2012,21(12):57-60

对玉米温光敏感雄性不育-可育 “两用系”9417的不育型和可育型叶片中的叶绿体蛋白质组进行研究，试图找出不育型与可育型的差异蛋白,确定导致不育的蛋白。利用SDS PAGE凝胶电泳，对玉米雄性不育 可育“两用系”不育型与可育型8叶期功能叶叶绿体蛋白质组中的差异蛋白进行分析。结果表明，不育型与可育型存在3条蛋白差异条带，其中No.1条带为不育型中新出现的蛋白质条带，而其余两条条带只在表达丰度上有差别。利用MALDI TOF MS方法，运用MASCOT软件于NCBI数据库中进行数据查询，结果显示No.1条带中含有3种蛋白质，而这3种差异蛋白的出现可能与玉米不育性有关。  相似文献   

全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用     

刘继强  郝晓东  武丽娜  廖诗莹  冯羿方  弥世荣  刘燊  刘建  张龙超 《畜牧兽医学报》2022,53(12):4123-4137

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。  相似文献   

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析     

任钰为  王峰  王成  张艳  孙瑞萍  刘海隆  乔传民  邢漫萍  黄丽丽  曹宗喜  晁哲 《畜牧兽医学报》2022,53(12):4172-4182

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。  相似文献   

猪基因组结构变异研究进展     

宗文成  王立刚  宋成义  王立贤  张龙超 《畜牧兽医学报》2022,53(9):2833-2844

结构变异（structural variation,SV）广泛分布在基因组中,并主要以缺失、插入、重复、倒位和易位的形式出现。SV可以通过不同的机制直接或间接影响基因剂量,从而导致畜禽的表型变异,甚至引起疾病。随着分子生物学的发展和新基因组技术的进步,SV在猪基因组的研究越来越多,主要包括繁殖性状、肉质性状、生长性状、毛色、疾病等。本文参考了国内外相关报道,对SV的定义、分类、形成机制、检测方法以及在猪基因组的研究进展进行综述,并对目前SV研究存在的问题提出了建议以及未来的研究趋势进行了展望。  相似文献   

1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的分离鉴定及基因组序列分析     

胡晓冰  林标声  王振伟  郑黎静 《中国畜牧兽医》2022,49(2):569-578

【目的】 研究1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的基因组信息。【方法】 采用厌氧培养法, 通过乳酸分解培养基(LADM)初筛、梭菌增殖培养基(RCM)复筛, 从饲喂乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离利用乳酸快、丁酸转化率高的菌株, 对所筛选的菌株进行形态鉴定、16S rDNA序列分析、乳酸转化特性试验、基因组重测序和框架图测序, 并对其编码蛋白进行功能注释。【结果】 分离得到1株分离菌LY33, 基于形态和16S rDNA序列分析鉴定为丁酸梭菌。菌株LY33对乳酸具有较好的利用能力, 在生长第6天可将66 mmol的乳酸基本转化完全, 生成17 mmol左右的丁酸。LY33菌株的重测序表明, 其编码基因整体变异较小, 与参考基因组相比, LY33菌株全基因组杂合比率为0.022‰, 单核苷酸多态性(SNP)位点变异总数21 590个(占整个基因组0.4666%), 插入缺失(InDel)突变总和594个(占0.0128%), 不存在拷贝数变异(CNV), 结构变异(SV)注释的变异总数103个(占0.0003%)。突变基因主要为与菌株生长、能量代谢调节、维生素合成(特别是生物素)有关的基因, 分布于2条染色体的多条序列上。LY33菌株框架图测序及其编码基因蛋白的功能注释表明, 其基因组序列长度4 627 127 bp, GC含量28.60%, 含有4 171个基因, 编码区总长度占比84.12%, 参与了糖代谢(carbohydrate metabolism)、膜转运(membrane transport)和氨基酸代谢(amino acid metabolism)等多种代谢途径转化过程, 基因组中抗大环内酯类药物、抗杆菌肽、VanI糖肽抗性基因个数较多。【结论】 本研究从饲喂4%乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离到1株利用乳酸快、丁酸转化率高的LY33菌株, 经鉴定为丁酸梭菌, 其具有良好的应用前景, 可作为一种新的微生物资源用于微生态制剂产品。  相似文献   

Wood identification of JapaneseCyclobalanopsis species (Fagaceae) based on DNA polymorphism of the intergenic spacer betweentrnT andtrnL 5′ exon     

Motonari Ohyama  Kei'ichi Baba  Takao Itoh 《Journal of Wood Science》2001,47(2):81-86

DNA was extracted from wood samples of six representativeCyclobalanopsis species (Fagaceae) growing in Japan that cannot be distinguished from one another by conventional microscopy. A part of the intergenic spacer region betweentrnT andtrnT 5 exon was amplified and sequenced. The sequences obtained from wood samples were grouped into three DNA types by a single nucleotide polymorphism as reported previously in leaf samples: I (Quercus acuta, Q. sessilifolia, Q. salicina), II (Q. myrsinaefolia, Q. glauca), and III (Q. gilva). Thus,Q. gilva can be distinguished from the otherQuercus species, and the others are separated in two subgroups based on DNA polymorphism. The present findings support the possibility of wood identification based on DNA polymorphism.  相似文献   

香蕉束顶病毒基因组和编码蛋白的研究进展     

李云  魏红艳 《河北林果研究》2004,19(1):90-95

香蕉束顶病毒是一直径约为18～20nm的等轴病毒粒子，基因组至少由6个组分组成。它们有3个共同区域：开放阅读框架、主要共同区和颈环共同区。这些组分编码的蛋白为：BBTV DNA—1编码了复制起始蛋白；BBTV DNA—2和BBTV DNA—6编码的蛋白功能未定；BBTV DNA—3编码病毒的外壳蛋白；BBTV DNA—4编码运动蛋白；BBTV DNA—5编码类成视网膜细胞瘤结合蛋白。  相似文献   

犬细小病毒JL-M13株的分离鉴定及全基因组序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

仝明薇  易立  程世鹏 《动物医学进展》2015,(1)

将检测为犬细小病毒(CPV)阳性的病料经处理后接种F81细胞盲传3代并获得一株细小病毒,命名为JL-M13。应用重叠PCR技术从JL-M13中扩增出5条核苷酸序列,拼接后进行序列分析。结果表明,所获病毒核酸基因组大小为4 621bp,与其他犬细小病毒的基因相似性为98.2%~99.4%。系统发育树分析表明,JL-M13与CPV-2毒株(EF011664.1)相似率最高,与Type-2型犬细小病毒疫苗株相距较远。  相似文献   

猪圆环病毒2型LN株初步分离与全基因组测序     

梅娜丽  王刚刚  李天丽  王亚丹 《畜牧与饲料科学》2015,(1)

为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)在河南地区猪场的流行情况,采用常规方法对采集自河南省洛阳市某猪场病料中的PCV-2进行了分离,并对其全基因组进行了扩增、克隆和测序。结果表明,从患病仔猪的病料中分离到了1株PCV-2,命名为LN株,该毒株的全基因组序列大小为1 767 bp。该试验结果为从分子水平上揭示PCV-2的致病特性,开发PCV-2的相关疫苗和诊断产品奠定了基础。  相似文献