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竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)假说提出具有相同短序列非编码微小(microRNA,miRNA)应答元件(microRNA response element,MRE)的转录物通过竞争的方式结合miRNA,从而影响转录物的表达水平。ceRNA假说颠覆了miRNA与靶基因单向调控的传统观念,在RNA调控网络中具有重要的生物学意义。在众多转录物中,长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)是一类序列长度超过200个核苷酸的非编码RNA,对lncRNA的研究涉及到遗传、分子生物、基因调控、疾病(癌症、神经系统疾病等)等领域。miRNA与lncRNA形成了一个相互作用的调控网络,lncRNA可作为ceRNA抑制miRNA的功能,从而影响后续基因的表达。近年来,随着生物信息学技术的发展,科研人员发现ceRNA作用机制不仅涉及到人类癌症疾病,而且在各种复杂动物的肌细胞分化、脂肪细胞分化和颗粒细胞凋亡等生物过程中也发挥重要的调控作用。作者追溯了ceRNA调控机制,分析了ceRNA网络调控的影响因素,综述了ceRNA在不同动物中调控miRNA的研究进展,为进一步研究lncRNA与miRNA的调控网络提供参考,为畜牧业发展及复杂动物疾病治疗提供新的思路。 相似文献
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植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRa V),并分别得到占MMLRa V 2个组分全基因组14.19%和21.86%的核酸序列。进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRa V基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRa V。通过生物信息学方法分析表明,MMLRa V来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点。研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段。 相似文献
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《中国蜂业》2016,(10):18-20
大量提取含小RNA的油菜蜂花粉总RNA,为研究油菜蜂花粉所含外源性miRNA在动物和人体内发挥的生理和病理功能研究奠定基础。改良苯酚-氯仿法大量提取油菜蜂花粉总RNA,Nanodrop 2000检测浓度和质量,琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性;所得的总RNA经过RT-qPCR扩增。提取的总RNA260/280为2.11,产量高于1‰。电泳条带清晰,完整性良好。可扩增出油菜基因组中的miR-159和miR-166a,且可进行丰度差异比较。本方法能大量提取包括油菜蜂花粉在内的植物RNA(含小RNA),为中草药和其他植物来源天然产物中功能性miRNA在动物和人体内发挥的生物学功能研究奠定基础。 相似文献
76.
《畜牧与兽医》2016,(2):70-73
为了构建猪骨骼肌肌球蛋白轻链激酶(sk MLCK)基因有效短发夹RNA(shRNA)的慢病毒载体,筛选出最佳干扰效率的序列,采用RNAi技术,设计并合成3条siRNA干扰序列,插入到慢病毒穿梭质粒(h U6-CMV-puror-Ploy A)上,与慢病毒包装系统共转染293T细胞,收集病毒上清并进行病毒滴度的测定,将其转染小鼠C2C12细胞,分别用实时定量PCR和Western blot方法检测细胞中sk MLCK基因mRNA和蛋白的表达。结果显示:PCR扩增和测序分析结果显示靶向sk MLCK RNAi慢病毒载体构建成功;转染小鼠C2C12细胞后,sk MLCK基因mRNA和蛋白均受到不同程度抑制,实时定量PCR显示,抑制率分别为(29.2±4.43)%、(76.4±7.33)%、(20.0±1.8)%;Western blot显示,抑制率分别为(29.6±5)%、(42.4±1.6)%、(34.3±1.2)%。结论:成功构建猪sk MLCK基因有效shRNA的慢病毒载体,确定干扰载体-2(sk MLCKRNAi-2)具有最佳干扰效果,证实sk MLCK基因RNAi慢病毒载体能有效抑制目的基因mRNA和蛋白的表达,为进一步研究该基因与肌肉肉质性状的关系奠定了基础。 相似文献
77.
为解析二化螟Chilo suppressalis体内参与降解双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)的关键核酸酶的功能,克隆二化螟不同的非专一性核酸酶(non-specific nuclease,NUC)基因,并对这些基因进行生物信息学分析和组织定量表达分析,同时对dsRNA降解酶(dsRNA degrading nuclease,dsRNase)活力的组织分布进行研究。结果显示,共克隆获得5个NUC基因,其中有4个编码dsRNase亚家族基因(CsdsRNase1~CsdsRNase4)和1个编码Endonuclease G亚家族基因(CsEndoG)。5个NUC基因的开放阅读框核苷酸序列长度范围为828~1 338 bp,编码275~445个氨基酸残基,其分子量大小为31.68~49.57 kD,预测等电点为5.48~9.42。CsdsRNase1和CsdsRNase2含有信号肽序列,两者相似度极高,且与家蚕Bombyx mori和斜纹夜蛾Spodoptera litura中具有dsRNA降解酶活力的dsRNase同源聚类;CsdsRNase1和CsdsRN... 相似文献
78.
为明确草栖钝绥螨Amblyseius herbicolus对二斑叶螨Tetranychus urticae的控制潜能,在温度分别为19、22、25、28和31℃、相对湿度均为(85±5)%、光周期均为16 L∶8 D条件下测定草栖钝绥螨对二斑叶螨各螨态的捕食偏好性、捕食功能反应及自身干扰反应。结果表明,草栖钝绥螨对二斑叶螨幼螨和第1若螨具有嗜食性,对其捕食选择系数分别为2.22和1.27,均大于1.00,对二斑叶螨卵、第2若螨和雌成螨捕食选择系数分别为0.61、0.68和0.22,均小于1.00。在不同温度条件下,草栖钝绥螨对二斑叶螨各螨态的捕食功能反应均符合HollingⅡ型;在19~31℃范围内,草栖钝绥螨对二斑叶螨各螨态的瞬时攻击率、最大日捕食量和捕食能力均随着温度升高呈先升高后降低的趋势,在28℃时达到最大值;而草栖钝绥螨对二斑叶螨各螨态的处理时间随着温度升高呈先缩短后延迟的趋势,在28℃下处理时间最短。在相同温度下,草栖钝绥螨对二斑叶螨卵、幼螨和第1若螨的捕食作用较强。在有限的捕食空间和二斑叶螨密度固定的条件下,草栖钝绥螨单头捕食量和捕食作用率随其自身密度的增加而逐渐下降,说... 相似文献
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植物病毒病给蔬菜生产带来很大影响,目前蔬菜病毒防控主要采用非药剂措施,广谱抗病毒剂效果有限,需要基于新的药物靶点开发新的病毒抑制剂。G-四链体(G4s)是一种特殊的核酸高级结构,其在病毒基因组中的形成或解链可调节基因的复制、转录和翻译等过程,进而影响病毒增殖。一些可调节G-四链体结构稳定性的小分子呈现出抗病毒活性,使得G-四链体有望成为新的抗病毒药物的靶标。番茄丛矮病毒(tomato bushy stunt virus, TBSV)是一种分布广泛的植物病毒,有关其基因组的复制、转录和翻译等分子机制已研究得较为成熟,是一种研究病毒与寄主互作的模式病毒。揭示TBSV中G-四链体的结构及功能,有望为植物病毒基因中G-四链体的研究奠定基础。本研究通过生物信息学分析,在TBSV基因中鉴定出两条保守的、潜在的G-四链体可形成序列(putative G-quadruplex sequences, PQS)——TBSV-PQS2和TBSV-PQS4;通过紫外、荧光光谱和圆二色光谱(CD光谱)方法筛选出与TBSV-PQS2和TBSV-PQS4互作的G4配体;通过烟草体内侵染性克隆试验发现,G-四链体配体... 相似文献
80.
为了筛查动物医院临床血清样本中的干扰抗体以避免其实验室检测结果呈现假阳性,影响临床诊断,试验采用一种独立于物种的双抗体夹心酶联免疫吸附测定(ELISA)法对来自于福建省部分地区动物医院接诊的犬、猫血清样本进行干扰抗体筛选和评估,用鸡IgY替换纯化小鼠IgG进行干扰抗体消除试验,并对干扰抗体阳性率与样本基本特征进行关联性分析。结果表明:在83份犬血清样本中,有19份样本为干扰抗体阳性,阳性率为22.9%;在81份猫血清样本中,有11份样本为干扰抗体阳性,阳性率为13.6%。经干扰抗体消除试验后,所有阳性血清样本中的干扰抗体均得到了有效消除。不同年龄、性别、绝育情况与品种犬之间的干扰抗体阳性率均差异不显著(P>0.05);不同年龄猫之间的干扰抗体阳性率显著差异(P<0.05),不同性别、绝育情况与品种之间的干扰抗体阳性率差异不显著(P>0.05)。说明所检测的犬、猫血清样本中存在干扰抗体,用鸡IgY替换纯化小鼠IgG可对干扰抗体进行有效消除。 相似文献