Identification of a candidate gene for Re,the factor determining the red leaf phenotype in ornamental kale using fine mapping and transcriptome analysis          下载免费PDF全文

Jie Ren  Wei Fu  Jiangtao Du  Ailin Hou  Zhiyong Liu  Hui Feng 《Plant Breeding》2017,136(5):738-748

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Identification of genic SSRs in jute (Corchorus capsularis,Malvaceae) and development of markers for phenylpropanoid biosynthesis genes and regulatory genes          下载免费PDF全文

Pratik Satya  Avrajit Chakraborty  Sourav Jana  Snehalata Majumdar  Maya Karan  Debabrata Sarkar  Subhojit Datta  Jiban Mitra  Chandan S. Kar  Pran Gobinda Karmakar  Nagendra K. Singh 《Plant Breeding》2017,136(5):784-797

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马铃薯品种遗传多样性分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

段绍光  金黎平  李广存  卞春松  徐建飞  胡军  屈冬玉 《作物学报》2017,43(5):718-729

为解析一套(559份)从世界各国收集的马铃薯种质资源的遗传多样性,用16个表型性状和36个SSR标记进行了聚类和多样性参数分析。对454份表型数据完整材料的UPGMA聚类分析表明,在欧氏距离14.66处被聚成2个类群(A_1和A),其中A_1在欧氏距离12.74处被分为A_(11)和A_(12)亚群;454份材料在欧氏距离11.73处被划成9个类群,包括4个小类(A、B、C和H)和5个大类(D、E、F、G和I),其中类群I所包括的材料占总数的57.5%,该结果较好地揭示了马铃薯种质材料之间的形态差异,区分生态类型不同和遗传差异明显的亲本。36个SSR标记在559份材料中共检测出134个多态性位点,每对引物检测1~7个等位变异,平均3.72个,引物多态性信息量(PIC)为0.1545~0.7743,平均为0.5783,说明品种间有丰富的遗传多样性。NJ系统进化树分析表明,559份材料可分为3个大群。类群I为一个混合群,各地区品种均有分布,包括133份马铃薯材料,占总数的23.8%;类群II中欧洲、北美及中国东北和西北地区的材料所占比重较大,数量为187,占33.5%;类群III中北美、南美以及中国东北和西南地区马铃薯材料所占比重较大,包含239份材料,占42.8%。表型性状聚类与SSR分子标记聚类结果相似,均与地理位置有很大相关性,应结合共同用于评价马铃薯品种遗传多样性。  相似文献   

SSR标记对甜瓜杂交种‘众天翠雪’纯度的鉴定     

赵光伟  徐永阳 《中国农学通报》2017,33(9):37-40

旨在筛选能够用于甜瓜杂交种纯度和真实性鉴定的SSR引物。利用公认的18对多态性较好的甜瓜SSR(Simple Sequence Repeats)引物对甜瓜杂交种"众天翠雪"及其亲本进行多态性筛选,并在杂交群体中进行验证。13对引物在亲本间具有多态性条带,经过多次重复,筛选到2对引物在亲本间具有多态性、子代中兼具双亲条带,并且在子代群体中检测结果与田间形态鉴定结果一致。引物RF151和RF144能够作为‘众天翠雪’杂交种纯度鉴定的特异引物进行纯度检测。作为共显性标记特性的SSR分子标记可以作为杂交种纯度鉴定的重要工具。  相似文献   

杨梅基因组SSR引物的开发与应用   总被引：2，自引：0，他引：2  

张淑文  梁森苗  郑锡良  任海英  朱婷婷  戚行江 《园艺学报》2019,46(1):149-156

基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/CT的出现频率最高,为55.70%,占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个,占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个,占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个,占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。  相似文献   

马铃薯高世代选系疮痂病抗性评价及SSR辅助筛选     

宋志军  白雅梅  张静华  张抒  李辉  吕文河  魏琪 《中国蔬菜》2019,1(8):34-41

利用国外种质资源创造的20 份高世代马铃薯无性系为试材,以尤金为感病对照,克新18 号为抗病对照,采用自然 病圃和人工接种的鉴定方式进行疮痂病抗性评价,利用SSR 分子标记分析试材之间的亲缘关系,并对比SSR 遗传相似性系 数聚类结果和试材抗病性分类结果,探究利用SSR 分子标记辅助筛选疮痂病抗病资源的可行性。从试验地土壤和感病块茎 共分离纯化具有链霉菌特征的菌株278 份,其中240 份来自于块茎,38 份来自于土壤。具有致病力的菌株127 株,经鉴定 全部属于Streptomyces scabies 菌种。试材间的抗病性存在明显差异,可分为高抗、中抗、中感和高感4 个类型。人工接种与 自然病圃抗性鉴定结果存在极显著相关（R²=0.946 7）。抗病类型与感病类型通过SSR 遗传相似性系数聚类大致可以区分。  相似文献   

Identification of Co-dominant SSR Markers Associated with Genes Controlling α′-and α-subunit-null β-conglycinin Phenotypes in Soybean (Glycine max (L.) Merr.)     

Pang Ze  Li Ming-xue  Zhou Jin-tao  Qiu Zhen-dong  Song Ying-ji  Song Yan-ru  Waqar Ahmed  Song Bo  Liu Shan-shan 《东北农业大学学报(英文版)》2021,28(1):1-14

Studies have shown that the three subunits of β-conglycinin are the main potential allergens of soybean sensitive patients.And β-conglycinin has adverse effects on nutrition and food processing.So solation and production of lines with lower β-conglycinin content has been the focus of recent soybean breeding projects.Soybean lines with deficiency in one or all subunits of β-conglycinin have been obtained.An effective and rapid system to identify such mutations will facilitate genetic manipulation of the β-conglycinin subunit composition.Here,two segregating F_2 populations were developed from crosses between Cgy-1/cgy-1 (CC),an α′-lacking line (Δα′),and DongNong 47 (DN47),a wild-type (Wt) Chinese soybean cultivar with normal globulin components,and Cgy-2/cgy-2 (CB),an α-lacking line (Δα),and DN47.These populations were used to estimate linkage among the cgy-1 (conferring α′-null) and cgy-2 (α-null) loci and simple sequence repeat (SSR) markers.Seven SSR markers (Sat_038,Satt243,Sat_307,Sat_109,Sat_231,Sat_108 and Sat_190) were determined to co-segregate with cgy-1,and six SSR markers (Satt650,Satt671,Sat_418,Sat_170,Satt292 and Sat_324) co-segregated with cgy-2.Linkage maps being composed of seven SSR markers and cgy-1 locus,and six SSR markers and the cgy-2 locus were then constructed.It assigned that the cgy-1 gene to chromosome 10 at a position between Sat_307 and Sat_231,and the cgy-2 gene to chromosome 20 at a position between Satt650 and Satt671.These markers should enable map-based cloning of the cgy-1 and cgy-2 genes.For different subunit-deficiency types[α′-null,α-null and (α′+α)-null types],the two sets of SSR markers could also detect of polymorphism between three normal cultivars and seven related mutant lines.The identification of these markers is great significance to the molecular marker-assisted breeding of soybean β-conglycinin subunits.  相似文献   

棉花DUS测试标准品种的SSR指纹数据库构建   总被引：7，自引：2，他引：7  

匡猛  王延琴  周大云  方丹  马磊  杨伟华 《棉花学报》2015,27(1):46-52

基于SSR核心引物,采用荧光毛细管电泳检测系统与多重PCR技术相结合,构建我国棉花DUS(Distinctness,Uniformity and Stability)测试标准品种的DNA指纹数据库并进行遗传多样性分析。依据多重PCR组合的基本原则与五色荧光检测系统的特点,采用40对核心引物构建了10个4重PCR组合,利用DNA遗传分析仪进行指纹检测与数据采集。40对荧光引物在30份DUS测试标准品种中共扩增产生146个等位变异,每对引物的等位变异数为2~7个不等,平均每对引物产生3.65个等位变异。海7124与陆地棉品种明显划分为2类,来源于新疆的新陆早1号区别于其他陆地棉品种,单独聚为1类。多色荧光检测系统相比常规聚丙烯酰胺凝胶电泳具有高精度、高通量、自动化程度高的优点,尤其适用于大规模指纹数据库的构建,提出了通过构建已知品种DNA指纹数据库,将分子标记技术应用于棉花DUS测试的初步设想。  相似文献   

中国辽西地区谷子品种遗传多样性的SSR分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王姗姗  张宁  王凯玺  阮亚男  王红艳 《分子植物育种》2015,(5)

为研究中国辽西地区谷子品种的遗传差异,本研究利用28对SSR标记对辽西地区8个推广面积较大的优质高产谷子品种(包括7个谷子育成品种和1个农家品种)进行遗传多样性分析。研究结果表明:有14对SSR引物共检测出43个等位变异,平均每对引物检出的等位变异数为3.07,14个位点的平均多态信息量(PIC)为0.485;遗传相似性(GS)的变化范围为0.071 4~0.857 1,平均值为0.601 9。聚类分析发现8个品种可分为两大类,农家种与育成品种朝谷14聚为一类,其他6个育成品种聚为另外一类。SSR标记的指纹图谱表明运用4对引物可将8份地方谷子品种成功区分开。本研究结果可为辽西地区谷子品种的亲本选配和遗传改良提供理论依据。  相似文献   

SSR对甜菜骨干单胚雄性不育系和保持系的遗传多样性分析     

王茂芊  马龙彪  吴则东  王华忠 《中国农学通报》2015,31(32):62-67

为了配制优良单胚杂交组合,避免基因组成重复,提高育种工作效率,利用14对SSR引物对41对甜菜骨干单胚不育系和保持系进行检测。结果表明,14对SSR引物共产生93条扩增带,其中多态性条带76条,平均每对引物扩增多态性条带5.4条,平均多态性百分比为81.7%,平均遗传距离为0.3572,平均遗传相似系数为0.6996。不同品系的平均遗传相似系数为混合(0.7549)>兰45-46(0.7513)>兰71-72(0.7493)>兰19-20(0.7465)>兰85-86(0.7337)。根据UPGMA方法进行聚类,在遗传距离0.20处,可将82份供试材料分为两大类群。结果表明,供试的甜菜单胚雄性不育系和保持系的遗传多样性较丰富,不同品系的不育系和保持系材料之间的遗传基础有差异。  相似文献