Analysis of genetic diversity and discrimination of Oil Palm DxP populations based on the origins of pisifera elite parents     

Upit Sarimana  Javier Herrero  Pratiwi Erika  Nurcahyono Indarto  Fahmi Wendra  Baitha Santika  Enrique Ritter  Zulhermana Sembiring  Dwi Asmono 《Breeding Science》2021,71(2):134

A total of 251 Dura cross Pisifera (DxP) hybrid palms from six populations descending from six parental African Pisifera origins and involving 12 progenies were analyzed with 19 selected Simple Sequence Repeats (SSR) markers. A total of 110 alleles were produced, ranging from three to eight per SSR, with a mean of 5.8 alleles per SSR locus. Of these, 68.5% were considered shared alleles by more than one population and the remaining 31.5% were population specific alleles. They generated between six and 21 haplotypes in all populations, and depending on the SSR marker, between one and 10 haplotypes within populations. Various parameters for analyzing genetic variability, differentiation and genetic structure were computed using GenAlEx, Structure and Darwin software. The obtained results confirmed microsatellites as a robust, feasible and trustful method for obtaining DNA fingerprints, tracing the source of oil palm samples. With respect to the authenticity of materials or for solving legitimacy issues, accession belonging to each population by SSR markers could be distinguished, but additional SSR should be screened for improving this process.  相似文献   

黄麻应用核心种质的DNA分子身份证构建     

郭艳春  张力岚  陈思远  祁建民  方平平  陶爱芬  张列梅  张立武 《作物学报》2021,(1):80-93

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核心种质,以46对核心引物为基础,筛选出12对荧光核心引物,采用荧光标记毛细管电泳分析这12对引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取了12对荧光核心引物的组合,构建出该应用核心种质的字符串DNA分子身份证,进而构建了相应的条形码和二维码DNA分子身份证,可迅速被电子设备识别。这些结果可促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定。  相似文献   

甘蓝型油菜Ogura胞质雄性不育系及恢复系聚类分析     

罗延青  俎峰  周丕才  张国建  王敬乔  董云松 《南方农业学报》2012,43(3):267-271

[目的]对Ogura胞质雄性不育系及恢复系进行遗传差异分析,为生产上利用Ogura胞质不育系统选育强优势甘蓝型油菜杂交组合提供参考.[方法]利用分布于连锁群上的76对SSR标记分析79份甘蓝型油菜Ogura细胞质雄性不育系及恢复系材料间的差异并进行聚类分析.[结果]在76对SSR标记引物(每条连锁群4对SSR标记)中可筛选出38对标记;在79份材料中,38对SSR标记共扩增到123条清晰条带,扩增片段大小为100~400 bp;获得89个多态性位点,材料间遗传相似系数为0.52~0.99.聚类分析结果表明,在相似系数0.68处,可将79份材料分为A、B、C、D、E5个类群,92.4%的材料可归入A、B两类,其中72.1%的恢复系材料归入A类,72.8%的不育系材料归入B类.A类和B类又可在相似系数0.74处分别分为A1、A2、A3、A4、A5、A6、A7及B1、B2、B3、B411个亚群.[结论]SSR标记可用于甘蓝型油菜Ogura细胞质雄性不育系及恢复系的分类鉴定.  相似文献   

沉香属植物基因组DNA提取及SSR反应体系的优化     

杨云  孟慧  张争  陈波 《热带作物学报》2012,32(5):46-50

以白木香为材料,研究沉香属植物基因组DNA提取方法,并优化SSR-PCR反应体系。通过改良CTAB法提取白木香叶片基因组DNA,经电泳和吸光度检测。优化影响白木香SSR-PCR主要参数,确立适合沉香属植物的SSR-PCR反应体系和扩增条件：在20 μL反应体系中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶等5种主要成分的最适浓度分别为2.5 ng/μL、1 μmol/L、2 mmol/L、0.2 mmol/L、1.2 U;并用9份沉香属植物DNA样品对SSR-PCR反应体系验证,能扩增清晰  相似文献   

甘蔗EST-SSR标记的开发和多样性分析     

黄启星  张雨良  王俊刚  伍苏然  张树珍  郭安平 《热带作物学报》2012,32(12):33-42

运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282 809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138 590条,发掘出分布于10 086条Unigene的10 505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26%,平均9.22 kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),二者占总数的90.27%。以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明,富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性。此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点。最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.49/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。  相似文献   

新疆核桃8个天然群体遗传多样性的SSR评价   总被引：1，自引：0，他引：1  

曾斌  田嘉  李疆 《新疆农业科学》2012,49(12):2180-2188

[目的]为进一步建立新疆核桃种质资源的分子指纹鉴定体系奠定基础,为制定新疆核桃资源的有效保育和利用策略提供科学依据,并为深入研究新疆栽培与野生核桃资源间的系统关系提供实验数据.[方法]应用12对稳定、适用性好的SSR引物对新疆南北疆核桃的8个栽培及野生群体的230份样品进行扩增,研究其遗传多样性.[结果]12对SSR标记揭示了新疆核桃丰富的遗传多样性:等位基因93个,平均多态性带比率96.77;,平均Nei多样性指数(H)0.315 1,平均Shannon多样性指数(Ⅰ)0.382 0.8个新疆核桃群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.172 0.估测的群体间基因流(Nm)为1.712 6,表明新疆8个核桃群体之间存在适度的基因交流,种子的传播或人为实生选种以及杂交育种可能是基因交流的主要原因.对新疆核桃8个群体的Nei多样性指数(H)与Shannon多样性指数(Ⅰ)及多态位点百分比进行分析,表明和田实生核桃的遗传多样性最高,伊犁霍城野生核桃的遗传多样性最低.采用UPGMA方法进行供试核桃的遗传距离聚类分析,8个群体被聚为两大类:和田、叶城及温宿等3个群体聚为一大类;而巩留、霍城、吐鲁番、哈密、鄯善等5个群体聚为另一大类,Mantel检测与UPGMA聚类均表明群体间的遗传距离与群体的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃有着较高的遗传多样性水平,同时揭示了新疆核桃属植物的遗传变异、群体扩散及其地理系统发育进化等方面的规律,在此基础上,认为在进行遗传多样性保护和种质资源的保存时,应充分重视群体内不同类型个体的保存,同时也要在分布区不同区域内保存不同的群体.  相似文献   

玉米花期性状主效QTL（基因）的SSR标记     

王薪淇  姜龙  宋轶群 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2016,44(2):55-60

【目的】筛选玉米花期性状主效QTL(基因)的SSR标记,为玉米分子育种与相关基础研究提供参考和依据。【方法】选用花期不同的玉米自交系JZ8、JZ16、JW1100为亲本,分别组配得到2个杂交后代F1(JZ8×JW1100)和F1(JZ16×JW1100),F1经自交获得2个F2(JZ8×JW1100)、F2(JZ16×JW1100)群体。从前人已报道的与玉米花期相关性状主效QTL(贡献率10%)连锁的SSR标记中,选取30对SSR标记引物,利用亲本、F1代对这30对引物进行筛选,将获得的特异性引物再通过F2群体单株花期性状与单株SSR标记的符合度和准确率验证,筛选出符合率大于50%的主效标记。【结果】umc1875、umc1016、bnlg1651、umc1115为玉米花期性状的主效SSR标记,其中标记umc1875适宜用于筛选抽雄期(DTT)、散粉期(DTP)、吐丝期(DTS)晚的材料,筛选准确率分别为57.5%,66%和61%;标记umc1016适宜用于筛选散粉期和吐丝期早的材料,筛选准确率分别为66%和58.5%;标记bnlg1651和umc1115适宜用于筛选散粉期早的材料,筛选准确率分别为69%和62.5%。【结论】筛选出4个与花期性状连锁且高通用性的标记,在分子水平上揭示了材料之间的内在联系,在某种程度上揭示了对不同的玉米材料在分子水平上直接对目的性状进行选择的可能性。  相似文献   

甘蔗与斑茅割手密复合体的回交后代真实性鉴定及染色体遗传分析          下载免费PDF全文

黄玉新  罗霆  高轶静  张保青  周珊  杨翠芳  段维兴  雷敬超  韦金菊  张革民  李杨瑞 《南方农业学报》2016,47(10):1642-1647

【目的】掌握斑茅割手密复合体(简称斑割复合体)在杂交利用过程中的染色体遗传规律,为斑割复合体适宜回交利用代数提供参考依据。【方法】选用4对引物对甘蔗与斑茅割手密复合体的回交后代进行SSR标记鉴定,并利用甘蔗根尖细胞酶解去壁低渗法对真实杂种进行染色体数目观察。【结果】供试的28个杂交后代材料(15个GT05-164与GXASF108-2-28杂交BC1代,13个GT42与GXASBC112-A6-25杂交BC2代)均为真实杂种。选择在2对SSR引物中均扩增出父本特征带的后代(5个BC1代和7个BC2代)进行染色体观察,结果发现,5个BC1代的染色体数目介于95~98条,其染色体按“n+n”方式传递;7个BC2代的染色体数目介于94~101条,其染色体也按“n+n”方式传递。【结论】甘蔗与斑割复合体杂交BC1和BC2代中染色体传递方式均为“n+n”,母本甘蔗的染色体未加倍,高贵化育种进程减慢,可能需要更高的杂交代数才能获得聚集斑茅和割手密血缘的优良品种(系)。  相似文献   

西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性   总被引：2，自引：0，他引：2  

吴元奇  郑灵  荣廷昭 《草业学报》2013,22(4):160-169

通过表型性状结合的主成分分析,SSR标记分析和群体结构分析,对50个西南地区白玉米地方品种的种质资源分布及遗传多样性进行了研究。结果表明,白玉米地方品种农艺性状表现出很大差异,主成分聚类将其分为7个类群,大部分品种聚在一个群内,但也有少数品种单独成类;利用筛选出来的51对扩增条带清晰,具有明显多态性的SSR引物,共检测到 515个多态性位点,SSR位点的平均多态性位点数为10.1个,每个位点的等位基因数为 5~19个,平均为12个,多态信息量(PIC)分布范围为0.764～0.958,平均为0.885,遗传相似系数变幅在0.574～0.840,平均为0.684,标记索引指数(MI)分布范围为3.820～18.208,平均值为9.775。SSR分析将所选品种分为8类,且84%的组合集中在前三大类。从地方品种来源地分析来看,地理位置相似或接近的地方品种大多两两成类,遗传相似系数很高,而群体结构分析显示,白玉米地方品种的群体结构受其地理环境气候的影响。少数地方品种较独立,可以进一步从种质资源方面研究利用。  相似文献   

Opaque-2基因导入各类隐性纯合体玉米早代子粒赖氨酸含量的效应研究     

昂沃  郝小琴  吴子恺 《玉米科学》2012,20(2):56-58

选用微胚乳等各类隐性纯合体玉米(微胚乳玉米、sh2sh2wxwx、bt1bt1wxwx、wxwx、su1su1wxwx)为试验材料,研究各类玉米杂交导入Opaque-2后的早代玉米子粒赖氨酸含量的变异。结果表明,导入Opaque-2的微胚乳等各类玉米的早代赖氨酸含量都会受到影响,均有提高的趋势,其胚与非胚部分赖氨酸含量都有所提高。但Opaque-2对微胚乳玉米和bt1bt1wxwx双隐纯合体两类玉米赖氨酸含量影响无规律性变化,在同一遗传背景下都出现子粒赖氨酸含量正负两个方向的增减差异。Opaque-2导入wxwx玉米后,其玉米整粒、胚与非胚部赖氨酸含量都有增加的趋势,其他类玉米导入Opaque-2后也有希望选育出高赖氨酸含量的品系。  相似文献