环青海湖地区两种引种禾本科牧草根际真菌群落对有机肥的响应     

马坤  赵阳安  周学丽  王英成  金鑫  张海娟  颜珲璘  张卓航  邱鹏滢  芦光新 《草地学报》2022,30(10):2617-2625

本研究以环青海湖地区引进的两种禾本科牧草'川草2号’老芒麦(Elymus sibiricus 'Chuancao No.2’)和'阿坝’垂穗披碱草(Elymus nutans 'Aba’)为研究对象,通过田间试验,采用ITS rDNA Illumina高通量测序技术和分子生态网络的方法,分析施用有机肥后两种牧草生长及根际真菌群落结构变化。结果显示,与对照相比,有机肥显著增加两种牧草的地上及地下生物量,降低牧草茎叶比(P<0.05);有机肥处理改变了土壤理化性质,提高全氮(TN)和有机碳(SOC)含量(P<0.05),降低土壤pH。土壤真菌群落结构表明：有机肥降低老芒麦根际主要优势菌和次要优势菌的相对丰度;提高披碱草根际赤霉菌(Gibberella)、内生真菌属(Preussia)相对丰度。RDA结构显示pH和SOC是驱动微生物变化的主要环境因子(P<0.01),有机肥添加重新构建了土壤真菌群落间的网络关系。高寒地区短期施加有机肥明显促进牧草生长,提高土壤肥力,改变微生物群落结构。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5扩增产物与其克隆后测序结果的比较     

董友富  蒋广志  唐伟明  王小泉  徐世富  高亚飞  孙裴  张振东 《中国动物检疫》2022,39(10):100-104

为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的“准确性”,将从两个规模化猪场采集的组织样品（A、B）PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序,对两个样品各获得的16条序列进行比对分析。结果显示：A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2%~100%、87.4%~100%,PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7%~97.3%、87.9%~100%。遗传演化分析方面：样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8,占比分别为6.25%、87.50%、6.25%,与其12个亚克隆序列同属于谱系5;样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8,占比分别为68.75%、31.25%,与其10个亚克隆序列同属于谱系5。结果表明,同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性,不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同。结果提示,在生产实际中,通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序,对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义。  相似文献   

貉源犬瘟热病毒CDV-ZC株分离鉴定、全基因测序与分析     

戴秀美  常维山  张永兵  王敏  王蕾  郭树源 《中国兽医学报》2015,35(5):711-717

应用非洲绿猴肾细胞(Vero)从山东省诸城市疑似犬瘟热(canine distemper,CD)感染貉的肝脏、脾脏、肺脏等组织病料的研磨上清液中分离出1株病毒。分离株经Vero细胞传至第4代出现典型的细胞病变效应(CPE),经毒力测定、血清学、RT-PCR检测及测序、回归动物试验证明为犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV),命名为CDV诸城分离株(CDV-ZC)。采用RT-PCR方法分段克隆分离株的全基因序列并测序,测序成功的各序列依次拼接得到全基因序列并进行序列比对。结果表明,CDV-ZC株全基因(KJ994343)与标准美洲型犬瘟热强毒株A75/17核苷酸同源性高达96.5%,而与疫苗株Onderstepoort、CDV3等亲缘关系较远,同源性为91.6%~92.0%。血凝素(H)基因序列分析表明,CDV-ZC株与国内野毒株LN(13)2、GP株等以及日本野毒株UENO、HAMA等共同归属于Asia-1型,在H蛋白信号淋巴细胞激活因子(SLAM)受体结合区即542~544位增加了1个潜在N-连接糖基化位点(N-X-S/T)。致病性强毒株CDV-ZC的成功分离及全基因序列测定加深了我们对当前中国CDV流行株遗传变异情况的了解,为CD的有效预防、诊断及控制提供理论依据。  相似文献   

施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法的建立     

张永强  吴晓东  赵永刚  王志亮 《畜牧兽医学报》2015,(1):174-178

拟建立施马伦贝格病毒(SBV)S基因焦磷酸测序检测方法,用于施马伦贝格病毒病的快速检测和确诊。通过对公开发表的SBVS基因序列与布尼病毒科其他11种病毒S基因进行比对,找出不同病毒变异区域集中且变异区域两侧保守的序列片段,基因合成,体外转录,作为基因扩增模板。在特异性变异序列两端的保守区域设计扩增引物,进行RT-PCR扩增。在保守区域设计双向测序引物,对RT-PCR产物进行双向焦磷酸测序。通过比对测序结果,确定是否为SBV核酸序列;优化条件,确定检测方法的敏感性、特异性和重复性,建立SBVS基因焦磷酸测序检测方法。结果:建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为166bp;敏感性为可检测到104个拷贝;每一条测序引物可准确测出50bp左右核酸序列,双向测序可准确测出100bp左右核酸序列,具有较好特异性,完全满足施马伦贝格病毒病确诊要求;重复测序3次,均能准确测出100bp左右核酸序列。本研究建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法,可用于施马伦贝格病毒病的检测和确诊,整个检测过程可在1d内完成,大大缩短了确诊时间。  相似文献   

紫肉甘薯及其突变体花青素积累差异的比较转录组分析     

后猛  李臣  宋炜涵  张允刚  李强 《江苏农业学报》2022,38(2):313-325

紫肉甘薯因其块根中富含紫色花青素而得名.本研究以2组栽培种紫肉甘薯及其淡黄肉突变体为材料,基于甘薯转录组测序(RNA-seq)数据进行生物信息学分析.以|log2 FC|≥1且错误发现率(FDR)<0.01作为筛选标准,鉴定差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能分类和KEGG代谢通路分析,并采用实时荧光定量P...  相似文献   

基于BSA-seq技术挖掘芝麻株高相关候选基因     

崔彦芹  郭元章  侯少锋  李思达  关中波  徐桂真 《华北农学报》2021,36(z1):8-15

为了进一步挖掘芝麻株高相关基因,为适机收芝麻新品种选育提供理论指导,以冀航芝1号和DW607为亲本构建F2群体,并构建以株高为目标性状的极端混池,利用BSA-seq技术,采用ED和Δ(SNP-index或InDel-index)2种方法挖掘株高相关的染色体区段,注释区段内的基因信息,利用GO和KEGG等数据库分析注释基因的功能.结果发现,亲本之间共获得298634个SNP和76360个InDel,混池之间共获得24048个SNP和9630个InDel;基于SNP标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔSNP-index方法关联到3个染色体区段,两者的交集有3个;基于InDel标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔInDel-index方法关联到8个染色体区段,两者的交集有8个;4个染色体区段同时被SNP和InDel标记关联到,共注释到330个基因,比对到的前20个KEGG通路主要包括植物激素信号转导和能量代谢;GO富集结果表明,有18个基因参与生长素响应,可能是参与株高调控的关键基因.  相似文献   

基于高通量测序的设施连作果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

《华北农学报》2021,36(4)

为了揭示设施连作不同果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性变化,采用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA高通量测序分析,研究设施连作5 a的番茄、黄瓜、辣椒和茄子之间的根际土壤和露地土壤细菌群落结构和多样性差异,探讨设施连作的不同作物对土壤细菌群落结构和多样性的影响。结果表明:设施连作土壤中细菌多样性丰富,包括44个门、150个纲、364个目、575个科和1 046个属,其中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和芽单胞菌门是土壤样品中细菌物种丰富度较高的6个门类,占所有细菌群落总数为露地84.56%、番茄83.02%、黄瓜82.21%、辣椒80.67%、茄子79.25%,4种作物根际土壤优势菌门丰富度占比均有显著差异并低于露地土壤;其中连作黄瓜变形菌门最高,放线菌门最低,分别占所有细菌群落总数31.53%,4.95%,根际土壤有益菌群高于其他果类菜和露地;连作番茄变形菌门丰度最高,酸杆菌门丰度最低,分别占所有细菌群落总数23.56%,5.16%,相对土壤质量最差。4种不同连作果类菜之间根系土壤细菌群落多样性均没有显著性差异,与露地相比连作黄瓜细菌群落多样性有显著性差异,表明不同果类菜根际土壤微生物多样性没有显著差异。为设施连作在内的许多农作物领域提供参考和可持续种植提供理论基础。  相似文献   

油用向日葵脱落酸代谢及差异基因表达对水分亏缺的响应     

《华北农学报》2021,36(6)

  相似文献   

FST基因的过表达对猪成纤维细胞内基因及生物学通路的影响     

张冬杰  孙亚蒙  汪亮  唐晓东  孙雷  任洋  刘娣 《吉林农业大学学报》2022,(2):198-203

应用Illumina HiSeq测序平台,对过表达FST基因的细胞和正常细胞进行转录组测序,并对筛选的差异表达基因进行基因功能注释及信号通路分析。结果表明：过表达FST后共有286个基因的转录发生了变化,其中176个上调,110个下调。这些差异基因共得到44个GO功能注释,其中单一生物过程、代谢过程、细胞过程;细胞器、细胞区域、细胞和黏合terms下聚集的差异基因数量最多,均>100个。共发现9条显著富集的Pathway,包括与细胞增殖相关的细胞周期、DNA复制、碱基切除修复、p53信号通路等,与卵母细胞发育相关的卵母细胞减数分裂和孕激素介导的卵母细胞成熟通路。说明在成纤维细胞中过表达FST后,最显著的特征是与细胞增殖分化相关的基因和生物学通路被富集。  相似文献   

无柄灵芝菌LZ02高产漆酶条件及部分酶学性质分析     

杨新平  谢玉清  周留艳  代金平  王小武  张慧涛  王志方  冯蕾 《新疆农业科学》2022,59(6):1482-1490

【目的】 从采自新疆天山的无柄灵芝菌(G.resinaceum)中筛选获得1株高产漆酶的LZ02菌株,对其产酶条件进行优化,研究部分酶学性质。【方法】 采用单因素实验,对其产酶条件优化并研究其酶学特性,采用双向电泳检测酶蛋白。【结果】 LZ02菌株产漆酶的最佳碳源为2.5%麦麸+1%葡萄糖,最佳氮源为干酪素; Cu²⁺、Mg²⁺、Fe²⁺、 Zn²⁺和Ca²⁺的添加对LZ02产漆酶有一定的促进作用,而Co²⁺具有明显的抑制作用;藜芦醇和愈创木酚抑制产酶并使产酶高峰由第3 d推后至第9 d,添加没食子酸和ABTS对产酶影响不大,单宁酸对产酶有抑制作用。LZ02菌漆酶最适反应温度为60℃,且在80℃仍具有漆酶活性;在40℃,pH 4.0~5.0,酶活性最稳定;最适反应pH为3.0,Mn²⁺ 、Zn²⁺、 Cu²⁺ 、Ba²⁺和K⁺对酶稳定性有一定的促进作用,Co²⁺、Cd²⁺、Cr²⁺和Pb²⁺对酶的稳定性具有明显的破坏作用;对菌体及发酵液进行了双向电泳检测,测定其等电点为4.1;获得了1个纯化酶蛋白质谱序列,该蛋白与Ganoderma Lucidum来源的Laccase高度同源。【结论】 无柄灵芝菌(G.resinaceum)漆酶的合成和分泌受到营养水平、培养条件、生长阶段以及培养基中诱导剂的严格调控,木质素或木质素相关的芳香类化合物、N源和C源也能调节漆酶的合成;漆酶活性对不同种类、不同浓度的金属离子以及诱导剂的响应不尽相同,其具有较复杂的生理功能及调控机制。  相似文献