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建立稳定可靠的SSR-PCR反应体系、筛选具有多态性SSR引物,是木本油料植物光皮树分子标记辅助育种与良种选育的重要基础研究。为给SSR标记技术在光皮树遗传图谱构建、亲缘关系鉴定及分子育种等方面的应用研究奠定基础,利用"Cf-05"正反向引物,采用L16(45)正交试验设计和单因素试验相结合的研究方法,对影响光皮树SSR-PCR反应体系的主要因素(模板DNA、引物、d NTPs、Mg~(2+)、Taq聚合酶浓度及退火温度)进行了试验分析。试验结果表明,光皮树SSR-PCR总体积为15μL的最佳反应体系为:模板DNA用量37.5 ng,正反向引物浓度均为0.6μmol·L~(-1),d NTPs浓度为0.3 mmol·L~(-1),Mg~(2+)的浓度为1.5 mmol·L~(-1),Taq聚合酶用量为1.5 U,最佳退火温度为50℃。运用优化了的光皮树SSR-PCR反应体系,可从71对引物中筛选获得11对能适用于光皮树的SSR引物。研究结果表明,试验所建立的反应体系可进一步用于光皮树SSR遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等方面的研究中。 相似文献
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以崇明白山羊基因组DNA为模板,利用正交试验设计L16(45),对影响崇明白山羊SSR-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP及引物的浓度)进行优化。结合单因素完全随机试验筛选各因素的最佳水平,针对MCB3224引物建立了崇明白山羊SSR-PCR的最佳反应体系。结果表明:在20μL的反应体系中,5个因素的最佳水平分别为Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+2.5 mmol/L、模板DNA 30 ng、dNTP 0.20 mmol/L,引物0.8 mol/L;引物的最佳退火温度为57.3℃。利用16份崇明白山羊的DNA模板和2个微卫星引物验证此反应体系,聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示该体系稳定可靠且普适性较好。 相似文献
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福建拟指环虫的SSR-PCR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
收集了福建罗源、福清、尤溪、建宁、龙岩、莆田、仙游等7个地区部分鳗场的欧洲鳗鲡拟指环虫,经形态鉴别,有2种拟指环虫,即鳗鲡拟指环虫和短钩拟指环虫.罗源、龙岩、尤溪鳗场欧洲鳗鲡寄生的拟指环虫主要为短钩拟指环虫;建宁、莆田、仙游鳗场主要为鳗鲡拟指环虫;福清鳗场则2种拟指环虫均有感染.7个地区的拟指环虫经SSR-PCR分析、聚丙烯酰胺电泳、溴化乙锭染色、紫外灯观察,应用UPGMA统计分析软件计算遗传相似系数,绘制聚类图.结果显示,2种拟指环虫共扩增出条带28条,平均条带数为7.3±2.6,大小为200-1030 bp,其中600-1030 bp的条带是短钩拟指环虫所特有的.短钩拟指环虫和鳗鲡拟指环虫的遗传相似系数为0.36-0.67,各地短钩拟指环虫和鳗鲡拟指环虫之间存在不同程度的遗传差异,这种差异与地理环境上的差异基本一致. 相似文献