日本落叶松种子萌发过程中18个miRNAs的表达变化          下载免费PDF全文

吴涛  韩素英  张俊红  李万峰  杨文华  齐力旺 《林业科学研究》2013,26(S1):9-17

运用qRT-PCR技术,检测日本落叶松种子萌发过程中的5个阶段——干种子 (萌发培养0 d)、吸胀(1 d)、萌动(5 d)、胚根外露(9 d)和子叶展开(28 d),miR156、miR159和miR160等18个miRNAs在其种胚内的表达模式,并对其目标基因进行生物信息学分析,探讨miRNA在针叶林木种子萌发过程中的基因表达模式。结果表明:(1)从整个萌发过程分析,18个miRNAs的表达水平皆以干种子阶段最高,吸胀和萌动阶段迅速下降;干种子阶段的表达水平分别是吸胀、萌动、胚根外露和子叶展开阶段的4.8 43.5、17.2 1 000.0、45.5 1 000.0、62.5 1 862.2倍。(2)从各个阶段分析,miR894的表达水平在5个阶段均最高,miR408均最低;其余16个miRNAs在5个阶段内的表达水平各有变化,综合排序结果从高到低依次为:miR951、miR950、miR156、miR159、miR396、miR398、miR390、miR160、miR947、miR165、miR319、miR162、miR171、miR397、miR395和miR172。(3)miRNA目标基因预测结果显示:目标基因主要是ATP/DNA结合蛋白、ARF等转录因子、质膜和核糖体等细胞组分及MAP等激酶活性蛋白等蛋白编码基因。(4)miR160对其目标基因JR160237 具有切割作用,切割位点发生在miR160与目标基因互补结合位点第10与11位碱基之间。JR160237在种子吸胀阶段表达水平迅速升高,在萌动、胚根外露和成苗阶段有所回落。  相似文献   

Profiling microRNA expression in bovine alveolar macrophages using RNA-seq     

Peter Vegh  Amir B.K. Foroushani  David A. Magee  Matthew S. McCabe  John A. Browne  Nicolas C. Nalpas  Kevin M. Conlon  Stephen V. Gordon  Daniel G. Bradley  David E. MacHugh  David J. Lynn 《Veterinary immunology and immunopathology》2013

MicroRNAs (miRNAs) are important regulators of gene expression and are known to play a key role in regulating both adaptive and innate immunity. Bovine alveolar macrophages (BAMs) help maintain lung homeostasis and constitute the front line of host defense against several infectious respiratory diseases, such as bovine tuberculosis. Little is known, however, about the role miRNAs play in these cells. In this study, we used a high-throughput sequencing approach, RNA-seq, to determine the expression levels of known and novel miRNAs in unchallenged BAMs isolated from lung lavages of eight different healthy Holstein–Friesian male calves. Approximately 80 million sequence reads were generated from eight BAM miRNA Illumina sequencing libraries, and 80 miRNAs were identified as being expressed in BAMs at a threshold of at least 100 reads per million (RPM). The expression levels of miRNAs varied over a large dynamic range, with a few miRNAs expressed at very high levels (up to 800,000 RPM), and the majority lowly expressed. Notably, many of the most highly expressed miRNAs in BAMs have known roles in regulating immunity in other species (e.g. bta-let-7i, bta-miR-21, bta-miR-27, bta-miR-99b, bta-miR-146, bta-miR-147, bta-miR-155 and bta-miR-223). The most highly expressed miRNA in BAMs was miR-21, which has been shown to regulate the expression of antimicrobial peptides in Mycobacterium leprae-infected human monocytes. Furthermore, the predicted target genes of BAM-expressed miRNAs were found to be statistically enriched for roles in innate immunity. In addition to profiling the expression of known miRNAs, the RNA-seq data was also analysed to identify potentially novel bovine miRNAs. One putatively novel bovine miRNA was identified. To the best of our knowledge, this is the first RNA-seq study to profile miRNA expression in BAMs and provides an important reference dataset for investigating the regulatory roles miRNAs play in this important immune cell type.  相似文献   

植物microRNA及其在植物生长发育中作用的研究进展     

张停停  刘长洲  赵娟  李小平 《安徽农业科学》2013,41(13):5667-5669,5673

microRNA(miRNA)是一类由内源基因编码的长度约21～25 nt的非编码小分子RNA。miRNA广泛分布于植物中,在植物生长发育的整个生活史中都有着重要的作用。文中主要介绍了植物miRNA的特点、生物合成、作用机制及其在植物发育中的作用。  相似文献   

婚飞对中华蜜蜂性成熟处女蜂王sRNAs表达的影响     

吴小波  王子龙  石元元  张飞  曾志将 《中国农业科学》2013,46(17):3721-3728

【目的】研究中华蜜蜂（Apis cerana cerana）性成熟处女蜂王在婚飞过程中sRNAs表达变化。【方法】以中华蜜蜂性成熟处女蜂王为试验材料,通过控制部分蜂王在一定区域飞行,并利用高通量测序的方法检测并分析中华蜜蜂性成熟处女蜂王飞行和未飞行之间的sRNAs表达差异。【结果】飞行蜂王和未飞行蜂王均含有丰富的sRNAs,主要分布在22 nt和27—29 nt,但各类sRNA在2种状态的蜂王中分布比例不同;2个文库共有总序列数占2个样品总序列数的92.79%,而且飞行蜂王中的sRNAs种类比未飞行蜂王多;与已知miRNA比对分析,发现飞行蜂王和未飞行蜂王有25个极显著差异表达miRNA,其中只有ame-miR-750在飞行蜂王中上调,其它24个极显著差异表达miRNA在飞行蜂王中下调;有19个差异表达miRNA所对应的11个靶基因在飞行蜂王和未飞行蜂王之间存在表达差异。【结论】中华蜜蜂性成熟处女蜂王在婚飞过程中,体内大量sRNAs表达发生了变化,可能为性成熟处女蜂王正常交配起着重要的生理调节作用。  相似文献   

香蕉miRNA及其靶基因的生物信息学预测     

彭赟  龙海飞  贺瑞  徐敏  曾灿彬  骆娟  齐钊  闫臻  阮云泽 《热带生物学报》2016,(2):237-245

利用生物信息学方法预测香蕉中的miRNA,即通过将miRBase数据库中的已知植物的miRNA与香蕉EST和GSS数据库进行BLAST比对搜索,筛选出潜在的miRNA,最后得到16条香蕉miRNA,分属于9个miRNA家族,其中3条来源于EST数据库,13条来源于GSS数据库,并利用在线软件psRNATarget预测其靶基因,共得到168个靶基因,分别编码多种功能蛋白,参与各生物学过程。  相似文献   

小鼠miR367逆转录病毒载体的构建与检测     

张志人  安铁洙  王子竹  朴善花  王春生 《中国畜牧兽医》2013,(5):49-53

为了探明小鼠体细胞重编程过程中miR367的作用机制,试验构建小鼠miR367逆转录病毒载体。根据NCBI上小鼠miR367的相关序列,从小鼠基因组中扩增miR367并将其连接到pMD18-T载体,然后对重组质粒进行双酶切并回收目的片段。将目的片段与pMXs逆转录病毒载体连接,然后依次经过酶切、PCR筛选阳性克隆和测序,最终构建逆转录病毒载体miR367-pMXs;采用磷酸钙法将miR367-pMXs转染plat-E细胞,以包装逆转录病毒颗粒;用逆转录病毒颗粒侵染小鼠胚胎成纤维细胞,在侵染后的第5天,提取被侵染细胞的总RNA,逆转录后获得cDNA,并采用Q-PCR方法检测侵染细胞中的miR367表达量。结果表明,被逆转录病毒侵染后,小鼠胚胎成纤维细胞中miR367的相对表达量比侵染前约提高了170倍。上述结果表明,成功构建小鼠miR367的逆转录病毒载体,为开展体细胞重编程机制的相关研究提供依据。  相似文献   

植物多倍化过程中小分子RNA调控基因表达机制研究进展   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵旭博  李爱丽  毛龙 《作物学报》2013,39(8):1331-1338

多倍体在植物界中广泛存在,因其往往具有显著超出双亲的生长优势和适应性而成为植物学研究的热点之一。越来越多的研究表明小分子RNA介导的基因激活或沉默及染色质修饰在植物多倍化过程中的基因表达调控方面发挥重要作用。本文结合本实验室在小麦多倍化研究中的观察,着重综述近几年来小分子RNA层面的植物多倍化过程中基因表达调控的机制,以期对多倍体作物的研究和利用提供有益的借鉴。  相似文献   

麦类等主要作物的miRNA研究进展     

查玉龙  胡献明  韩凝  边红武  张玉红  朱睦元 《麦类作物学报》2012,32(6):1216-1219

microRNA(miRNA)是一类小分子的非编码RNA,可通过对其靶基因mRNA的降解或翻译抑制调控基因表达。目前除对拟南芥、水稻和杨树等模式植物已进行研究之外,对麦类作物的miRNA也进行了初步研究。利用生物信息学预测和小分子RNA测序的方法,目前已克隆了一系列小麦和大麦miRNA,包括物种保守的miRNA及麦类特有的miRNA。靶基因预测及miRNA表达谱分析显示这些麦类miRNA的表达具有时空特异性,可能参与生长发育及胁迫应答的调控。这些数据为进一步研究植物miRNA的进化及麦类miR-NA参与的特异调控功能提供了线索及依据。  相似文献   

利用solexa测序技术发掘木薯microRNAs   总被引：1，自引：1，他引：0  

张何芳陈新  卢诚章伟雄  王文泉 《中国农学通报》2012,28(30):184-190

为了发掘木薯中的microRNAs (miRNAs),了解其在木薯中的调控机制,本研究利用Solexa测序技术在木薯中发现了大量的miRNAs,并利用一种新的miRNA定量检测技术（Multiplexed RT法）对其进行实验验证。通过对构建的3个小RNA文库进行solexa测序与生物信息学分析,最终获得19个家族93个保守的miRNA和74个新的miRNA,实验验证了测序获得的83个miRNA。在Arg7块根中特异表达的有6个miRNA,分别为miR172d、miR396c、miR398a、miR398b、miR399e、miR399f,叶片中特异表达的有13个,须根中特异表达的有3个,这些miRNAs将为深入了解木薯块根发育和淀粉累积机理提供了一个新的视角。  相似文献   

反义寡核苷酸介导的miRNA沉默研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

夏新  张小敏  宋鹏飞  王爽 《安徽农业科学》2011,39(24):14545-14547

miRNA是一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,长度约为22个核苷酸,参与多种生理过程及多种疾病的发生、发展过程。miRNA沉默技术是研究miRNA生物学功能的重要工具,也为以miRNA为靶点的疾病诊断和治疗提供可能。多种化学修饰的反义寡核苷酸和相应的提呈系统被用于miRNA的研究。  相似文献