杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析     

文亚峰  韩文军  周宏 《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2014,(3):1-5

杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种（属、科）间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星（SSR）位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点（CJCP1m₀04和CJCP2m₀02）具有多态性,其单倍型数量（A）分别为2和6,多样性指数（H）为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m₀02在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为（AT）n··（T）n,不同于来源物种的重复单元类型（AT）n。筛选得到的叶绿体微卫星（SSR）标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。  相似文献   

贵州白香猪apoA5基因多态性初步分析     

刘若余  杨远青 《黑龙江畜牧兽医》2011,(8):4-7

贵州白香猪为贵州特有的地方品种,为了研究贵州白香猪apoA5基因多态性,试验采用直接测序法对贵州白香猪apoA5基因全序列2 473 bp进行单核苷酸多态性(SNPs)检测.结果表明:在apoA5基因的内含子2和外显子3中分别检测出1个、11个变异位点;有4个突变发生在氨基酸编码区内,其中3个突变为同义突变,而G1 1...  相似文献   

中国西门塔尔牛AGPAT6基因外显子多态性及其与肌内脂肪酸含量的相关性     

《中国兽医学报》2016,(3)

磷酸甘油酰基转移酶6(AGPAT6)是真核生物甘油三酯合成的关键酶,其在褐色脂肪组织、乳腺上皮细胞以及其他许多组织中高水平表达。为了研究AGPAT6基因与中国西门塔尔牛脂肪酸组成的相关性,本试验采用PCRRFLP的方法对AGPAT6基因的多态性进行检测,并将AGPAT6基因的遗传多态性位点与脂肪酸组成进行关联性分析。结果显示,在AGPAT6基因Exon1的303bp处有一个TC的多态性位点,其中等位基因C为优势基因。在中国西门塔尔牛群体中携带CC基因型的肉牛个体具有较高十七碳一烯酸和较低的亚油酸含量(P0.05)。本研究结果可为中国西门塔尔牛分子选育、进一步提高肉用性能提供试验依据。  相似文献   

棉花单核苷酸多态性标记研究进展   总被引：1，自引：0，他引：1  

王振玉  李威  周晓箭  裴小雨  刘艳改  周克海  张文生  孟清芹  王海风 《棉花学报》2016,28(4):399-406

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。  相似文献   

仔猪血清运铁蛋白多态性及其与生产性能的相关性分析     

卢福山  樊平 《安徽农业科学》2014,(1)

[目的]探讨仔猪血清运铁蛋白多态性与生产性能的相关性。[方法]采用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法对60头仔猪血清运铁蛋白多态性进行了研究,并对血清运铁蛋白多态性与生产性能进行了相关性分析。[结果]被检仔猪血清运铁蛋白有2种基因型(TfAB和TfBB),以TfBB为优势基因型,基因型频率分别为0.333 3和0.666 7;TfA和TfB等位基因频率分别为0.166 7和0.833 3,以TfB为优势基因。仔猪血清运铁蛋白多态性与生产性能间无显著相关(P0.05)。[结论]仔猪血清运铁蛋白存在多态性,且血清蛋白多态性与生产性能间无显著相关。  相似文献   

牛二酰甘油转酰基酶(DGAT1)基因的生物信息学分析     

乔冬雨  孙少华  吴伟伟  孙志颖 《中国奶牛》2012,(9):5-8

DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。  相似文献   

东佛里生羊MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析     

张磊  李丹妮  王钰晨  杨丽春  何静  宋宇轩 《中国畜牧兽医》2021,48(12):4537-4544

试验旨在研究肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其对东佛里生羊生长性状的影响。从324只东佛里生羊全血中提取DNA,对MSTN基因外显子序列和非翻译区(untranslated region,UTR)序列进行PCR扩增,采用一代测序技术鉴定单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析不同位点的遗传多态性,并将不同基因型与东佛里生羊的生长性状进行关联分析。结果显示,在东佛里生羊MSTN基因外显子中未检测到突变;在3'-UTR区的272 bp处存在G→A单碱基突变,该位点只检测到AG和AA基因型,且AA基因型频率高于AG基因型;在5'-UTR区的176 bp处存在C→A突变,该位点只检测到CC和AC基因型,且CC基因型频率高于AC基因型。遗传多样性参数分析结果表明,东佛里生羊群体MSTN基因3'-UTR-272和5'-UTR-176位点的纯合度分别为0.827和0.887,杂合度分别为0.173和0.113,2个位点的多态性均较低(PIC<0.25),其群体基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P>0.05)。关联分析发现,3'-UTR-272位点AG基因型体斜长显著高于AA基因型(P<0.05),5'-UTR-176位点CC基因型胸围显著高于AC基因型(P<0.05),其余指标均无显著差异(P>0.05)。综上,东佛里生羊MSTN基因3'-UTR和5'-UTR突变位点可作为其目标性状选育的分子标记。  相似文献   

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析     

张云鹏  张琪  刘庆雨  张志彬  张庆  张净博  张树敏 《中国畜牧兽医》2021,48(8):2910-2919

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。  相似文献   

奶牛乳铁蛋白基因部分序列的PCR—SSCP分析   总被引：13，自引：0，他引：13  

李国华  张沅  李宁 《农业生物技术学报》2001,9(2):139-141

本研究采用PCR－SSCP方法对奶牛乳铁蛋白基因的第7、12外显子和5′调控区部分序列进行多态性分析，发现该基因5′调控区一段长227bp的DNA片段上存在多态性。经过对突变纯合（BB）的两头奶牛个体进行测序分析后证明，位于起始位点上游CAAT框－926和－915位置分别具有G→A及T→G点突变，同时在－839和－811位置分别具有C和T单碱基的。等位基因A、B的频率分别为0.898和0.102。  相似文献   

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds     

HUANG Shi-hui  RAN Xue-qin  WANG Jia-fu  PAN Hua  LI Rong-rong 《中国畜牧兽医》2016,43(3):730-737

The paper was aimed to investigate the polymorphism of copy number variation (CNV) in different pig breeds.Three CNV regions of CNVR91,CNVR92 and CNVR143 were chosen from the porcine SNP60 chip genotyping results.The polymorphisms of three CNVs were determined by Real-time quantitative PCR method,taking five pig breeds as samples,including Yorkshire pig,Xiang pig,Kele pig,Nuogu pig and Rongchang pig breeds.The results showed that the dominant status of CNVR91 was loss in Xiang pig,while it was normal in other four pig breeds.The major type of CNVR92 was deletion in Xiang pig,Yorkshire pig,Kele pig and Rongchang pig breeds,with a high normal percent in Nuogu pig.For CNVR143,the dominant event was gain in Xiang pig and Nuogu pig breeds,but it was not diverse in other three pig breeds.These results indicated that three CNV regions emerged with polymorphism in five pig breeds,which might have effects on gene expression in CNV regions and physiological function by dosage effect especially in Xiang pig,Nuogu pig and Kele pig breeds.  相似文献