小型黑羽鸡羽色性状与MC1R基因的关联研究     

徐尚立  赵超  李硕  田晓晓  刘喜魁  赵敏孟  刘龙  耿拓宇  龚道清 《中国家禽》2022,(9):13-19

为筛选与小型黑羽鸡培育品系黑羽性状相关的SNP位点,获得黑羽性状的分子标记。选取成年小型黑羽鸡和洛岛红标准品种鸡公母各30只（公母配比为1∶1）进行正反交试验,对亲本MC1R基因外显子进行PCR扩增并测序,将个体的MC1R基因多态性与后代羽色性状进行关联性分析,并对筛选出的相关遗传标记在大群中进行检测和进一步杂交验证。结果显示：正反交共得到476只F1代,其中正交F1代有黑羽236只,黄羽51只;反交F1代有黑羽123只,黄羽66只。无论正交还是反交,均只有后代纯黑羽的组合,而无后代纯黄羽的组合,表明该群体黑羽性状属于常染色体显性遗传;黑、黄羽两种羽色的比例基本符合1∶1的分离比（黑羽∶黄羽=104∶98）,表明黑羽性状受到一对等位基因控制;在MC1R基因编码区发现共有3个突变（C67T、T211C、G277A）,其中后两个为错义突变;CTG单倍型在小型黑羽鸡群体中出现频率最高（0.666）,且其杂交后代羽色基本为纯黑羽表型;通过大群验证发现与前期结果一致,父本单倍型为纯合的CTG的后代均表现为黑羽表型。综上,小型黑羽鸡黑羽性状为常染色体显性性状,MC1R基因CDS区上的突变（CTG单...  相似文献   

藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析     

董世雄  王浩田  姚雨民  徐士军  王向东  张健  商鹏 《黑龙江畜牧兽医》2022,(4):35-41+133-134

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13...  相似文献   

藏猪与大约克夏猪GADD45A基因多态性与表达差异研究     

邢璐  段梦琪  罗布白珍  徐业芬  张健  叶幼荣  商鹏 《黑龙江畜牧兽医》2022,(6):53-57+136

为了探究GADD45A基因在猪肌肉生长中的作用,试验选择180日龄的藏猪和大约克夏猪各8头,采用实时荧光定量PCR法测定和分析两品种试验猪只背最长肌、腿肌和垂体组织中GADD45A基因的mRNA相对表达量;同时选择180日龄藏猪37头和大约克夏猪55头,PCR扩增两品种试验猪只GADD45A基因起始密码子上游3 000 bp左右的序列(5′侧翼区),通过混池测序分析序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点,同时分析SNPs对GADD45A基因转录的影响。结果表明：在背最长肌和腿肌组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量均极显著高于大约克夏猪(P<0.01);在垂体组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量显著高于大约克夏猪(P<0.05)。GADD45A基因5′侧翼区存在G1 952A、C1 689T、G1 614T 3个突变位点,并且这3个突变位点在藏猪和大约克夏猪中均差异极显著(P<0.01),且均符合哈迪-温伯格定律(P>0.05);经转录因子预测,在C1 689T位点中,当C碱基突变...  相似文献   

鳙bmi1b基因单核苷酸多态性及其与生长和体型性状的关联性     

高一凡  俞小牧  桂建芳  童金苟 《中国水产科学》2022,29(4):503-514

bmi1b 基因作为转录抑制因子, 在维持多种干细胞的自我更新和增殖活性方面起重要作用。本研究对鳙 (Hypophthalmichthys nobilis) bmi1b 基因进行了单核苷酸多态性发掘及其与生长和体型性状的关联性分析。鳙 bmi1b 全长 5800 bp, 包含 9 个外显子、8 个内含子, 其氨基酸序列在进化上较为保守。bmi1b 在鳙下丘脑和肝脏中的表达量较高, 胚胎发育阶段从未受精卵至囊胚期都有极高的表达, 原肠期后表达量显著降低, 具有母源基因的表达特征。采用 PCR 扩增产物直接测序的方法, 在鳙 bmi1b 3′ UTR 获得 2 个 SNPs g.5224 T＞A 和 g.5550 C＞T。利用来源于 1 个鳙混合群体的 169 尾鱼进行 SNP 基因分型及其与生长和体型性状的相关性分析, 结果表明: g.5224 T＞A 与体重和头高呈显著相关(P＜0.05), 与体高和头长呈极显著相关(P＜0.01); g.5550 C＞T 与体重和体型性状的相关性未达到显著水平。2 个 SNP 位点等位基因间的组合分析显示, 双倍型 D2 (AT CC)为优势基因型组合, 其体重和体型性状的平均值显著高于其他双倍型。这些结果为进一步研究鱼类 bmi1b 基因的功能提供了参考; 同时鳙 bmi1b 基因 SNP 标记在生长和体型性状的分子育种研究中也具有良好的应用潜力。  相似文献   

条斑紫菜6个品系的SRAP分析     

贾威  黄林彬  严兴洪 《水产学报》2013,37(10):1495-1502

为鉴别条斑紫菜不同品系的种质,使用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对条斑紫菜的5个选育品系和1个野生品系进行遗传分析,结果从35对引物组合中筛选出可扩增出稳定清晰条带的组合11对,共获得131个扩增位点,其中多态性位点125个,多态性比例高达95.42%。6个品系 间的遗传距离为0.364 3～0.867 9,平均为0.593 0。用UPGMA法进行聚类分析,结果将6个品系分为2个群,所反映的亲缘关系与各品系的来源基本一致,说明SRAP 标记技术可以成为条斑紫菜品系间遗传分析的有效工具。在131个多态性位点中,选择扩增出的4个位点构建了6个品系的指纹图谱。另外,通过ME1/EM6引物组合 扩增得到耐高温品系TM-18的特异性条带,经回收测序和重新设计引物,该条带在其丝状体和叶状体DNA中均能稳定地被扩增出来,可用于该品系的种质鉴别 。  相似文献   

凡纳滨对虾α-淀粉酶基因的SNPs检测   总被引：2，自引：0，他引：2  

彭敏  陈晓汉  曾地刚  马宁  李咏梅 《水产科学》2008,27(7)

利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF 2个品种共40个样本的α-淀粉酶基因(GenBank序列号:AJ133526)的单核苷酸多态性(SNP)进行了研究。找到9个SNPs,分别为:C127T、A138G、T951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。  相似文献   

分子遗传标记及其技术在水产生物中的研究与应用   总被引：4，自引：0，他引：4  

邢晶晶 《水产学杂志》2002,15(1):61-70

本总结了现代生物学所发展出来的各类分子标记，并对分子标记技术在水生生物中的研究和应用进行了一简单综述。  相似文献   

流沙湾养殖华贵栉孔扇贝体色多态性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

欧燕燕  刘志刚  刘锦上 《南方水产》2012,8(5):15-24

对雷州半岛西部流沙湾养殖的华贵栉孔扇贝（Chlamys nobilis）群体进行了体色多态性研究。结果显示,在调查的10个苗种来源不同、总抽样数量为5 954个个体的养殖群体中,壳色可分为6类,分别是橘黄色（62.31%）、枣褐色（14.51%）、紫白色（12.46%）、橘黄间紫色（6.43%）、紫顶枣褐色（3.46%）和黄顶紫黄色（0.82%）;6类壳色群体的闭壳肌颜色均存在白、黄2色,且白色比例均显著高于黄色,其中黄色闭壳肌比例最高的是橘黄色（18.79%）;华贵栉孔扇贝成熟的生殖腺颜色分为黄、乳白2色,分别代表雌性和雄性,性比与闭壳肌颜色相关。研究表明,华贵栉孔扇贝壳色以橘黄色为主（P〈0.05）,闭壳肌颜色以白色为主（P〈0.05）;壳色与闭壳肌颜色存在一定的相关性,带“黄”壳色个体黄色闭壳肌比例较高（P〈0.05）;黄色闭壳肌群体雌性比例显著高于雄性（P〈0.01）。  相似文献   

云南倒刺Ba线粒体DNA的遗传多态性分析     

郑冰蓉  张亚平等 《水利渔业》2002,22(1):14-14

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非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

吴莹莹  孟宪红  孔杰  王清印  栾生  罗坤 《渔业科学进展》2013,34(1):111-118

利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476～0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关。以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记。  相似文献