基于Fiber1基因分型的安卡拉病毒感染病例实验室检测     

李梅  何玲  岳筠  周敏会  张启琴  程振涛  李凤龙 《贵州畜牧兽医》2019,43(6)

为确诊贵州省某养鸡场发生疑似安卡拉病毒感染的病例,实验基于安卡拉病毒Fiber1基因设计合成引物,对病料样本进行病原核酸检测和核酸测序与序列分析。结果:(1)从病例的肝脏样本中扩增出大小约1 296 bp的Fiber1基因目的片段,与预期结果相符。(2)序列测定与分析显示,扩增的Fiber1基因序列与国内分离株序列同源性高,亲缘关系近。(3)系统进化分析显示,感染病例中的安卡拉病毒流行株(命名为:GZ-LPS)与K31、MX-SHP9、ON1和河北、江苏等地的FAdV-4分离株处于同一进化分支,而与其他血清型禽腺病毒株处于不同进化分支。结论:此次疫情经实验室诊断,确定为禽腺病毒Ⅰ群C种血清4型的安卡拉病毒感染所致。  相似文献   

Cloning and Sequence Analysis of PTTG1 Gene in Luchuan Pig     

QIN Zhao-xian  NONG Su-qun  GUAN Zhi-hui  LIANG Dan  QIN Qian  LAN Xi  PAN Tian-biao  XIE Bing-kun 《中国畜牧兽医》2016,43(9):2223-2229

This experiment was aimed to clone PTTG1 gene CDS sequence of Luchuan pig,and was analyzed by bioinformatics methods.A pair of special primers was designed according to predicted sequence of porcine PTTG1 in GenBank.The coding sequence of PTTG1 in Luchuan pig was amplified by RT-PCR,its gene sequence characteristics and protein structure was systemically analyzed by bioinformatics techniques.The results showed that the cloned PTTG1 fragment included a 609 bp CDS (coding 202 amino acids).The sequence multi-aligned results showed that Luchuan pig shared 90.15%,87.85%,87.52%,87.03%,76.03%,74.38%,55.74% and 44.48% of similar nucleotide sequence with that of Bos,Pan troglodytes,Homos,Macaca,Rattus,Mus,Gallus and Danio retio,respectively.The protein structure analysis results showed that the protein attributed hydrophilic protein without signal peptide,localized in cell cytoplasm and had 16 phosphorylation sites.The phylogentic tree of amino acid indicated that PTTG1 was highly conserved in the process of evolution of different species.The cloning and analysis of PTTG1 gene provided an important foundation for further study biological function of porcine PTTG1 during early embryonic development.  相似文献   

鸡肾型传染性支气管炎病毒IBV-SD04株M基因克隆与序列分析     

陈冰  李云霞  孙美玉  王寿山  李亚杰  郁宏伟  杨保收 《中国家禽》2014,36(20)

IBV-SD04(以下简称SD04株)为一株临床分离的鸡肾型传染性支气管炎病毒.通过RT-PCR技术扩增出该毒株的M基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中进行序列测定与分析,结果表明该分离株M基因长度为678 bp,编码225个氨基酸,与国内外主要的疫苗毒株和国内分离株核苷酸同源性为86.6％～99.9％;通过DNAStar软件对M蛋白进行二级结构预测,结果表明M蛋白的N端前98位氨基酸具有良好的亲水性、抗原性指数以及表面可能性;通过在线软件TMHMM Server v.2.0对M蛋白进行跨膜区分析,结果显示SD04株M蛋白跨膜3次,跨膜区分别位于23 ～40、47～69和79～98肽段区;应用在线软件NetNGlyc 1.0和NetOGlyc 3.1对M蛋白进行糖基化位点分析,结果表明SD04株M蛋白无氧连糖基化位点,存在2个氮连糖基化位点.综合以上信息,SD04株可作为疫苗候选株进行研究.  相似文献   

哥儿俩好大众GolfVariant、CrossGolf     

王小雷  马欣摄影 《农村机械化》2011,(12):52-57

从入职到现在，在我的印象里好像没有把两款车同时放在一个试车报告里的先例。开此先例是因为这两款车实在没法放在一起做对比，因为它们是定位完全不同的两兄弟。如果每一款车都独立做一个试车报告，它们由血缘关系决定的很多相似性又会让我觉得无从下笔。  相似文献   

谷子弯孢病菌Clga-1基因克隆及特征分析     

李志勇  谢夏青  董金皋  董志平 《华北农学报》2011,26(2):39-42

谷子弯孢病菌(Cochliobolus lunatus)引起的谷子叶斑病是谷子生产上的重要病害之一,常造成严重经济损失.本研究利用候选基因法和RACE技术克隆了谷子弯孢病菌中的1个Ga基因,命名为Clga-1,在GeneBank登陆号为HQ699081.Clga-1基因开放阅读框为l 062 bp,编码353个氨基酸多...  相似文献   

油桐LEC1基因的cDNA克隆与序列分析     

杨丹  章怀云  张党权  陈丽莉  何含杰  陈容  彭宽 《经济林研究》2016,(1):1-5

为了解LEC1(Leafy Cotyledon 1)基因对油桐油脂合成过程的调控机理,以油桐种仁转录组数据库中基因的部分c DNA序列为基础,采用RT-PCR技术从油桐种子中克隆LEC1基因的全长c DNA,并对其进行序列分析。油桐LEC1基因全长c DNA为1 152 bp,编码区为729 bp(142~870),编码243个氨基酸,5′端非编码区和3′端非编码区分别为141 bp和263 bp。该基因编码蛋白质的相对分子质量为27 025.4 Da,理论等电点为6.97;蛋白二级结构以不规则卷曲和α螺旋为主,是不具有跨膜结构的膜外蛋白。经对比发现,油桐LEC1具有典型的HAP3结构特点,在不保守的N端和C端中间有1个十分保守的结构域,与拟南芥、玉米、麻风树、黄连木等的LEC1氨基酸序列高度同源。  相似文献   

杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析     

张新叶  宋丛文  黄敏仁 《林业科学》2011,47(1)

利用黑斑病的高抗无性系美洲黑杨I-69及黑斑病的高感无性系欧美杨I-45为材料建立的2个cDNA文库,随机挑取cDNA克隆进行5'端EST序列测序,共获得有效序列20 023条.序列经聚类分析和拼接后,共获得10 816个Unigene,其中包括3 734个Contig,7 082个独立的Singleton.被注释的8 853个具有同源性匹配序列基因中,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分3个不同分类角度进行分类.在具有功能注释的8 853个Unigene中,选出330个与完成全基因组测序的毛果杨序列进行BLAST分析,结果发现有177个抗病相关候选基因出现在282个Unigene中,其中135个分布于杨树的18个不同连锁群上,其他42个基因位于还没定位的scaffolds上.所测定的这些EST序列为后期在基因组水平上研究杨树黑斑病的水平抗性遗传机制及进一步的相关基因发现奠定基础.

Abstract：

In an attempt to elucidate the molecular mechanism for resistance of black spot disease in poplar,gene expression profiles in leaves of Populus deltoides'Lus'(I-69/55)and P.euramericana'I-45/51',which were inoculated with the pathogen Marssonina brunnea f.sp.brunnea,were analyzed based on expressed sequence tags (ESTs).A total of 20 023 valid ESTs from the 5'terminal ends derived from corresponding cDNA libraries of the two poplar species were sequenced.Cluster analysis of the 20 023 sequences yielded 10 816 tentative unigenes,including 3 734 contigs and 7 082 singletons.All tentative unigenes were classified by Gene Ontology functional categories.To find resistance-associated candidate genes and locate them on poplar genome,330 unigenes was chosen from 8 853 annotated tentative unigenes,and their BLAST alignment was conducted with Populus trichocarpa assembly,1 77 related candidate resistant genes were found,and they presented in 282 unigenes.Among these genes,there were 1 35 genes located on 18 different linkage groups of poplar genome,and 42 genes located on the different scaffolds.This study supplied a resource of candidate genes for further exploring the genetic mechanism for the host horizontal resistance to the pathogen Marssonina brunnea at the whole genome range,and provided important information for further gene discovery.  相似文献   

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈道  张洁  吴祖建  丁新伦 《园艺学报》2021,37(1):146-150

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。  相似文献   

桉树林取代马尾松树林后土壤动物组成变化研究     

马广超  丁晖  徐海根  何秋香 《热带作物学报》2016,36(4):35-40

为深入了解不同林龄桉树林下土壤动物的多样性及相似性，客观评价桉树取代马尾松林后的生态效益，利用建立的标准养地，对比研究了广西柳州不同林龄桉树林和马尾松土壤动物群落结构特征。大型土壤动物采用野外分层手捡记数，中小型土壤动物采用取土器分层取土，带回实验室采用干漏斗分离并镜检。结果表明，桉树取代马尾松后，土壤动物物种丰富度增加了，但土壤动物的多样性指数、优势度指数和均匀度指数均下降，导致群落的稳定性变差。炼山导致生境的改变，影响了土壤动物的数量。随着桉树的持续经营，土壤动物相似程度增加，但与马尾松林下土壤动物的  相似文献   

基于气候相似性和聚类分析评估我国花生中黄曲霉毒素B1的污染风险     

李鑫  李耘  王三强  丁小霞 《农业质量标准》2015,(4)

本文通过使用气候相似距方法和聚类分析方法，对我国黄曲霉毒素B1的污染情况作了定量分析。把污染情况划分为3档，即无污染或轻度污染、中度污染以及重度污染，将全国56个气象试验站所在的29个省(市、自治区)进行了污染情况的划分。结果表明，我国南部和长江中下游地区黄曲霉毒素B1的污染情况严重，且随时间推进，我国黄曲霉毒素B1的污染情况在加重。同时说明应用气候相似距原理结合聚类方法应用于花生中AFB1污染风险的预测预警具有一定可行性。  相似文献