武陵山西部及邻近地区宽鳍鱲群体遗传多样性和遗传结构     

覃宁  张利铖  肖梦娜  周旭  张桂蓉  马徐发  魏开建 《中国水产科学》2024,31(3):301-315

为评估武陵山西部和神农架林区宽鳍鱲(Zacco platypus)群体的种质遗传多样性, 采用线粒体Cyt b 序列和微卫星DNA (SSR)标记对7 个宽鳍鱲群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示, 7 个群体185 个Cyt b 序列中共检测出144 个变异位点和33 个单倍型, 群体间的单倍型多样性(H_d)为0.000~0.887, 核苷酸多样性(π)为0.000~0.275。Cyt b 单倍型的NJ 系统树和中介网络图显示, 7 个群体聚为3 个分支(江口1/江口2, 神农架, 习水/赤水/务川/南川)。分子方差分析(AMOVA)显示7 个群体之间、3 个支系之间存在显著的遗传分化。基于11 个微卫星DNA 位点的分析表明, 宽鳍鱲7 个群体的平均等位基因数(N_A)为3.66, 平均Shannon’s 信息指数(I)为0.689, 平均观测杂合度(H_O)为0.315, 平均期望杂合度(H_E)为0.354, 平均多态信息含量(PIC)为0.409。群体之间的遗传分化指数(F_ST)变化范围为0.060~0.547, 各群体之间存在显著遗传分化(P＜0.05)。UPGMA 系统树和PCoA 分析显示, 7个宽鳍鱲群体聚为4 支, STRUCTURE 聚类分析显示宽鳍鱲7 个群体可划分为4 个最佳遗传组群。AMOVA 分析表明, 宽鳍鱲7 个群体之间、4 个遗传组群之间存在显著的遗传分化。结论认为, 武陵山西部及神农架林区的野生宽鳍鱲群体整体上具有较低的遗传多样性, 且存在显著的遗传分化, 应加强对河流生态和环境的保护, 确保宽鳍鱲野生种质资源的可持续利用。  相似文献   

应用微卫星DNA标记进行边鸡群体遗传多样性分析     

白文林  尹荣焕  杨桂芹  赵素君  宫艳秋  罗光彬 《江西农业大学学报》2007,29(3):423-428

目前,微卫星DNA标记已被广泛应用于动物遗传育种研究中,可有效地进行群体遗传多样性分析,并可估算群体间的遗传距离。为了从分子水平上揭示边鸡群体的遗传结构及系统地位,利用鸡基因组中均位于常染色体上的5个微卫星DNA标记,检测了边鸡群体的遗传多样性,并以大骨鸡做了比较分析;同时,初步探讨了边鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数最少(5个),而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数最多(9个),平均等位基因数为7.6个.边鸡群体在5个微卫星位点的平均多态信息含量、平均基因杂合度(h)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.667 1、0.745 7和4.044 3,边鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性;聚类分析结果显示,边鸡与大骨鸡亲缘关系最近,而与鲁西斗鸡亲缘关系相对较远。该系统聚类结果与这些地方鸡种的系统分化与选育历史是基本一致的。  相似文献   

利用5'锚定PCR技术分离枇杷微卫星标记   总被引：4，自引：0，他引：4  

盛良明  薛华柏  王化坤  徐春明  王三红  章镇 《江苏农业学报》2007,23(1):50-53

用5'锚定PCR技术分离出32个枇杷特异SSR位点,对其中适合设计引物的28个位点设计了相应的引物,并分别与对应的5'锚定的简并SSR引物配对,应用于5个枇杷品种的基因组PCR扩增.结果表明,27条引物在5个受试枇杷品种中有扩增产物,其中24条为可用引物,另外3条引物因为扩增产物不符合SSR标记的特征不能用作SSR标记的引物.  相似文献   

利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系   总被引：5，自引：0，他引：5  

张勇  肖礼华  陈祥  孙鹃  张明忠  罗卫星  田启培  王芳芳  韦骏  郭荣华  简承松 《畜牧兽医学报》2006,37(12):1274-1281

利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测，分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明：13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中，瑶山鸡的平均基因杂合度最高，引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低，其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似，说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明，13个鸡种分为2大类群，隐性白洛克独自为1个类群，12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群：其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起，然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成；高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。  相似文献   

12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析   总被引：24，自引：4，他引：24  

陈国宏  季从亮  王敏强  Steffen Weigend 《畜牧兽医学报》2006,37(2):105-111

利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。  相似文献   

猪八号染色体产仔数微卫星标记的探讨   总被引：8，自引：0，他引：8  

张淑君  熊远著  曾凡同  邱祥聘  邓昌彦  肖森木  夏瑜  郑嵘  蒋思文 《养猪》2001,(2):31-33

本试验从猪第八号染色体遗传图谱上选择九个微卫星标记位点，。合成引物对长大，二花脸和大白共254头母猪进行PCR扩增，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分型，用SPSS统计软件分别对9个微卫星的多态性与母猪产仔数连锁关系进行分析，结果表明，长大母猪产仔数与SW1070，SW905两个位点显著相关，二花脸猪的产仔数与OPN，SWR1101，SW790三个标记位 显著相关联，大白猪的产仔数与SWR1101，SW268，SW1070标记位点显著相关。  相似文献   

用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系   总被引：1，自引：0，他引：1  

张勇  肖礼华  陈祥  罗卫星  简承松 《中国畜牧杂志》2009,45(23)

利用20个微卫星座位对贵州12个地方鸡种和隐性白洛克进行遗传分析,得到各品种的等位基因频率、平均杂合度、多态信息含量及品种间的Nei氏标准遗传距离,并进行了聚类分析。结果表明:13个鸡种在各微卫星座位上的遗传杂合度均有差异,平均遗传杂合度为0.6885(贵州地方鸡种为0.6915);平均多态信息含量为0.6297(贵州地方鸡种为0.6326),说明贵州地方鸡种遗传多样性较隐性白洛克丰富。UPGMA聚类分析结果显示,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自构成一个类群,12个贵州地方鸡种为另一个类群,12个贵州地方鸡种进一步可分为4个小类群。研究结果对贵州地方鸡种资源的评估、保存和利用具有一定的指导意义。  相似文献   

山东省地方山羊品种群微卫星基因座的遗传多样性   总被引：2，自引：1，他引：2  

孙允东  马月辉  王建民  李宏滨  苑存忠  尚友国 《家畜生态学报》2006,27(2):19-27

选用来源于牛和绵羊的27个微卫星DNA标记,对山东省4个地方山羊品种进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、多态信息含量、不同标记的平均杂和度、总群体杂合度、亚群体杂合度、群体杂合度、基因分化系数、不同群体的F-统计量、基因流动数、不同群体间的基因流动个数和遗传距离并进行聚类分析,评估其种内变异和种间变异的关系,以群体平均杂合度、F-统计量和遗传分化系数为基础,结合四个山羊种群的实际生存状况,提出避免近交和种群间杂交符合山东山羊种群实际状况的保种模式。研究结果可为山东地方种质特性研究提供基础数据,为山东地方山羊种群的合理保护利用提供科学依据。  相似文献   

DNA指纹技术在羊上的应用研究现状   总被引：2，自引：0，他引：2  

张爱玲马月辉  耿社民 《家畜生态》2003,24(4):44-47

微卫星DNA指纹技术是近几年发展的一种新的遗传标记技术，在畜禽遗传标记上已得到广泛应用。本文综述了微卫星DNA技术的原理、特点以及在绵山羊中的应用现状。  相似文献   

野生天山马鹿哈密种群微卫星遗传多样性   总被引：1，自引：0，他引：1  

夏米西丁.阿不都热依木艾斯卡尔.买买提  布左拉·吐尔逊孜拉吉古丽·西克然木  阿依努尔·阿卜杜艾尼马合木提·哈力克 《野生动物》2014,(1):38-44

为了解野生天山马鹿哈密种群的微卫星多态性,本文选用5对微卫星标记引物,利用粪便DNA分析法、PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率（JP）、有效等位基因数（M）、群体杂合度（1te）、多态信息含量（PIC）和遗传距离,对冬季采集的201份天山马鹿粪便进行了研究,评价了其遗传多样性和系统进化分析。结果表明：成功提取I）NA的194份粪便分属140个体;种群平均等位基因4．200±0．837;平均有效等位基因数3．2167±0．0236;平均多态信息含量0．6332±0．0017;平均期望杂合度0．694±0．035;平均观察杂合度0．792±O．063。整个种群没显著偏离Hardy—Weinberg平衡,种群剧定系数Fis为一0．238。从此可见,野生天山马鹿哈密种群具有比较丰富的遗传多样性.  相似文献