深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘     

黄千千  张宇  倪俊卿  王贵江  罗文学  骆菲  刘廷玉  李赛  周磊  杜恒  张军辉  刘剑锋 《中国畜牧杂志》2023,(6):95-100

深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。  相似文献   

山东栒子全长转录组测序数据组装及功能注释     

步俊彦  倪瑞强  臧德奎 《分子植物育种》2020,(1):92-99

山东栒子是中国山东省的特有种,现已处于极度濒危状态。目前,山东栒子的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏,急需探究其生物学遗传信息,以加快对山东栒子的保护遗传学工作。本研究以山东栒子叶片、花、成熟果实为实验材料,利用PacBio Sequel测序平台对其转录组进行全长转录组测序。共得到高质量去冗余的转录本53932个,作为最终转录本序列。预测到的CDS区共52490个;对其SSR位点进行分析,对测序得到Unigenes进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索,共搜索到26796个SSR位点。对非冗余转录本利用BLAST软件与NR、Swissprot、GO、COG、KOG、KEGG 6个数据库进行比对,一共成功注释了53319个Unigenes,其中与NR数据库进行比对中注释为苹果的的相关基因数量最多,其次是白梨和桃;在GO数据库中有33305条山东栒子Unigenes被注释分类,由生物学过程、细胞成分和分子功能三部分组成;在与COG数据库比对中,共有23910条比对到了同源序列,且一共被分为25类;在与KEGG数据库的一系列比对中,可将Unigenes映射到126条代谢通路中。本研究在高通量全长转录组水平对山东栒子进行了系统研究,这为进一步开展山东栒子的分子标记开发和挖掘优良基因提供了科学依据,从而推动山东栒子的保护与利用。  相似文献   

菜籽油裂解燃料离子液体催化酯化反应降酸工艺的研究     

张爱华  李洋  肖志红  张良波  皮兵  李昌珠 《湖南林业科技》2014,(5):47-49

为了降低裂解燃料酸值,增加燃料的稳定性能,将吡啶丁烷磺酸硫酸氢盐应用于菜籽油裂解燃料的酯化反应。考察了催化剂用量、反应时间和反应温度等对酸值的影响,并在最佳优化条件下考察了裂解燃料成品的理化性质。结果表明:吡啶丁烷磺酸硫酸氢盐对催化酯化反应具有很高的催化活性。优化工艺条件为:催化剂用量1.2%、反应温度75℃、反应时间70 min,在此工艺条件下,酸值降低到1.0 mgKOH/g以下。  相似文献   

不同裂解温度的污泥生物质炭理化特性分析     

马涛 《中国农学通报》2020,36(35):134-138

研究裂解温度对污泥生物质炭基础理化性质的影响,为安全、合理、高效处置污泥提供理论依据。将干燥污泥分别在200、300、500、700℃下进行热裂解处理(SBC200、SBC300、SBC500、SBC700),获得污泥生物质炭,测定其基础理化特性。结果表明：不同温度制备的污泥生物质炭表面颗粒结构完好,孔径范围均集中在10~50 μm,其中低温生物质炭SBC200表面较光滑,最可几孔径和中值孔径最大,分别为20.1 μm和14.8 μm,高温生物质炭SBC700表面较粗糙,比表面积最大,为5.98 m²/g。随裂解温度的提高,污泥生物质炭的产率、含水量、电导率、挥发分、阳离子交换量显著下降,全碳、氧、全氮、氢含量、有效磷和铵态氮均逐渐降低,pH和灰分含量显著增加。将污泥制备成生物质炭,是安全处置污泥的有效途径,低温制得的污泥生物质炭具有更大的提高土壤肥力的潜力,而高温制得的生物质炭在改良土壤酸性的应用上具有更大的潜力。  相似文献   

磷酸、膦酸酯类农药的质谱裂解规律研究     

李娇 《农药科学与管理》2016,(6):25-30

在对23种磷酸、膦酸酯类农药及其氧化物的质谱数据进行归纳整理的基础上,明确了这类农药质谱裂解规律。结果表明:电子轰击离子化条件下,磷酸、膦酸酯类农药分子极易裂解,且分子离子峰较弱。发现C_2H_6O_3P~+(m/z109)是其最具代表性的特征碎片离子。磷酸酯类农药裂解规律是二甲氧基磷酸酯P-0键易发生a断裂,生成m/z 109特征碎片离子。二乙氧基磷酸酯易脱去中性碎片C_2H_4,形成m/z81的特征离子。R'含有烯烃结构,易产生m/z127的特征碎片离子。膦酸酯类农药裂解规律与磷酸酯类似,特征性弱,膦键容易发生a断裂。选定了磷酸、膦酸酯类农药在质谱分析中常见的碎片离子,为农药残留筛查、确证分析提供参考。  相似文献   

遗传距离     

《西北农业学报》2011,(9):112

1910年,Morgen TH提出假设:假定沿染色体长度上交换的发生具有同等的几率,那么两个基因位点间的距离可以决定减数分裂过程中发生重组染色体的发生率,即重组分数。重组分数的数值将随着两位点间距离的增大而增大。它是构建物理遗传图谱的基础,也是利用连锁分析将基因序列从染色体上搜寻出来的位置克隆法的基础。人们规定同一染色体上两个位点间在一百次减数分裂发生一次重组的机会时,即Q=1/100时定义两位点间的相对距离为一个c M(centi morgan)。人类基因组平均遗传  相似文献   

杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析     

文亚峰  韩文军  周宏 《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2014,(3):1-5

杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种（属、科）间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星（SSR）位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点（CJCP1m₀04和CJCP2m₀02）具有多态性,其单倍型数量（A）分别为2和6,多样性指数（H）为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m₀02在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为（AT）n··（T）n,不同于来源物种的重复单元类型（AT）n。筛选得到的叶绿体微卫星（SSR）标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。  相似文献   

微卫星多态性与萧山鸡生产性能相关性研究     

王德前  陈国宏  吴信生  张学余  王克华 《中国家禽》2011,33(13)

萧山鸡具有良好外貌特征与独特的肉质风味,符合传统消费需求,因而倍受消费者青睐,市场份额逐年增加。在萧山鸡培育过程中,生产性状是最重要的选育指标,一直为育种工作者高度重视,但这类性状的实体测量的选择效率并没有想象中高,且在实际育种过程中还会出现一个性状的选择进展导致另外相关性状倒退的情况。标记辅助选择是加快鸡屠宰性状遗传育种进展的有效途径,但前提是找到与性状紧密连锁的标记或控制性状的数量性状位点,借助遗传标记的信息来  相似文献   

不同水分环境下玉米叶面积QTL定位及候选基因分析     

赵小强  钟源  周文期 《草业学报》2021,30(5):103-120

玉米叶面积的大小及分布特征不仅影响其光合效率、蒸腾速率,而且与其耐旱性、耐密性、抗倒伏性及产量形成紧密相关。深入剖析不同水旱环境下玉米不同生育时期不同叶位叶面积的分子遗传机理对玉米耐旱高产新品种的选育具有重要意义。本研究以构建的2套F_2∶3群体为试材,在8种水分环境下,采用复合区间作图法（CIM）和基于混合线性模型的复合区间作图法（MCIM）对玉米相应叶（V₁₈时期第10片叶、R₁时期穗三叶）叶面积进行单环境和多环境联合QTL分析;参考玉米基因组B73 RefGen_v3挖掘稳定表达的QTLs （sQTLs）区间内的候选基因,并对其进行功能分析。结果表明,采用CIM法,单环境下2个生育时期2套F_2∶3群体间总共定位到了7个玉米相应叶叶面积QTLs,主要受显性（81.0%）、部分显性（14.3%）和超显性（4.7%）等遗传效应的调控,其中在干旱环境下定位到了5个QTLs。采用MCIM法,在2套F_2∶3群体间总共检测到6个相应叶叶面积的联合QTLs,其中1个表现为显著的QTL与环境的互作（QTL×E, Bin 2.08~2.09）,1对QTLs （Bin 1.08~1.10与 Bin 2.08~2.09）参与了显著的加性与加性（AA）上位性互作。结合CIM和MCIM法进一步分析在2套F_2∶3群体间检测到了6个sQTLs,其分别位于Bin 1.08~1.10、Bin 2.08~2.09、Bin 4.08~4.09、Bin 6.05、Bin 8.03和Bin 10.03处,并在这些sQTLs区间内确定了12个玉米叶发育相关候选基因。采用生物信息学,总共收集了75个玉米叶发育相关候选基因,通过系统进化树分析表明,这些候选基因划分为3大进化分支,且上述检测到的12个候选基因分布于这3大进化分支上。这些结果为系统地解析玉米不同生育时期不同水旱环境下相应叶叶面积的分子遗传机理提供理论依据,检测到的sQTLs可作为叶面积改良的重要染色体区段,检测到的候选基因为其进一步克隆、功能分析及育种应用提供了信息参考。  相似文献   

全基因组选择在猪育种中的研究进展     

宋志芳  曹洪战  芦春莲 《猪业科学》2016,(6):110-112

目前,随着分子生物学技术和遗传学的不断发展,动物育种方法从传统的数量评估方法,逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。全基因组选择是动物育种的一次革命,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能大大缩短育种间隔,提高遗传进展,已然成为动物育种研究的热点。该文主要对全基因组选择在动物育种中的应用及展望做一个简述。  相似文献