对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣 《水产科学》2010,29(12)

通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列.结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征.6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致.对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因.因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考.  相似文献   

刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析          下载免费PDF全文

刘安然  廖梅杰  李彬  王印庚  荣小军  张正  范瑞用  陈贵平 《渔业科学进展》2019,40(1):101-109

本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。  相似文献   

富集文库－菌落原位杂交法筛选栉孔扇贝的微卫星标记     

战爱斌  胡景杰  胡晓丽 《水产学报》2008,32(3):353-361

应用微卫星富集文库─菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记.用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N )捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库.利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA.富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆.任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点.利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个栉孔扇贝个体评价微卫星位点,分析表明37个位点具有多态性.不同的位点获得的等位基因数目为2～14个不等,37个多态性位点共获得258个等位基因,平均每个位点获得7.0个等位基因.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.1000～1.0000、0.1197～0.9831和0.1172～0.9782.结果表明,富集文库─菌落原位杂交法适合大规模筛选目标物种的微卫星标记.  相似文献   

甘蓝自交不亲和决定因子的体外表达和相互作用的检测   总被引：5，自引：3，他引：2  

杨洋  高启国  宋明  牛义  汤青林  朱利泉  王小佳 《园艺学报》2009,36(3):355-362

 S位点受体激酶(SRK)和S位点富含半胱氨酸蛋白/S位点蛋白11(SCR/SP11)分别为甘蓝自交不亲和(self-incompatibility, SI)信号传导的雌雄决定因子。为了深入研究两者的作用机理和进行人工调控,本研究以结球甘蓝ZQ为材料,利用pET·NusA融合蛋白表达系统,将包含SRK胞外域和跨膜域的mSRK蛋白和SCR蛋白在大肠杆菌BL21中融合表达,经SDS-PAGE电泳检测表达出融合蛋白大小分别约为116 kD和74 kD。进一步将两融合蛋白进行体外相互作用的检测,结果表明mSRK与SCR蛋白能够相互结合形成稳定的复合体,这为下一步实现SRK-SCR复合体聚合与解离的人为调控提供了技术平台。  相似文献   

白菜S位点糖蛋白基因的克隆与表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

张爱芬  李英  刘同坤  史公军  侯喜林 《园艺学报》2009,36(2):273-278

 以白菜自交不亲和系为材料,采用RT-PCR技术,用特异引物对SLG基因进行克隆,获得SLG基因cDNA序列长度为1 324 bp,命名为BcSLG。序列分析表明：所获得的白菜BcSLG基因cDNA序列包含一完整的编码框,编码432个氨基酸,含有12个保守的半胱氨酸残基和7个N-糖基化位点。序列比对和系统进化分析表明：BcSLG与其它植物的SLG基因氨基酸序列具有较高的同源性,与大白菜和甘蓝亲缘关系最近。荧光定量PCR分析表明：BcSLG基因在自交不亲和系的柱头中表达量最高,其次是花蕾,叶片中表达最低, 在自交亲和系的柱头、花蕾和叶片中相对表达较低。  相似文献   

大白菜叶片长宽性状的QTL定位   总被引：1，自引：0，他引：1  

李威  王晓武  武剑 《中国蔬菜》2009,1(16):14-19

利用一套大白菜双单倍体（DH）群体和包含287个分子标记的遗传图谱,运用复合区间作图法对叶长、无柄叶长、有柄叶长、叶宽、叶柄长、叶柄宽6个叶部形态学性状进行QTL定位及遗传效应的分析。结果表明：在4个连锁群上共检测到12个QTL,分别为叶长相关的3个,无柄叶长相关的2个,有柄叶长相关的2个,叶宽相关的1个,叶柄长相关的2个,叶柄宽相关的2个。各位点的遗传贡献率介于7.5 %~18.9 %之间。其中,叶长与叶柄长的QTL存在共定位,叶宽与叶柄宽的QTL也存在共定位。  相似文献   

黑龙江多布库尔河和新疆额尔齐斯河江鳕的形态特征及生化遗传分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

张俊丽  高天翔  方华华  郭焱  于洪贤  刘曼红 《中国水产科学》2008,15(3):386-391

对采自黑龙江多布库尔河和新疆额尔齐斯河江鳕（Lota lota）的两个群体样本进行了形态学研究和生化遗传分析。在形态学水平上,38项可比特征中有26项（68．42％）差异达到极显著水平（P〈0．01）。根据Mayr差异系数C．D≥1．28的亚种划分标准,尾柄高相对体长的百分比和幽门盲囊数目两项特征支持两个群体的差异达到亚种水平。利用同工酶技术分析两个群体的遗传结构,结果表明,所检测的8个基因位点中,额尔齐斯河江鳕全部为单态,而多布库尔河江鳕在G3PDH位点呈多态,两个群体在G3PDH。位点的基因频率达到近似基因置换的水平,群体间遗传距离为0．08286。结合其他研究结果,黑龙江多布库尔河和新疆额尔齐斯河的江鳕应为不同亚种。[中国水产科学,2008,l5（3）：386391]  相似文献   

用籼/籼交重组自交系群体构建的分子遗传图谱及其与籼/粳交群体的分子图谱的比较   总被引：3，自引：0，他引：3  

李维明  唐定中  吴为人  卢浩然  A. J. WORLAND 《中国水稻科学》2000,14(2):71-78

为了最终实现对籼稻数量性状基因位点 (QTLs)精确定位 ,用一个包含 1 31个系的籼 /籼交重组自交系群体 (F6∶7)构建了分子遗传连锁图谱。该图谱含由 1 1 3个水稻探针、2 8个小麦探针揭示的 1 6 0个RFLP标记和由 5个PstⅠ /MseⅠ引物组合揭示的 78个AFLP标记。群体的杂合性比率接近期望值 ,表明该群体具有正常的遗传结构。在 6个染色体区域观察到标记的偏分离 ,表明即使在亚种内群体中也可能发生标记的偏分离。本图谱的总长度为 1 4 35 8cM ,相邻标记间的平均距离为 6 38cM。由于采用了一套日本水稻基因组计划 (RGP)的RFLP标记 ,使本图谱能与RGP图谱进行比较。结果表明 ,两个图谱上的共同标记所覆盖图谱总长度几乎相同 ;在水稻 1 2条染色体中的 9条表现完全的连锁保守性。此外 ,水稻的第 1号染色体与小麦的第 3组染色体具有很强共线性。但是 ,两个图谱间也存在明显的差异 ,在 1S、1L、4L和 8L 4个染色体臂上发现 4个小倒位 ;除第 5号和第 6号染色体外的其他染色体上共检测到 1 9个新的位点。籼稻亲本间在染色体臂 2S、7S、1 0L和 1 1S 4个区域的RFLP多态性很低或没有 ,从而导致籼稻图谱在这些区域呈现空白。在这个籼稻图谱中 ,未检测到第 1 1号和 1 2号染色体间的重复性。还就稻属在基因组进化中的染  相似文献   

水稻根系活力的遗传分析   总被引：15，自引：2，他引：15  

滕胜  曾大力  钱前  国广泰史  藤本宽  黄大年  朱立煌 《中国水稻科学》2002,16(2):119-123

 以典型籼粳交(窄叶青8号/京系17) F1代花培加倍的DH群体为材料，在抽穗期用TTC法考察根系活力。利用已构建的分子连锁图谱，采用区间作图法对根系活力进行QTL分析，在第4染色体的RG449和RG809之间检测到一个QTL。用Epistat软件分析影响根系活力的单个位点和位点间的互作，结果在RG809附近检测到一个单基因，并检测到2个条件型互作和4对互适型互作，这些位点分布在第1、2、4、7、8、9和11染色体上。  相似文献   

小麦新抗源抗锈性评价和SSR位点遗传多样性     

杨乐  王琪琳  曾庆东  周新力  康振生  韩德俊 《麦类作物学报》2013,33(6):1305-1311

为了解小麦条锈病新抗源兴资9104、品冬34、秦农142、彬旱355的抗病性及遗传基础,对其苗期和成株期分别进行抗条锈性鉴定,并以小麦全基因组SSR标记为工具分析了新抗源与四个感病材料(Avocet S、铭贤169、790-149-34、中国春)间的遗传多样性。结果表明,兴资9104、品冬34、秦农142、彬旱355对当前条锈病流行小种具有全生育期或成株期抗性; 在975个SSR多态性位点共有3 390个等位性变异,每个位点平均等位变异3.48;全基因组和A、B、D基因组范围聚类结果基本一致,8个材料可分成三类,其中品冬34遗传背景与其他材料差异较大;随机抽取部分标记进行标记数量累加聚类,标记数量愈多,聚类结果愈稳定可靠。  相似文献