Assessment of bagging GBLUP for whole‐genome prediction of broiler chicken traits     

R. Abdollahi‐Arpanahi  G. Morota  B.D. Valente  A. Kranis  G.J.M. Rosa  D. Gianola 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2015,132(3):218-228

Bootstrap aggregation (bagging) is a resampling method known to produce more accurate predictions when predictors are unstable or when the number of markers is much larger than sample size, because of variance reduction capabilities. The purpose of this study was to compare genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) with bootstrap aggregated sampling GBLUP (Bagged GBLUP, or BGBLUP) in terms of prediction accuracy. We used a 600 K Affymetrix platform with 1351 birds genotyped and phenotyped for three traits in broiler chickens; body weight, ultrasound measurement of breast muscle and hen house egg production. The predictive performance of GBLUP versus BGBLUP was evaluated in different scenarios consisting of including or excluding the TOP 20 markers from a standard genome‐wide association study (GWAS) as fixed effects in the GBLUP model, and varying training sample sizes and allelic frequency bins. Predictive performance was assessed via five replications of a threefold cross‐validation using the correlation between observed and predicted values, and prediction mean‐squared error. GBLUP overfitted the training set data, and BGBLUP delivered a better predictive ability in testing sets. Treating the TOP 20 markers from the GWAS into the model as fixed effects improved prediction accuracy and added advantages to BGBLUP over GBLUP. The performance of GBLUP and BGBLUP at different allele frequency bins and training sample sizes was similar. In general, results of this study confirm that BGBLUP can be valuable for enhancing genome‐enabled prediction of complex traits.  相似文献   

Studied on Heritability Estimation and Selection of Eucalyptus urophylla Family     

Huang Conghui  Yang Chaohui  Chen Wenping  Wu Zhihua 《广东林业科技》2008,24(6)

  相似文献   

Genetic progress of upland rice (Oryza sativa L.) lines for disease resistance     

Natália Botega Alves  Marcio Balestre  João Paulo Pennacchi  Monique Caroline Nunes Fernandes  Douglas Goulart Castro  Flávia Barbosa Silva Botelho 《Plant Breeding》2020,139(5):853-861

The rice crop is affected by diseases throughout its cycle, impacting negatively on grain yield and quality. The control of the disease impact can be accomplished via crop breeding, using highly multiple resistant genotypes. This study aimed to evaluate the efficiency of multiple-character and specific selection of multiple resistance to major culture-associated diseases (neck blast, leaf scald and grain discoloration) in rice lines of the Upland Rice Genetic Breeding Program. The experiments were conducted in 35 sites during 12 agricultural years, where 124 lines were evaluated for the severity of fungal diseases, under natural field conditions. Multiple parameters were calculated based on the diseases´ scores: genetic, phenotypic and environmental variances, heritability, selection gain, renewal rate, and genetic and renewal progress. Genetic variance for the disease resistance was identified in the population, and the selection gain for multiple-character selection was of 3.16 year⁻¹ throughout the breeding process with a renewal rate of over 35%. The programme has showed efficiency in selecting multiple resistant genotypes to the mentioned diseases, highlighting genotypes with high potential for market release.  相似文献   

不同密度下玉米穗部性状的QTL分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

王辉  梁前进  胡小娇  李坤  黄长玲  王琪  何文昭  王红武  刘志芳 《作物学报》2016,42(11):1592-1600

为研究玉米穗部性状对不同种植密度的遗传响应,以郑58和HD568为亲本构建的220个重组自交系群体为材料,于2014年春、2014年冬及2015年春分别在北京和海南进行3个种植密度的田间试验,调查玉米穗长、穗粗、穗行数和行粒数等表型性状。利用SAS软件计算穗部性状的最优线性无偏估计值(BLUP),并采用完备区间作图法进行QTL定位。结果表明,在3个种植密度下共检测到42个QTL,单个QTL可解释4.20%~14.07%的表型变异。3个种植密度下同时检测到位于第2染色体上控制穗行数的QTL。2个种植密度下同时检测到4个与穗粗、穗行数和行粒数有关的QTL,其中第4染色体上1个与穗行数有关的主效QTL,在低、中种植密度下可分别解释表型变异的10.88%和14.07%。此外,在第2、4和9染色体上检测到3个同时调控不同穗部性状的QTL。研究结果表明玉米穗部性状在不同种植密度下的遗传调控发生变化,在不同密度下共同检测到的稳定QTL可应用于精细定位或开发玉米耐密性分子标记用于辅助育种。  相似文献   

应用BLUP法对中国对虾一代选择的遗传进展     

张天时  孔杰  栾生  罗坤  张庆文  胡红浪  孙喜模  王清印 《海洋水产研究》2008,29(3)

为了评估中国对虾最佳线性无偏预测(Best liner unbiased prediction,BLUP)的育种效果,利用2005年评估的个体育种值,组建3个高育种值家系为实验组,3个平均值育种值家系为对照组,进行了生长对比测试。2006年,6个家系的苗种经过独立培育、中间暂养,体重达到1g左右时用荧光标记进行了标记,标记后的幼虾同时放养于对虾养殖池中。在生产养殖池中养殖63d后进行生长性状的测定。BLUP法预测结果显示,中国对虾一代选育后的预期遗传进展为0.78g,相对于选育前全群的平均值6.68g提高了约11.68%。实际对比测试结果表明,高育种值家系后代平均体重为21.55g,平均育种值家系的平均体重为19.03g,选育一代的体重提高13.28%。结果表明,BLUP育种技术对中国对虾生长性状的选育效果显著。  相似文献   

AMMI模型与BLUP方法相结合评价河北省冬小麦品种丰产性和稳定性     

岳海旺  卜俊周  魏建伟  刘朋程  王延兵  李媛 《中国农业大学学报》2024,29(8):50-61

为有效鉴定和评价河北省冬小麦品种的丰产性、稳定性和适应性,筛选出适宜河北省推广种植的优良小麦品种,采用稳定性指数（WAASB）和同时选择指数（WAASBY）对2018—2019年河北省冬小麦节水组14个参试品种在10个试点产量数据信息进行综合分析。结果表明,环境效应是引起产量变异的主要来源,其次是基因型与环境互作效应,基因型效应所占比例最小。通过卡方检验发现,AMMI 2和GGE 2分别为AMMI家族和GGE模型的适宜模型,基因型与环境互作信号和GGE信号比例分别占84.06%和85.25%。各种稳定性因子主成分分析表明,前2个主成分轴共计解释了方差变量的72.3%。产量与基于混合效应模型稳定因子以及几何适应性指数均呈现出高度正相关。‘衡H1704’‘中农202’‘众信8482’ ‘MG729’‘金禾16415’和‘石Ta14’等品种被籽粒产量×稳定性指数双标图选为丰产性突出、稳定性好的品种。其中,‘众信8482’的WAASBY同时选择指数得分最高,是参试品种中表现最好的。而‘邯科4242’的WAASBY得分最低,是表现最差的品种。大曹庄、深州、永年等试点适宜种植的冬小麦品种为‘衡H1704’和‘中农202’,藁城、武邑、南皮和邢台等试点适宜种植的冬小麦品种为‘博麦11号’‘邯生414’和‘科茂60’,邯郸和鹿泉等试点适宜种植的品种是‘邯科4242’和‘MG729’,‘众信8482’适宜在深州、辛集、邢台和永年等试点种植。综上,采用混合线性模型稳定性指数（WAASB）和同时选择指数（WAASBY）可为河北省冬小麦品种示范和推广提供依据。  相似文献   

利用动物模型BLUP对甘肃瘦肉型猪新品系繁殖性能的遗传研究     

陈国顺  刘孟洲 《甘肃农业大学学报》1999,34(3):255-262

利用动物模型ＢＬＵＰ对甘肃瘦肉型猪新品系Ａ、Ｂ、Ｃ的繁殖性状的遗传分析,结果表明：３品系遗传力均属于低遗传力范围,各系遗传力已基本稳定。繁殖性状间的表型相关与遗传相关不仅在数值上有差异,有的甚至符号相反,说明表型相关与遗传相关之间存在很大的差异。繁殖性状与近交系数在世代进展中的相关系数由弱负相关向弱正相关转化。利用ＢＬＵＰ法对“八五”期间的产仔数性状作逆向再评定发现,Ａ、Ｂ、Ｃ３品系再在产仔数方面的选育是极其成功的。除Ａ品系活产仔数随世代的进展,遗传变异在加大之外,各系活产仔数和断奶窝重的遗传变异都在下降,性状趋向于稳定,只是在四世代稍有波动。从Ａ、Ｂ、Ｃ的遗传趋势来看,与品系的培育目标一致,从环境趋势来看,变化范围较大。因此,“八五”期间采取的选育措施是有效的,但各性状的遗传、环境走势不稳定,除了与饲养管理条件的控制有关外,选育措施的进一步改进和动物模型ＢＬＵＰ为主的工厂化养猪管理系统的引用是必需的。  相似文献   

作物品种区域试验中品种均值估计的模型和方法——算术平均值、加权最小二乘估值和BLUP的比较   总被引：4，自引：1，他引：3  

张群远  孔繁玲  杨付新 《作物学报》2003,29(6):884-891

针对作物区域试验中的品种均值估计问题,根据混合线性模型的一般原理,总结和提出多种加权最小二乘估计 (WLSE)和最佳线性无偏预测(BLUP)的方法,推导了这些方法的平衡数据计算简式;同时,利用14套2年多点的棉花区试资料和一套4年多点的棉花品种试验对这些方法的预测效果进行验证比较.结果表明,与算术平均值相比,以环境内误差方  相似文献   

品种区域试验中算术平均值、 BLUP和AMMI估值的精度比较   总被引：3，自引：0，他引：3  

张群远  孔繁玲  杨付新 《作物学报》2001,27(4):428-433

利用1982年以来我国棉花、小麦、水稻和玉米的60套区域试验数据,采用交叉验证方法,对区域试验中算术平均值、最佳线性无偏预测值(best linear unbiased predictor,BLUP)和AMMI(additive main effects and multiplicative interaction)模型估值的预测精度进行比较,结果表明,与算术平均值相比,AMMI估值精度的增益倍数(gain  相似文献   

应用动物模型对牙鲆不同日龄生长性状的遗传分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘永新  刘海金 《大连水产学院学报》2009,(Z1)

以中国水产科学研究院北戴河中心实验站2006至2009年间建立的38个牙鲆Paralichthys olivaceus选育家系为实验材料,根据对180、240、360日龄生长性状共3 742个个体的测定记录,应用REML方法和动物模型BLUP方法估计不同日龄牙鲆体重、体长、体高的遗传力和个体育种值,对不同家系和个体进行遗传评定。结果表明,180、240、360日龄牙鲆生长性状的遗传力分别为0.30~0.35、0.30~0.39、0.13~0.37,属于中等遗传力。对不同日龄生长性状育种值选择和表型值选择效率进行比较,结果表明,不同日龄生长性状依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在较大差异。在360日龄,两种选择方法之间的差异达到最小,依据育种值选留的家系和个体比依据表型值选留的家系和个体分别提高:体重为93.92%和28.97%,体长为465.22%和124.49%,体高为176.00%和157.80%,育种值选择效率明显高于表型值选择效率。  相似文献