利用GenBank中大量葡萄EST序列分离有效基因的电子表达分析平台   总被引：1，自引：0，他引：1  

上官凌飞  王晨  房经贵  李晓颖  王西成  宋长年 《中国农业科学》2011,44(13):2748-2759

 【目的】充分利用GenBank上的大量葡萄EST序列,建立本地化基因电子表达分析平台,实现基因表达模式的大规模快速分析。【方法】利用生物信息学方法对GenBank上的362 193条葡萄EST序列进行本地化及后续处理,建立电子分析平台,并通过RT-PCR技术对其电子分析准确性进行验证。【结果】建立了包含叶、花等11个组织类别和GA3等5个胁迫类型的基因电子表达分析平台。通过VvAG、VvCHS、VvF3H、VvLDOX等4个葡萄基因的RT-PCR和电子表达分析结果比较发现,平台预测效率较高,在预测EST来源数较多的果实、花序、花组织的表达效果较好,而对叶等EST来源较少的组织的预测效果需结合试验判断。随着dbEST库中源于葡萄各组织EST序列数量的大量增加,平台的预测效果将更加符合基因表达的实际情况。【结论】葡萄基因电子表达分析平台预测效率较高,为葡萄基因大规模快速表达分析以及重要相关信息的挖掘提供了很好的分析工具。  相似文献   

四棱豆过氧化物酶同工酶的研究     

全妙华  陈东明  付明  姚元枝 《勤云标准版测试》2006,(4)

为了阐明过氧化物酶(POD)同工酶在四棱豆中的分布规律,鉴定不同四棱豆品种间的亲缘关系,选育优势杂交亲本,我们采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳技术,研究了同一株四棱豆(K0027)不同节位成熟叶片和16个品种的POD同工酶酶谱特征。结果表明:POD同工酶在同一株四棱豆9个不同节位成熟叶片中的酶带数均为10条,并且各酶带相应的Rf值基本相同;而在16个不同四棱豆品种中酶带数为6～11条,并且各酶带的宽窄、颜色深浅等特征存在明显的差异。结合各酶带的相对迁移率(Rf值)和品种间的联合相似系数(S值)分析可知,(1)POD同工酶在同一株四棱豆不同节位成熟叶片中的表达具有高度的稳定性和相似性;(2)POD同工酶在所选的16个品种间存在明显的差异性,其中K0006和K0035、早熟二号,K0021和K0028品种间的S值在0.2～0.4之间,为最小值,即这两组品种间的亲缘关系最远,为优势杂交亲本组合;(3)同时阐明了POD同工酶在四棱豆中的相关分布规律,为植物分类或品种鉴定提供了科学依据,对杂交育种选材具有重要的实践指导意义。  相似文献   

不同菌株绿僵菌酯酶型与其致病力的关系   总被引：4，自引：0，他引：4  

樊美珍  王姝清 《西北林学院学报》1990,5(3):1-7

对17株绿僵菌的酯酶同工酶培养特性和毒力进行了比较研究。结果表明:不同菌株酯酶同工酶型不同,绿僵菌的毒力与酶型及菌株培养特性有一定相关性。同工酶型可作为毒力筛选和鉴定绿僵菌种的标志。  相似文献   

江西猕猴桃属植物POD同工酶研究     

姚小洪  徐小彪  陈华  蔡祖国  黄珊珊 《江西农业大学学报》2003,25(4):544-548

采用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，分析了江西野生猕猴桃20种或变种的叶片POD同工酶，并运用相似关系R-链连接法进行了模糊聚类分析。结果表明：(1)不同种间POD同工酶谱存在很大的差异；(2)POD同工酶有阶段性和相对稳定性，可运用于猕猴桃属植物的亲缘关系鉴定和初步分类；(3)模糊聚类反映了各分类群的亲缘关系，与传统依据形态分类提及的亲缘关系大体一致。本研究将江西猕猴桃属植物聚为4类，这与传统的分类方式并不一致，只有净果组的几个种成为单一类群，其余种或变种相互混杂。因此，认为现有的分类方法有待于进一步修订。  相似文献   

丽斑麻蜥和山地麻蜥组织LDH同工酶谱比较研究     

肖向红  曾科文  顾海军  周启平 《东北林业大学学报》1994,(5)

应用灵敏度较高的聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，结合尿素抑制实验．对丽斑麻蜥和山地麻蜥不同组织（如脑、肝、小肠、心肌、肾、睾丸、肌肉和眼球）中ＬＤＨ同工酶的分布特征和性质进行比较研究。实验结果，两种麻蜥不同组织ＬＤＨ同工酶酶谱十分相似，并具有组织器官特异性、在心肌和小肠等组织中ＬＤＨ同工酶表现出一定的种间特异性。ＬＤＨ同Ｌ酶对尿素抑制的敏感程度依次为ＬＤＨ３＞ＬＤＨ２＞ＬＤＨ１。ＬＤＨ同工酶分布特征与其生理功能和生活环境有一定关系。  相似文献   

蜜蜂(Apis mellifera)腺苷酸转移载体基因cDNA的电子克隆     

陈大福牛宝龙  翁宏飚孟智启 吕顺霖 《中国农业科学》2004,37(6):923-927

 以果蝇腺苷酸转移载体基因cDNA序列为信息探针,对蜜蜂EST数据库进行同源检索筛选,克隆了蜜蜂腺苷酸转移载体基因(Am　ant)的cDNA序列(GenBank登记号为AY332626),该基因全长1 251bp。经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF),编码蛋白为300个氨基酸,通过对人、果蝇、家蚕及烟草天蛾的腺苷酸转移载体蛋白序列比较,发现该基因具有高度的保守性;说明根据物种间同源基因序列,进行跨物种EST数据库的同源检索筛选、拼接,是基因克  相似文献   

纽荷尔脐橙贮藏枯水相关ESTs分离与初步分析     

许兰珍  刘小丰  何永睿  姚利晓  彭爱红  雷天刚  陈善春 《园艺学报》2011,38(6):1153-1160

 为分析柑橘果实贮藏过程中枯水相关特异基因的表达情况,以纽荷尔脐橙（Citrus Sinensis Osbeck）采摘后贮藏至略见枯水果实的果肉为测验方（Tester）,以刚采摘果实的果肉为驱动方（Driver）,采用抑制性差减杂交（Suppression Subtractive Hybridization,SSH）技术成功构建了贮藏果实差减cDNA文库,共获得656个阳性克隆。随机挑取克隆进行菌液PCR分析,插入片段长度主要集中在100 ~ 1 000 bp。成功对213个克隆进行测序,获得有效序列143条,经序列分析,共得到53条uniESTs序列。在NCBI基因库中对这53个uniESTs进行BLAST分析,比对结果参照MIPS的分类标准,按功能分为14类,其中参与代谢、能量及蛋白合成的ESTs最多,分别占到了全部ESTs的17%、11%和13%。  相似文献   

Effect of hot air,UV-C,white light and modified atmosphere treatments on expression of chlorophyll degrading genes in postharvest broccoli (Brassica oleracea L.) florets     

Agustín M. Büchert  Pedro M. Civello  Gustavo A. Martínez 《Scientia Horticulturae》2011

Several treatments were applied in order to delay postharvest degreening in broccoli florets and investigate their effects on genes associated with chlorophyll catabolism. Degradation of chlorophylls is the most evident visual manifestation of broccoli postharvest deterioration, occurring rapidly due to the immature stage in which the material is harvested. Treatments such as storage in modified atmosphere, exposure to hot air, UV-C and white lamps were employed in the current work to induce a delay in degreening and chlorophyll degradation. Expression of genes possibly related to chlorophyll catabolism was analyzed in these samples and discussed. Chlorophyllases, the enzymes traditionally believed to remove the phytol side chain from chlorophyll appear to have a gene expression that was not regulated by postharvest treatments. Pheophytinase, a recently discovered new enzyme in this metabolic pathway, correlated chlorophyll loss accurately in heat, UV-C and white-light treatments, but not in modified atmospheres. Results presented in this work indicate that postharvest treatments that delay chlorophyll degradation have a higher effect on the expression of pheophytinase rather than on chlorophyllase genes.  相似文献   

马蔺不同生长阶段嫩叶POD和EST同工酶分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

李强栋  孟林  毛培春  张德罡  韩润英 《草原与草坪》2011,31(6):7-13

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,检测了11份不同居群马蔺种质材料叶片过氧化物酶（POD）、酯酶（EST）同工酶的2个酶系统22个同工酶位点,分析马蔺营养生长和生殖生长阶段的同工酶变化。结果表明,11份马蔺种质叶片共有13种POD酶带,9种EST酶带,其中,基本谱带8条,特征谱带4条;与生殖生长阶段相比较,马蔺营养生长阶段E...  相似文献   

茶树EST-SSRs信息分析     

程小毛  王璇  黄晓霞 《北方园艺》2011,(10):108-111

从NCBI公共数据库中公布的茶树表达序列标签中获得12378条茶树EST,通过CAP3软件进行拼接去冗余后再用Bathprimer3 vl.0(http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/)在线软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列。结果表明:通过前处理得到全长为2 307.014kb的无冗余EST4779条,从中检索出27种重复基元类型共207个SSR,分布于156条EST中,出现频率是3.26%。其中包括二核苷酸重复72个(34.78%),三核苷酸重复88个(42.51%),四核苷酸重复31个(14.98%),五核苷酸重复16个(7.73%)。AG/CT和ACC/GGT分别是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的86.11%和25.00%。  相似文献